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1894年11月21日，日軍攻占“東亞第一堡壘”的旅順後，對逃竄到市內各處的清兵進行了四天三夜的掃蕩行動，根據英國《旗幟日報》戰地記者維利爾斯的報導，短短4天市內就有2萬人遇害，隻有埋屍的36名華人幸免於難，而這36人的帽子上還寫著“此人不可殺戮”的標記。
在現場的美軍觀察者奧布萊恩中尉說，被殺戮的包括俘虜和平民，並且還看到了斷肢，但他又說道：“在那種情況下，很多軍隊都會如此，我們也不能指望在日軍身上會發生奇跡。”當時美國《世紀》報刊刊登的評論：“日本是披著文明皮而帶有野蠻筋骨的怪獸，日本今天已經摘下了文明的假麵具，暴露了野蠻的真麵目。”
據《旅大史話》記載，屍體運了1個月才抬完，花溝張家窯堆積2萬多具屍體，形成一座屍山。日軍下令澆油點火，燒了十幾天才燒完。燒成骨灰後，草草裝了4口大棺材，埋在白玉山東麓的安葬崗。
英國船員詹姆斯·艾倫自稱隨美國貨輪哥倫比亞號（Columbia）赴華為正在同日本作戰的清軍運送軍火。在旅順大屠殺期間，他被困於旅順口。他的著作《在龍旗下——中日戰爭目擊記》描述了戰前他沿途看到日軍士兵被虐殺後肢體殘缺不全的屍體。但是該書的真實性遭《字林西報》、Japan Weekly Mail、《士蔑報》質疑，認為他並非目擊者，書中的人名、船名都對不上號。戚其章認為該書雖有錯誤，有關旅順大屠殺的內容與其他史料吻合。
《在龍旗下——中日戰爭目擊記》中寫道：“在我周圍都是狂奔的難民。我第一次親眼看見日本兵追逐逃難的百姓，用槍杆和刺刀對付所有的人，對跌倒的人更是凶狠地亂刺。”日軍擊斃所有遇見的人，在街道上行走，腳下到處踩著死屍。天已經黑了，“屠殺還在繼續進行著，絲毫沒有停息的跡象。槍聲、呼喊聲、尖厲的叫聲和呻吟的聲音，到處回蕩。街道上呈現出一幅可怕的景象：地上浸透了血水，遍地躺臥著肢體殘缺的屍體，有些小胡同簡直被死屍堵住了，死者大都是城裏人。”艾倫又寫道：“我站在一處高地，離我不遠處有一個池塘，池塘邊站著好多日本兵，拚命將一群難民往池塘趕，不一會池塘裏便塞滿了人。隻見難民在水裏亂成一片，池塘邊的日本兵，有的拿槍射擊，有的用槍上的刺刀刺。池塘裏斷頭的，斬腰的，穿胸的，破腹的，攪成一團，水變成通紅一片。日本兵在一旁歡笑狂喊，快活得不得了。池塘裏少數活人，在死屍上爬來爬去，滿身血汙。其中一個女人，抱著一個小孩子，浮出水麵，朝日本兵發出淒婉的哀求。岸邊的日本兵竟拿刺刀來捅，當胸捅了個對穿。第二下又捅那個孩子，隻見刺刀一捅，小孩子被捅到刺刀上，他高高的挑起槍來，搖了幾搖，當作玩耍的東西。那女人伏在地下，尚未捅死，用奄奄一息的力氣，想要起來看看那個孩子，剛掙紮了一下，又趴下了。日本兵就照屠殺別人的方法，也將這個女人斬成幾段。”
《紐約世界報》記者詹姆斯·克裏曼寫道：“我經過各街，到處見屍體均殘毀如野獸所齧。被殺之店鋪生意人，堆積疊在道旁，眼中之淚，傷痕之血，都已冰結成塊。甚至有知靈性之犬狗，見主人屍首之僵硬，不禁悲鳴於側，其慘可知矣……”
日軍步兵第2聯隊第2大隊第5中隊上等兵加部東常七《日清戰役從軍手記》記錄：“本聯隊占領黃金山炮台之後，闖入市街在各家各戶搜索，昏暗中遇見清人就毫不留情砍殺。小隊在街區搜索前進，忽然在民家暗處發現一敵兵，我大喝一聲，此人一瞬驚呆，刺刀就深深捅進對方的胸膛，他痛苦地緊緊握住槍劍，我用力拔出刺刀，那緊握槍劍的四指被刀刃割斷，身體向一側傾斜，再補一刺便魂飛魄散。”
