1927年3月28日，蔡元培任國民黨中央監察委員會會議主席，對吳稚暉提出的彈劾共產黨表示附議，主張“取消共產黨人在國民黨之黨籍”。4月2日，蔡元培再次擔任主席，蔡元培再次附和吳稚暉關於彈劾共產黨的文告，並拿出了《共產黨禍黨證據及共產黨在浙禍黨之報告》。國民黨南京政府成立後最初兩年內，蔡元培在政治上仍然站在蔣介石一邊，支持“清共” [4-6]。
但與其他人不同的是，在清黨的實施過程中，他不支持濫殺，而是希望將這種政治上的彈壓行動納入比較規範的法治範圍，即同意清黨但反對殺人 [7-8]。在清黨的初期，蔡元培就曾對浙江清黨委員會的草菅人命提出了嚴厲的批評，並要求在清黨中必須執行三條原則 [9-11]，而且出麵營救過可能遭國民黨逮捕的共產黨人和革命青年 [12]。為勸阻南京國民黨當局濫殺行為，蔡元培曾專門撰文勸告國民黨當局繼承孫中山的高尚人格，以德服人，停止濫殺 [13]。
