1937年日本發動了全麵侵華戰爭，當時由於中國海關由英國控製，英國出於自身利益計堅持對日綏靖政策，海關總稅務司梅樂和以所謂“保持海關完整，維護稅收”為名，竭力主張中國照舊支付對日庚子賠款。即使上海抗戰爆發後，國民政府還是在8月31日將原來由海關稅收項下按月撥付的日本庚子賠款照舊撥付日本正金銀行，此事引起了國內人民的堅決反對，迫於壓力，國民政府財政部才命令海關稅務司自1937年9月起，每月應付日本部分庚子賠款不再撥付正金銀行，改由總稅務司在匯豐銀行開立海關總稅務司日本庚子賠款專帳，於月終到期時循例如數由關稅項下提存。日本方麵在1937年9月後，實際沒有能夠獲取匯豐銀行專用賬戶的賠款。
1937年9月～1939年1月存於匯豐銀行之對日賠付庚款計52萬英磅16便士，1943年後被海關洋員吞並作養老金。
1937年9月～1942年1月結存於中央銀行對日賠付善後借款部分計35 232 618.89元（法幣），1949年1月被折合為金圓券11.79元，銷賬。非海關稅銀部分，總計38 605 979元（法幣），最後以金圓券12.92元賬麵注銷。
全麵抗戰八年中，對日賠款，除戰爭爆發頭兩個月外，其餘皆以“各戰區攤派”的方式替日本存著，而沒有一分一厘用在關係到中華民族生死存亡的抗戰上，直到到最後變成一張張廢鈔。
