號稱“萬裏黃河第一壩”的三門峽水庫，是新中國成立後治黃規劃中確定的第一期重點項目。20世紀50年代初，中國政府專門邀請蘇聯老大哥派專家前來籌劃並主持設計。蘇聯方麵派來的是一位名叫伯克夫的技術工人，為了能在中國坐穩“老大哥”交椅，臨行前，蘇聯政府特意為伯克夫破格搞了頂副教授、工程師的帽子戴在頭上。於是，伯克夫副教授踏入中國國門後，當仁不讓地以“老大哥”的身份率領中國水利界一幫文臣武將，趾高氣揚出現在黃河流域考察隊伍的最前頭。按伯克夫的考察構想，這個“黃河第一壩”修在上遊的潼關最為合適。此方案一出籠，立即引起了參與考察的中國專家的質疑，據說清華大學水利係年輕教授張光鬥等人與伯克夫進行了針鋒相對的辯論。據張光鬥說，不隻是當地土質含沙量高不宜修築大壩，更重要的是一旦在此地築壩蓄水，汛期來臨，整個關中平原將成澤國，直接導致八百裏秦川陸沉的悲劇。後來“老大哥”也感到在潼關築壩的艱難與危害，遂決定棄潼關而轉赴下遊的三門峽修築。
出於政治、經濟的需要，1954年，由毛澤東批準修建三門峽大壩工程。鄧子恢在懷仁堂向全國人大代表們宣布了中國政府的宏偉計劃，並說：“我國人民從古以來就希望治好黃河和利用黃河。他們的理想隻有到我們今天的時代，人民民主的毛澤東時代，才有可能實現。在三門峽水庫完成之後，我們在座的各位代表和全國人民就可以去黃河下遊看到幾千年來人民所夢想的這一天看到‘黃河清’了！”——自此，一句古老諺語“聖人出，黃河清”又在神州大地流行開來。
根據中國政府的要求，三門峽大壩工程由蘇聯的伯克夫主持設計，大壩代號“360”。動工之前的1957年4月，中國政府水利部在北京邀請了70位中國專家、教授參加了設計方案論證會議。在邀請者中，清華水利係的張光鬥與黃萬裏這兩位30年代自美國學成歸國的水利專家均榜上有名（張光鬥，1935年赴美留學，先後獲美國伯克利加利福尼亞大學水利工程學碩士、哈佛大學土木工程學碩士學位，後中斷博士學位學業於1937年歸國；黃萬裏，黃炎培之子，1934年赴美留學，先後讀過三所大學，分別獲碩士與博士學位。是伊利諾伊大學的第七個博士，也是中國第一個水利工程學博士，1937年歸國）。據說這是一個“務虛”的會議，論證進行了7天。當時主持設計的蘇聯專家伯克夫與負責這一項目的中國各級官員以及絕大多數專家認為，通過綠化，黃河流域水土保持能很快生效，上遊進入三門峽的泥沙能很快減少，因此可用三門峽的高壩大庫全部攔蓄泥沙。
大壩蓄水後，經過沉澱變清，然後用下泄清水來刷深黃河下遊的河床，從而把黃河一勞永逸地變成地下河——這一思路導致了三門峽工程規劃沒有設計泄流排沙的孔洞（後設計，但在施工中又被封死）。在當時的政治環境下，參加論證的70位專家，絕大多數人對在三門峽建壩攔沙於上遊，壩下不設排沙孔洞這一方案，或真心或違心或別有用心地表示擁護。隻有“不知天高地厚”的清華教授黃萬裏和一個大學畢業不久、名叫溫善章的小技術員，對大壩工程提出反對意見。據說黃萬裏在七天會期中，單槍匹馬，舌戰群儒，和蘇聯專家、中國專家展開激烈論戰。按黃的說法：“三門峽大壩建成後，黃河潼關以上流域會被淤積，並不斷向上遊發展，到時候不但不能發電，還要淹掉大片土地；同時，黃萬裏對舉國上下大喊大叫的‘聖人出，黃河清’的說法甚為不屑，認為‘黃河清’隻是一個虛幻的政治思想，在科學上是根本不可能實現的。而讚成這種說法的官員、專家，實出於政治阿諛而缺乏起碼的科學精神。黃河水流必然挾帶一定泥沙的科學原理不能違背，即是從水庫流出的清水，由於衝刷力要比挾帶泥沙的濁水強大，將猛烈衝刷河床，必然使黃河大堤成片崩塌，清水也必將重新變成濁水”雲雲。
不久，黃萬裏在校內報紙《新清華》上，以小說的形式發表了《花叢小語》。文章批評北京新修的道路反漿，公共汽車停駛，要是在美國，市長早幹不成了，等等。又從“文人多無骨”引伸到當年黃河三門峽工程的論證。其中一段說，“你看章×原來有他自己一套治理黃河的意見，等到三門峽計劃一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌頌一番。並且附和著說‘聖人出而黃河清’從此下流河治”雲雲。
很快，清華校方把黃氏“大作”《小語》上報毛澤東，毛看後隨即加上“什麽話”按語在6月19日的《人民日報》上刊出。同時，毛澤東還針對黃的文章說：“有這麽一些中國人，說美國一切都好，月亮也比中國的圓。”（曾昭奮《江河萬裏》，載《清華園隨筆》，清華大學出版社2004年出版。以下引文同）黃的文章立即成了反黨、反蘇、反社會主義的“鐵證”，黃萬裏被打成“右派”，下放農場接受勞動改造。後來黃萬裏曾對人說：“我的右派帽子是毛主席‘欽定’的，逃也逃不了。”
當1937年黃萬裏從美國學成歸來時，途經橫濱暫泊，偶遇在日本學醫的丁玉雋小姐，二人一見鍾情，同船歸國後即在廬山舉行了婚禮。丁玉雋的父親乃國民黨元老丁惟汾，第一次國共合作時期，丁任組織部長，毛澤東任宣傳部長，二人同為黨國大員，且頗為友善。而黃炎培則是教育界名宿，國共合作時期亦擔任政府要職，因而黃、丁二位名門子女的廬山之戀，曾轟動一時，給世人留下了難以忘懷的印象。事隔22年之後的1959年，毛澤東在廬山與彭德懷展開政治決戰，他在批彭時說了“你彭德懷和黃萬裏一樣腦後長著一塊反骨”等語。
由於毛主席的這一“反骨”結論，黃萬裏在“右派”前又加了一個“大”字，成了罪大惡極的“大右派”，帽子一戴就是22年半，直到1980年2月26日，才獲得了“右派改正的決定”，成為清華大學最後一個摘帽的右派分子。
1957年4月13日，黃河三門峽水利樞紐工程正式開工。張光鬥因為讚成修壩成了三門峽工程的中方技術負責人。一時間，河南與陝西兩省熱鬧起來。同月，西安農業展覽館緊跟形勢，舉辦了“三門峽工程圖片資料展”。在門口最顯赫位置的一塊模板上，書有“聖人出，黃河清”六個金光閃閃的大字。其時簡化字剛推行不久，許多人不認識被簡化了的“聖”字（正體為“聖”），圍觀者交頭接耳小聲議論，忽見當地人送外號“二杆子”的中年漢子高聲朗讀曰：“怪人出，黃河清。”話音剛落，“二杆子”就被現場的保衛人員三拳兩腳掀翻在地，五花大綁押入公安機關，爾後以現行反革命分子罪名打入深牢關了起來。鑒於這一“怪人出”的政治事件，展覽館的領導者怕惹火燒身，很快就取掉了上寫六個大字的模版。
模板是取掉了，但那位不知名的“二杆子”高聲呼喊的話，像是一句讖語，昭示著未來的不祥之兆。不但黃河沒有變清，反倒是滾滾泥沙淤死了三門峽大壩，回水倒灌涇渭河，淹了富庶的八百裏秦川。千古民族宿願，又一次在混沌的黃水裏化為泡影。
1961年，三門峽大壩建成，1962年2月第一台15萬千瓦機組試運轉，總投資9.42億元人民幣，對當時的新中國來說，可以說是傾全國之力。建成後的工程雖然給黃河下遊防洪安瀾和灌溉、發電等方麵帶來了一定經濟效益，但在建造時由於沒有考慮排沙這一關鍵性技術問題，泥沙淤積問題日益突顯。據國家水電部資料顯示，1960年工程蓄水，到1962年2月發電時，水庫就淤積了15億噸泥沙；到1964年11月，總計淤積泥沙50億噸。越三年，庫內淤塞泥沙達34億立方米，幾為設計庫容的一半。而黃河回水，使潼關河床淤高了4.5米，迫使黃河最大支流——渭河水位上升，直接威脅中國西北的經濟中心西安的安全。中國最富裕的關中平原，大片土地出現鹽堿化和沼澤化，使得庫區移民上上下下來回反複遷徙，十幾萬人弄得家貧如洗，疾病纏身，男女老少啼饑號寒，其淒苦悲慘之狀，令見者為之淚下，曾代表國務院前往考察的高官大員麵對慘象，亦禁不住說：“國家對不起你們”。據黃萬裏的長公子黃觀鴻說：當時三門峽的敗象日顯，陝西泥沙日積，地方官忍無可忍，繞過周恩來徑向毛澤東告狀，毛澤東急了，說：“三門峽（大壩）不行就把它炸掉！”
為情勢所迫，1964年，三門峽不得不進行第一次改建，強行用炸藥在壩底炸開了“兩洞四管”，以用於泄流排沙；1969年，又進行了第二次改建，耗資八千萬元，再度在壩底炸開了8個孔洞，進一步增大了泄流排沙的能力。盡管如此，依然留有巨大隱患。2003年8月，渭河一場洪災，使建成40多年的三門峽水利樞紐工程再次成為社會各界爭論的焦點。據陝西方麵的水利專家說：“今年渭河的水並不大，隻相當於渭河5年一遇的洪水。但今年形成的災害比較大，相當於渭河50年一遇洪水的災害（其中華縣、華陰市遭受了自1556年以來500年最大的災害，生活水平倒退了10年），這場災害使陝西全省有1080萬畝農作物受災，225萬畝絕收，成災人口515萬人，直接經濟損失達82.9億元。”（參見2004年02月22日《工人日報》）當年黃萬裏“黃河下遊的洪水他年必將在上遊出現”的預言再一次不幸言中。
據陝西省水利誌的記載和近現代水利專家的考察，渭河在曆史上並不是一條淤積嚴重的河流，從春秋戰國時期到1960年的2500年間，河床淤積厚度僅為16米，平均每100年才淤積0.6米。自三門峽水庫建成後淤積速度可謂一泄千裏。據2003年10月22日潼關水文站所測數據，當天的潼關高程是327.94米，而1960年隻有323.40米，僅僅40多年時間竟比過去高出了4.5米，相當於曆史上750年淤積量。因潼關高程居高不下，關中水患則永無窮盡。
繼這場洪災之後，對三門峽水庫的“異議”此起彼伏，持續不斷，但事已至此，當局亦無可奈何。
