8月16日，蔣介石致電岡村寧次，命其繼續堅守崗位，並負責維持秩序，所有武器裝備必須移交給國民黨中央軍，決不可擅自移交給其他軍隊。
岡村寧次立即複電蔣介石：遵令執行。同時命令所屬部隊：在原地等待重慶政府軍隊來接收，對共產黨軍隊的任何要求，堅持予以拒絕，必要時可采取武力自衛。
兩天後，岡村寧次親自給在華日軍起草了《和平後對華處理綱要》，綱要指出：“加強對重慶政府的支持，要促進重慶中央政權的統一，協助中國的複興建設。關於移交武器、彈藥、軍需品等問題，要根據重慶政府的命令按指定時間、地點，完全徹底地交付重慶政府軍隊。”
中國戰區南京受降典禮儀式現場。1945-9-9
何應欽真不枉被岡村寧次當成“最親密的中國友人”。
1945年9月9日剛舉行投降儀式後，10日，中國陸軍總司令何應欽率高級將領和岡村寧次見麵。何的第一句話是，“我曾說過，中日相戰兩敗俱傷，結果將使共產黨勢力做大……日本現在已無武裝，我想今後將能實現真正的中日和平互助，願我等共同為之努力”。岡村在自己的回憶錄裏稱當時“感受頗深”，“會談始終在和緩的氣氛中進行”。
中秋節，何應欽派人送上兩卡車月餅和水果，還派上校王武單獨給岡村寧次送了香煙和一箱茅台酒。10月21日，岡村寧次再次和何應欽等人會談，按照他的記錄，在座諸位都會日語，“談完公事後，拿出甜酒，大家閑聊天了兩個多小時，席上，何應欽極力高唱中日合作”。
何應欽所說的“中日合作”，與岡村寧次算是想到一起了。
1945年12月，國民黨政府尚未還都南京，蔣介石卻秘密前往南京，召見了岡村寧次。
一見麵，蔣介石就對他在接收過程中的合作表示感謝，並躬身問安：“貴官健康如何?生活上有何不便?請不要客氣向我和何司令提出。日本僑民有何困難，也請提出。我們會盡量給予便利。”
岡村寧次12月23日的日記詳細記錄了這次會麵和談話，包括傳譯的時間前後大約15分鍾。從字麵上看，雙方談話內容隻是寒暄，蔣介石詢問、關懷了一下岡村寧次的生活，並沒有什麽實質內容。不過，在日記最後，岡村寧次留下了“蔣委員長始終麵帶微笑，充滿令人感動的溫柔敦厚”這樣近乎諂媚的話。
1946年6月，國民黨軍隊進攻中共中原根據地，國共戰爭爆發，岡村寧次也終於有了新職位，他被秘密聘為國防部高級軍事顧問，專門用他的“軍事天才”來對付共產黨的軍隊，他在擔任華北方麵軍司令官時編的《剿共指南》被翻譯後，大量印發給國民黨各級軍官。
1946年底，岡村寧次被安排隱居到南京金銀街4號。這是幢獨門獨戶的三層樓別墅，長期無人居住。按照岡村寧次的記憶，金銀街以北是墳場，白天行人稀少，晚上更無人跡，據說是何應欽親自為他選中此地。
到了1948年3月，遠東國際軍事法庭再次派人來到了南京政府國防部，要求把岡村寧次送往東京受審。
此時的岡村寧次正患肺病，國民黨政府又以其患病為理由，說他正被監視居住，病好後送回日本審理。但是直到遠東軍事法庭解散，國民黨政府也沒有送交岡村寧次。最後的理由是“岡村寧次並未參加日本侵華的中央係統組織，其行為僅與在中國戰場上發生的事實有關，因此不須送往東京審理”。
也就是說，國民政府要在中國的軍事法庭審判岡村寧次。
與其說是審判，倒不如說是預謀好的庇護。國民黨政府看得很清楚，岡村寧次到了遠東軍事法庭，很可能難逃極刑。
在中國的監獄裏候審時，岡村寧次獲知了遠東軍事法庭對日本戰犯的判決結果。時間已經是1948年11月25日，岡村寧次在日記中寫道：“在我青年時代的同期畢業生中，和我一樣憧憬大陸、攜手一路走來的同誌盟友共有四人，其中土肥原、板垣被處死刑……實在令人感慨萬千。”
岡村寧次，已經以治病為由到上海三個月了，住在淞滬警備司令湯恩伯安排的一處秘密住所裏。岡村寧次從南京搬到上海，很大程度上是為了避人耳目，躲過遠東軍事法庭的提審。
湯恩伯也是日本陸軍士官學校畢業，比岡村寧次晚兩期。與何應欽一樣，湯恩伯也是親日派，岡村寧次的庇護人。
岡村寧次是這樣記載湯恩伯的：“我和湯作為軍司令官曾有4次對戰的機緣，戰後相見，宛如故交，十分親密。”1954年，湯恩伯在日本治病時亡故，70歲的岡村還擔任了治喪委員會副委員長。
在高層人物的關照下，岡村寧次在戰犯監獄仍極受優待，住的是單間，有充足的營養品供應，醫生和翻譯可以自由接觸……在他入獄的當天，典獄長就親自來給他捎來了“大人物”的口信：“蔣總統本無意使先生受審，然考慮國內外的影響，不得不如此。然絕不會處以極刑……無論是審理和入獄隻是形式而已。”
這一天的庭審並沒有宣判，據說是因為石美瑜接到了一個南京來的電話，然後宣布休庭。
24日的戰犯監獄中，典獄長又給岡村寧次通報：“對先生公審判決的時機，政府內部有兩種意見，外交部方麵主張等國際上對其他方麵的戰犯處決後，斟酌情況再做宣判;而國防部方麵主張從速輕判。因此，隻能等待蔣總統做決定。”
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1949年1月26日，最後一次公審岡村寧次。中午休庭時，石美瑜將4位法官叫到審判長室，取出了已經蓋上國防部長徐永昌大印、寫著“無罪”兩字的判決書：“我必須坦白告知各位，這起案件已經由高層決定了。我對此無能為力，大家現在就在這份判決書上簽字吧。”
石美瑜接著又繼續說：隔壁房間裏，國防部派來的軍法官已經在待命。就算我們不署名，他們也會立刻接手整起案件，結果還是一樣的。唯一不同的，是我們會被帶到警備司令部的地下室去而已。講到這裏，所有的法官都默默地拿出筆，在判決書上簽下了自己的名字。
下午4時，石美瑜宣判：“岡村寧次無罪。”
一片嘩然，巨大的嘈雜和混亂淹沒了整個法庭。
這時候，“聰明的法庭副官向我耳語，宜趁此混亂時機從後門走脫為妙，我乃與隨行的鬆岡從後門走出，徒步返回寓所。”岡村自己回憶。
1月28日，中共中央通過新華社發表聲明，譴責對岡村寧次的無罪判決，要求重新逮捕他，並押送給人民解放軍。代總統李宗仁也下令重新逮捕岡村寧次。
可惜，李宗仁的代總統之職有名無實，湯恩伯收到他的命令卻置若罔聞，轉頭派副官通知岡村寧次，次日晨到戰犯監獄集合，與其他一些犯人乘美國輪船回日本。
1月29日，岡村寧次登船，在船上睡了一夜。第二天上午10時，在上海各處貼出的“不許把日本戰犯運走”的標語中，這艘美國船起航，把岡村寧次送回了日本。
岡村寧次當然不會忘記蔣介石的“大恩大德”。1949年12月31日，他給蔣介石寫了一封信，開頭是這樣寫的：“我國的反共同誌，對於閣下確保台灣、長期堅持下去，並且在時機到來之際反攻大陸這件事，全都深信不疑，並且深深祈願著閣下的成功。”
這時的岡村寧次，其實正在用他的方式向蔣介石“報恩”。
從1949年7月開始，一批由舊日本軍人變身而來的軍事顧問，陸續從日本秘密前往台灣。這個軍事顧問團，就是上世紀九十年代才被公開披露的“白團”。
岡村寧次已經年老體衰，他本人又太過惹眼，於是推薦了原日本陸軍第一軍參謀長富田直亮為顧問團團長。富田直亮化名白鴻亮，由此該團又稱白鴻亮軍事顧問團，簡稱“白團”。其成員，皆是原日軍中的少佐以上軍官。
“白團”在台灣的用處，第一是負責設計台灣防衛計劃，二是訓練國民政府部隊。對撤退到台灣時瀕臨崩潰狀態的國民黨軍隊來說，“白團”確實是非常倚重的一股力量。
當然，蔣介石為這批雇傭軍也花了大價錢。台灣方麵支付“白團”成員的動身費為團長20萬日元，團員8萬日元;每個月支付其家人3萬日元;合約期滿，還要再給5萬日元離任費。須知那時的日元價值和現在不可同日而語。1950年時，日本一個大學畢業生的平均起薪才3000日元。
“白團”成員最多時是1951年，有76名日籍教官，這也是“白團”活動的鼎盛時期。特別是1949年至1950年代前期，富田直亮和蔣介石幾乎每周都會固定進行一次單獨談話，可以說是蔣介石身邊極受信賴的軍事顧問之一。
岡村寧次逃脫了曆史的懲罰，這讓他至死都沒有反思自己的戰爭罪行，沒有認罪，更沒有懺悔。
1963年初，日本防衛廳戰史室請岡村寧次整理自己的日記和撰寫個人回憶錄。也許是這本書中對真實的戰爭罪行需要太多的掩蓋、編造、矯飾，太耗心血，回憶錄寫完了，岡村寧次也油盡燈枯，走到了人生終點。
1966年9月，岡村寧次心髒病發作，因搶救不及時而死去。兩年後，“白團”解散，灰飛煙滅。
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