從京師大學堂到北京大學校（1898—1916年）
1898年6月11日（大清光緒24年4月23日），清光緒帝頒布《明定國是詔》開始戊戌變法，詔書中提出創辦京師大學堂[註 3]。隨後，梁啟超草擬了《奏擬京師大學堂章程》，並在7月3日（大清光緒24年5月15日）得到光緒帝批準。這份章程是中國近代最早的高等教育學製綱要。章程規定，京師大學堂統轄各省學堂。當時的京師大學堂兼為中國最高學府和最高教育行政機關。章程規定，京師大學堂遵循“中學為體，西學為用”的方針，課程分普通學、專門學。吏部尚書孫家鼐任管理大學堂事務大臣，許景澄任中學總教習，美國傳教士丁韙良任西學總教習[6]。9月21日，慈禧太後與守舊派發動戊戌政變，百日維新失敗。但是，京師大學堂得以保留。京師大學堂校址設在景山東街和嘉公主府。大學堂這一時期的辦學情況說法不一，有學者認為此階段的京師大學堂隻是一所舊式的書院，以經史教育為主。但也有學者考證出京師大學堂注重西學，並非以經史教育為主，是中國第一所新式大學[註 4][7]1898年[註 5]。京師大學堂設立的藏書樓，是中國近代最早的新型圖書館之一[11]。
1900年，義和團運動爆發，京師大學堂遭到混亂破壞，至8月3日，清廷一度下令京師大學堂最終停辦，隨著歷經劫難八國聯軍開始進入北京之後，京師大學堂校區又被俄軍等當作軍營，學校無法使用近兩年時間[12]。1902年1月10日，清政府委任吏部尚書張百熙為管學大臣，“責成經理”京師大學堂，京師大學堂得以恢複。吳汝綸和辜鴻銘任正副總教習，嚴復和林紓分任大學堂譯書局總辦、副總辦。1862年創辦的京師同文館也並入大學堂。12月17日，京師大學堂舉辦開學典禮。京師大學堂恢複之後，首先開辦的是速成科（分為仕學館、師範館[註 6]）與預備科。1904年，京師大學堂派47名學生出國留學，開中國高校派遣留學生之先河。京師大學堂是中國近代第一所國立綜合性大學。[註 4]1910年，京師大學堂分科大學開辦[註 7]，設經科、法政科、文科、格致科、農科、工科、商科，共十三學門[23]。
中華民國成立後，北洋政府於1912年5月3日批準京師大學堂改名為北京大學校，任命嚴複為署理北京大學校校長[24]。嚴複接手時，學校急缺資金，辦學困難。嚴複多方籌款，使北京大學暫時渡過難關。同年7月教育部下發命令，以“成績未著”、“各方不滿”為由結束北京大學。嚴複作《論北京大學校不可停辦說帖》，並籲請各方支持北大辦學。最終，政府收回了命令。這年的7月29日，英國教育會議宣布承認北京大學及附設譯書館為大學。但是，由於派係鬥爭等因素，嚴複辭去校長職務[25]，10月1日，改任章士釗為校長[26]，章士釗堅拒，18日，遂由馬良代理[27]，12月27日，又以何燏時為署北京大學校校長[28]。1913年5月27日，學生因事闖校長室，迫令何燏時辭職，擾攘近半月，風潮始平息[29]。1914年，胡仁源任北京大學校長。此時已有黃侃、辜鴻銘、錢玄同、馬敘倫、陶孟和、馮祖荀、何育傑、俞同奎等名家在北京大學任教[23]。
清末民初的北京大學仍有不少衙門氣，很多教師原為清朝或北洋政府的官僚，學問不多；部分教學內容陳舊；學生大多無心學術研究，務在做官發財，多讀法科；有的學生帶著聽差上課；一些師生出入八大胡同等地的妓院[註 8]。[13]
胡適、馮友蘭、任繼愈、季羨林等學者認為，北京大學傳承了太學或國子監的傳統[23]，故有“上承太學正統，下立大學祖庭”之說[30]。
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