十一屆三中全會前夕，要開創全黨全國工作的新局麵，關鍵的是要解決兩件大事：一是為1976年四五事件平反；二是恢複鄧小平在“批鄧、反擊右傾翻案風”中被撤銷的職務，使他重新回到黨和國家、軍隊的領導崗位上來。而1977年2月7日《人民日報》社論提出的“兩個凡是”方針，恰恰阻擋了這兩件大事的解決。陳雲與王震等一些老同誌相約，要在一個月後黨中央召開粉碎“四人幫”後的第一次工作會議上提出解決這兩件大事的建議。
中央工作會議一開始，陳雲、王震等分別發了言。陳雲的發言是事先寫好的，隻講了上述兩件大事，文字加上標點符號總共不過300多字。但發言後會議簡報組卻搞了所謂的“摘要”，刪去了要求為四五事件平反和恢複鄧小平工作的內容。陳雲表示：要登簡報就全文登。結果，這篇發言未能在簡報上刊出。3月17日上午，陳雲參加西南組討論。在會上，他從維護大局出發，作了有保留的發言。他說：揪出“四人幫”後，當時我的想法同華國鋒同誌“講的是一樣的”，“時機成熟的時候，讓鄧小平同誌出來工作，我很讚成”。後來，陳雲在一次中央政治局會議上說，我跟鄧小平同誌講：“你碰到問題該鬥必鬥，有鬥不贏的時候，掛個號，記錄在案。”3月中央工作會議後，4月10日，鄧小平致信給華國鋒、葉劍英並中共中央：“我感謝中央弄清了我同四五事件沒有關係這件事”，“肯定了廣大群眾去年清明節在天安門的活動是合乎情理的”。“至於我個人的工作問題，做什麽，什麽時機開始工作為宜，完全聽從中央的考慮和安排”。中共中央於5月3日轉發了這封信。1977年7月，黨的十屆三中全會終於恢複了鄧小平的各項職務。
1977年3月中央工作會議後，鄧小平就尖銳地批評了“兩個凡是”的提法，說，“這是個重要的理論問題，是個是否堅持曆史唯物主義的問題。”以後，他又在4月10日給中央的信，在5月24日同中央兩位同誌的談話，7月21日十屆三中全會閉幕會上的講話中，一再強調：毛澤東思想是個體係，不能夠隻從個別詞句來理解毛澤東思想。他強調指出：“我們必須世世代代地用準確的完整的毛澤東思想來指導我們全黨、全軍和全國人民，把黨和社會主義的事業，把國際共產主義運動的事業，勝利地推向前進。”為了駁斥“兩個凡是”，也為呼應鄧小平，陳雲以紀念毛澤東逝世一周年為契機，在《人民日報》上發表了《堅持實事求是的革命作風》的長篇文章，指出：“實事求是，這不是一個普通的作風問題，這是馬克思主義唯物主義的根本思想路線問題”。“是否堅持實事求是的革命作風，實際上是區別真假馬克思列寧主義、真假毛澤東思想的根本標誌之一。”現在“報刊上有些文章還是不懂得區別馬列主義、毛澤東思想的字句和實質，還不是滿腔熱情去完整地準確地宣傳毛澤東思想的實質，用它作為分析具體問題的指南。”陳雲這篇文章所表達的基本思想，同鄧小平提出上述正確主張相呼應，為不久後興起的思想解放運動定下了基調。
“四人幫”粉碎後的第十天，即1976年10月16日，李先念給陳雲打電話，征求他對今後工作的意見。陳雲經過同一些老同誌商議，提出了幾條建議，其中一條就是“要盡快使一些老幹部站出來，領導本部門工作。”1978年4月21日，陶鑄的妻子曾誌致信陳雲，要求複查陶鑄的問題。信中說：去年10月前後，她曾寫信給中央，但“至今沒有消息”。“難道一個為革命奮鬥了終生的革命者，在政治生命上也將戴上叛徒而遭毀滅嗎？百思不解。”她請求陳雲，“秉公直接過問”。陳雲非常重視曾誌來信，第三天就寫信給華國鋒並葉劍英、鄧小平、李先念、汪東興，並轉送曾誌給他的信。信中指出：“陶鑄是堅持到國共合作、七七抗戰後由我們黨向國民黨監牢中要出來的。因陶鑄問題而牽累到一大批省級部長級幹部，弄清陶鑄問題，非常必要。”“可否由中央組織部主持，會同專案組，將全部案卷並當時有關幹部調到北京，再審查一次，加以核實。”華國鋒等圈閱了陳雲的這封信。鄧小平同意陳雲的意見，並批示：“我總覺得對陶鑄的結論過重，建議由中組部複查。”李先念批示：“陳雲同誌給我打過電話，對陶鑄的問題應當由中組部重新審查。我意應予重新審查為好。”
1978年11月召開的中央工作會議議題中，本來並沒有諸如重大曆史遺留問題、真理標準討論問題、對中央人事調整問題等觸及“兩個凡是”方針的問題。之所以發生變化，基本原因是以鄧小平為代表的黨的正確思想和力量基本完成了準備，直接原因則是陳雲在工作會議開始後第三天，即11月12日在東北組的發言。他在發言中提出，對有些影響大或者涉及麵很廣的遺留問題，需要由黨中央考慮和作出決定。例如：薄一波等61人所謂叛徒集團；陶鑄、王鶴壽等“嚴重政治錯誤”；彭德懷問題；四五事件應予以肯定的問題；康生問題，等等。
在中央工作會議閉幕會上鄧小平的重要講話，既是對中央工作會議的總結，實際上又是隨即召開的三中全會的主題報告。葉劍英也在會上講了話，充分肯定了會議取得的各項重大成果。講話還代表中央政治局正式提出了增補中央領導人的名單，提請三中全會通過。這個名單是會議期間在鄧小平和陳雲等老一代革命家的推動下，由代表廣泛醞釀後提出的。其中，陳雲被提名為中央政治局委員、常委，中央副主席。
關於陳雲重新參加中央核心領導問題，早在1977年3月中央工作會議上，就有幾個小組提出把陳雲選進中央領導核心的建議，但是沒有被采納。此後，鄧小平、李先念等也在中央的會議上提出要求陳雲出來參加重要工作，有人卻說：“毛主席講過，陳雲一貫右傾，不能重用。”
鄧小平不僅在黨的十一大前後就多次提出，在三中全會前又一次提出這個問題。12月1日，鄧小平說：“至少加三個政治局委員。太多，也不恰當，不容易擺平。少了也不好。”加什麽人呢？他說：“陳雲，兼紀委書記，鄧大姐，胡耀邦。”會後，各組傳達了鄧小平的講話。經過幾天醞釀，與會者一致擁護黨中央關於人事安排問題的建議。與會的韓先楚說：“小平同誌講的，加可以，不要減，是對的。我讚成中央委員會和政治局增加一批老同誌，這也是大家的要求。在黨的十一大會上，我們軍隊代表團曾經提議陳雲、鄧大姐、王震等幾位同誌進政治局，據說其他代表團沒有不同意的。我同意王震同誌的意見，選陳雲同誌任黨中央副主席、常委，並建議排在東興同誌前麵。陳雲同誌正派，民主作風、聯係群眾好，善於思考問題，想得深，看得遠，處事穩重，他有豐富的領導經驗和領導能力。中央委員裏，他是最老的一個。過去是我們黨的副主席。他對我們黨的曆史也比較熟悉，在黨內外、國內外是有影響的。對這個問題，群眾也有議論，看來是人心所向。”姚依林發言說：“鄧、李副主席提出要大家醞釀陳雲、鄧穎超、胡耀邦、王震四位同誌參加政治局，我完全擁護。還有七位同誌參加中央委員會，我也完全同意。我完全讚同王震同誌提出的陳雲同誌擔任黨的副主席、參加政治局常委的建議。陳雲同誌擔任副主席、參加常委，有利於黨的事業，有利於加強黨的安定團結。十一屆一中全會陳雲同誌未能進政治局，幹部、黨員和群眾是有廣泛議論的。陳雲同誌是我國工人運動的老一輩的領導人，是目前僅存的黨的六大中央委員，是八大副主席，現在八大第一次會議（應是八屆一中全會——引者注）的副主席，也隻剩下陳雲同誌一個人了。”在全會最後一次全體會議上，陳雲終於被增選為中央政治局委員、常委，中央副主席，還被選為新成立的中央紀律檢查委員會的第一書記。鄧小平後來指出：“黨的十一屆三中全會建立了一個新的領導集體，這就是第二代的領導集體。在這個集體中，實際上可以說我處在一個關鍵地位。”值得注意的是，1989年5月26日，陳雲主持中央顧問委員會常委會並作簡短講話時，在黨內第一個提出了鄧小平是黨中央的“核心”這一觀點。他說：“我們作為老同誌，現在就是要堅決擁護以鄧小平同誌為核心的中國共產黨。”鄧小平是在5月31日同李鵬、姚依林談話時使用自己是黨的“核心”這一概念的。1989年11月9日，鄧小平在會見外賓時說：“從我們黨的十一屆三中全會以後，開始產生了第二代領導集體，包括我在內，還有陳雲同誌、李先念同誌，還有葉帥。這也是一個有力量的領導集體。”
陳雲和鄧小平共同提出並推動國民經濟的調整。在鄧小平的努力下，中央於1979年3月14日決定在國務院設立財政經濟委員會，由陳雲、李先念出任正副主任。當天，陳雲、李先念即聯名致信中共中央，指出當前國民經濟比例失調的情況相當嚴重，建議用兩三年進行經濟調整。接著，中央政治局召開會議，就是否用兩三年時間進行調整的問題作出了決定。4月，中央工作會議正式確定：用三年時間對國民經濟進行調整，並提出了“調整、改革、整頓、提高”的八字指導方針。鄧小平說：“這次調整是三中全會以來各項方針、政策的繼續和發展，是三中全會實事求是、糾正‘左’傾錯誤的指導思想的進一步貫徹。”“是同三中全會糾正‘左’傾錯誤、一切從實際出發的總方針完全一致的。”
陳雲還指出：搞建設必須把農民考慮進去，所謂按比例，最主要的就是按這個比例。搞建設，真正腳踏實地、按部就班地搞下去就快，急於求成反而慢，這是多年來的經驗教訓。在改革問題上，陳雲鼓勵廣大農村實行多種形式的聯產承包責任製；讚成城鄉人民“生活水平多數達到中等，少數可以先富起來”。“我們要改革，但是步子要穩。因為我們的改革，問題複雜，不能要求過急。改革固然要靠一定的理論研究、經濟統計和經濟預測，更重要的還是要從試點著手，隨時總結經驗，也就是要‘摸著石頭過河’。”
鄧小平指出：一定要高舉毛澤東的偉大旗幟，毛主席不是沒有缺點錯誤，但與他的功勳相比微不足道。在三中全會之後召開的理論工作務虛會上，鄧小平又作了《堅持四項基本原則》的重要講話，係統闡述了把毛澤東晚年錯誤和毛澤東思想加以區別的道理。以後，他進一步提議起草《關於建國以來黨的若幹曆史問題的決議》，以此確立毛澤東的曆史地位，堅持和發展毛澤東思想。對於鄧小平的這些主張，陳雲不僅完全讚成，而且提出了許多建設性的意見。
在十一屆三中全會結束後召開的中紀委第一次全會上，陳雲就指出：鄧小平同誌說：“沒有毛主席，就沒有新中國；沒有毛主席，我們黨很可能還在黑暗中苦鬥。”這是對毛澤東同誌功績的最清楚的概括。陳雲還對起草《曆史決議》的同誌說：決議要體現小平同誌的意圖，就需要寫上黨成立以來60年中毛澤東同誌的貢獻，毛澤東思想的貢獻。他指出：“毛澤東同誌的一個無可比擬的功績，是培養了一代人。”毛澤東同誌在黨內的威望是通過長期革命鬥爭實踐建立起來的。即使毛澤東同誌犯錯誤，許多老幹部被整得很厲害，大家仍然相信他，忘不了他的功績，原因就在這裏。在他的建議下，《曆史決議》增加了回顧建國以前28年曆史的段落，對確立毛澤東的曆史地位起了重要作用。陳雲還反複倡導幹部和青年學習運用毛澤東的哲學思想。在《曆史決議》起草期間，他又多次建議中央提倡學習，重點是學習毛澤東的哲學著作。他說：“建國以後，我們一些工作發生失誤，原因就是離開了實事求是的原則。在黨內，在幹部中，在青年中，提倡學哲學，有根本的意義。”
1981年3月26日，鄧小平就對起草小組的同誌說：他前天去看了陳雲同誌，“陳雲同誌說，他學習毛澤東同誌的哲學著作，受益很大。毛澤東同誌親自給他講過三次要學哲學。他在延安的時候，把毛澤東同誌的著作認真讀了一遍，這對他後來的工作關係極大。現在我們的幹部中很多人不懂哲學，很需要從思想方法、工作方法上提高一步。”由於鄧小平、陳雲的密切配合，我們黨解決了正確對待領袖犯錯誤這個國際共產主義運動曆史上沒有解決好的大問題。
1979年3月，陳雲在國務院財經委員會第一次會議上講了五個問題的第四個問題，就是幹部隊伍年輕化，也就是接班人問題。他說：全國解放時的領導幹部都快要“告老還鄉”了，因此要找一至五個四五十歲的幹部到財經委員會工作，不是當秘書，而是當“後排議員”。“要有一些‘後排議員’，這些人參與討論問題，參與決定大政方針的事。培養這樣的人，我看很有必要。”10月，陳雲在各省、市、自治區黨委第一書記座談會上，除了講經濟調整問題外，就是建議由年紀相對輕一些的同誌組成中央書記處，他說這是“國家的大計，黨的利益”。如果組織上不采取這樣的步驟，我們的工作就推不動。黨的五中全會上終於成立了中央書記處，他又在會上指出：“現在從中央到縣委，大部分人頭發都已經白了。所以，有它的緊迫性，有它的必要性。現在我們主動地來選擇人才，還有時間，再等下去，將來就沒有時間了。黨的交班和接班的問題，在國際共產主義運動中間，在我們中國黨內，有過痛苦的教訓，這一點，我不說大家也知道。”與此同時，在五中全會上，鄧小平也講到了這個問題，並論述了這個問題與三中全會路線之間的關係。他指出：“我們從黨的十一大以來，特別是經過三中全會、四中全會，逐步解決了現階段黨的政治路線。三中全會確立了或者說重申了黨的思想路線。三中全會以後，黨中央考慮，不進一步解決黨的組織路線問題，政治路線、思想路線就得不到可靠的保證。”
為了推動中央各部和省委地委解決領導班子年齡老化的問題，陳雲於1981年5月，利用在杭州休息的時間，寫了題為《提拔培養中青年幹部是當務之急》的意見書，並把意見書送給鄧小平、胡耀邦。鄧小平看後說：老幹部方麵的問題還沒有處理好。於是他又召集中組部和總政治部的同誌開座談會，形成了《關於老幹部離休、退休問題座談會紀要》。中共十一屆六中全會後，中央把各省、市、自治區的黨委書記留下來開了三天會，專門討論陳雲寫的意見書和座談會紀要。會上，陳雲就這兩個文件的有關問題作了說明，並進一步強調了提拔成千上萬中青年幹部的必要性和緊迫性。鄧小平在講話中說：“去年12月中央工作會議以後，陳雲同誌更尖銳地提出這個問題。他提得非常好，我讚成。原來我們還是手腳小了一點，陳雲同誌提出，選拔中青年幹部不是幾十、幾百，是成千上萬。成千是形容詞，上萬是實質，實際上是一萬、兩萬、幾萬。”鄧小平還說：“我和陳雲同誌交過心的，老實說，就我們自己來說，現在叫我們退，我們實在是心裏非常愉快的。當然，現在還不行。我們最大的事情是什麽？國家的政策，黨的方針，我們當然要過問一下，但是最大的事情是選拔中青年幹部。我們兩個人的主要任務是要解決這個問題。”
與選拔中青年幹部問題相關聯的，當時還有一個如何正確對待知識分子的問題。1980年2月的五中全會上，陳雲在講到選擇合格的年輕幹部時就曾提出，還要培養一批技術幹部到各級領導機關裏。在他的建議下，中組部向中央作出了加強在中年知識分子中發展黨員的報告，並成立了技術幹部局。1982年夏天，陳雲看到兩份反映中年知識分子生活、工作負擔重，但工資收入低，很多人健康水平下降的材料，又立即給中央常委各同誌寫信，提議每年拿出十二三億元提高他們的工資。信中寫道：這是國家的一個大問題，需要下大的決心。他們是解放後我們自己培養起來的，是今天以及今後一時期各條戰線的中堅力量。改善他們的工作和生活條件，應看成是基本建設中的基本建設。他的這些意見，都得到了鄧小平等人的讚同和采納。
在大力推動幹部年輕化的同時，陳雲反複強調，一定要堅持德才兼備的標準，而且要把德放在第一位，把好政治標準這一關。對此，鄧小平十分讚成，他在1980年8月中央政治局擴大會議上說：“陳雲同誌提出，我們選幹部，要注意德才兼備。所謂德最主要的，就是堅持社會主義道路和黨的領導。在這個前提下，幹部隊伍要年輕化、知識化、專業化，並且要把對於這種幹部的提拔使用製度化。這些意見講得好。”他在1982年1月13日中央政治局討論機構精簡的會議上又說：“人一定要選好。還是老話，要堅決貫徹陳雲同誌講的幾條。”
