一，用非法手段監視黨和國家領導人，這條罪與令計劃是掛上鉤的，馬建是聽命於令計劃，因此令計劃出事就必然要牽涉到馬建。
二，泄露國家情報罪名。周永康在位期間多次會見國外的情報機關頭目，周與這些情報機關頭目的會麵全部是由馬建一手安排。馬建是負責海外情報係統的負責人，他安排他的對手與中共的安全部門總負責人周永康見麵，這是他工作份內的事情，似乎沒有可以指責的地方。問題是海外情報機關負責人急於要與周見麵，馬建在會見的時間，會見時的內容等方麵，馬建與海外情報機關有某種交易，這是馬建犯忌的地方。
三，收受巨額賄賂，馬建通過政泉公司的郭文貴認識了方正證券CEO李友，並接受了2.5億元的巨額賄賂，交易過程是在郭文貴的盤古大觀樓內進行，馬建的妹妹親自去該處提走現金。馬建還接受了郭文貴提供的盤古大觀2套房子，價值數千萬。
四，洗錢，馬建利用國安部的優勢，在海外建立了龐大的洗錢管道，他使用的方法基本上是打一批和保一批，聽話的就留下，不聽話的就收拾。這些洗錢管道分布在歐洲北美和亞洲數個國家，馬建利用這些管道洗白的資金，收買一些海外的線人和華人僑團領袖為其情報工作服務。甚至一些蛇頭也利用馬建這個管道洗錢和轉移資金。掌控整個洗錢管道的國安部兩位高官最近落馬，這個管道中有大量的洗錢資金被馬建及其同夥占有。
五，濫用職權。馬建多次指使國安部門的下屬，以國家安全利益為名幹涉一些普通的民事案件，馬建在北京，天津，河南，河北等地多次為商人郭文貴處理法律糾紛。2013年12月19日郭文貴被中紀委約談，主要涉及到民族證券收購中的違規操作事情。馬建獲悉後利用其幹姐馬馼在中紀委的鐵關係，將郭文貴釋放。 2013年12月22日郭文貴獲釋回到寓所，第二天下午郭文貴從北京首都機場乘飛機飛往香港，郭文貴使用的是香港單程證件和港澳通行證,郭文貴在這些證件上使用的是化名郭浩雲(出生日期：1968年5月10日)，而出境的照片中顯示的是郭文貴本人。當時郭文貴是被列入了邊控，無法出境。馬建則利用其權利，強行解開郭文貴的邊控設置，使得郭文貴能順利出逃。
六，散布虛假消息，構陷黨和國家領導人。馬建利用其安全部門的情報優勢，向海外媒體故意泄露黨和國家領導人的虛假信息。
七，與多名女性通奸等。馬建的情人隊伍可以列出一打，中央電視台和軍隊的文工團中不乏他的情人。令計劃之子令穀車禍當晚，馬建也是在郭文貴的盤古大觀樓內等待令穀送來藏族美女“嚐鮮”。
消息人士透露，中共高層2015年反腐有兩個重點，一個是情治部門，一個是金融係統。馬建落馬是在國安部門中反腐開了個頭，整肅還遠遠沒有結束。而金融部門依然是死水一潭，有人還在那裏捂蓋子
