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文章:Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
連接:https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
文章附屬資料和圖連接:https://www.pnas.org/content/suppl/2020/04/08/2004999117.DCSupplemental
圖一:
附圖四:
重疊後(差半個圓)的圖一和附圖四:
圖一和附圖四都是進化樹,注重點不同。作者收集了所有公布的SARS-CoV-2基因測序資料,大約253個例。但是有的很短,大部分是完整的。作者的注重在T29095C節點,然後根據其他突變劃分成三個組A,B和C,見圖一。
如果你頭暈,我簡單介紹一下。每一個小圓點代表一株病毒,如果有同樣基因序列的病毒株越多,圓點就越大。同樣,如果在T29095C節點是相同的,但帶有其他突變,那就是分支出來一個小圓,每發現一個突變就增加一小節。線越長代表基因序列差別越大。比如蝙蝠的基因文庫是在遠遠的右下角。
附圖四代表每一周測序結果,代表病毒在時間上的衍變,其實更說明問題。比如,第一周石正麗的團隊測了很多(灰色的小點),病毒基因序列變化很大,但很多都沒有繼續保留,後期測序結果就都集中在一個大圓上了。附圖四更容易看懂,時間順序上,第一周就出現了B(大圓和小圓,見附圖四),然後到第四第五周才出現A和C(散發)。所以實際上,所有病毒株都是來自中國,或中國到東南亞某國,然後傳遍了全世界。
那麽為什麽作者將圖一放重點呢?因為是PNAS文章,沒有一點理論人家也不好意思發表。所以作者搞出三個A,B,C家族來。
但是我覺得有一點收獲是:現在不是西方國家在控訴中國的數據造假嗎?中國的數據當然有不真實的一麵(有隱瞞的動機),比如被找出無症狀帶病毒者部分,也有遺漏的部分(如武漢的死亡率可能因為來不及診斷被壓低了)。但是,病毒傳入歐美時,毒性變大了,表現在第五第六周(淺紅色和紫色圓點)又出現大量變異。因此,在歐洲大部和美國,病毒株的傳播能力更強大,死亡率也更高。這可以解釋中國的感染者數和死亡率都不是那麽高的原因。