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淺評石正麗2013年《自然》論文

(2020-02-23 03:25:50) 下一個

新型冠狀病毒到底是起源於自然, 還是來自人工改造? 對於非當事者這來說, 很可能是一個永久的謎。 “202022, 石正麗院士對此問題在微信朋友圈憤怒回應道: ‘2019新型冠狀病毒是大自然給人類不文明生活習慣的懲罰, 我石正麗用我的生命擔保, 於實驗室沒有關係。奉勸那些相信並傳播不良媒體的謠傳的人相信印度學者不靠譜的所謂學術分析的人, 閉上你們的臭嘴。’”。在海外網站, 沒有閉上臭嘴的人似乎更多。自然起源說支持者和人工改造論者都像是在有理有據地爭論。門外漢老牛帶著一頭霧水, 就著Google大神, 趁著周六無事, 把武漢病毒所石正麗院士於2013年發表在世界頂級科學雜誌《自然》第503期的、有關冠狀病毒研究的文章“學習”一下。先聲明一下, 老牛本來不是很關心病毒起源- -雖然目前傾向於“新型病毒源於實驗室病毒突變逃逸或者逃逸突變”、也不關心陰謀論更不是要招搖撞騙來販賣中草藥治療肺炎之類。老牛學習此文純粹是為自己解惑, 此文聊作周末讀書筆記而已。

1), 老牛讀此文的動機是想知道石正麗研究團隊是為什麽、怎樣分離到這個利用ACE2受體的蝙蝠SARS-類似病毒的其中, 兩位作者“Johna K. Mazet” “Peter Daszak”是誰? 好像麵熟。原來他們是在《柳葉刀》上發表聲明, 表示新型冠狀病毒是來源於野生動物、堅決反對陰謀論的二十八位有良知的、“中國人民”不會忘記的外國科學家中的其中兩位科學家。看到是“外國”科學家, 老牛是不是也該相信新型冠狀病毒不是重組。其他二十六為是何方神聖? 老牛不是很關心。但是, 聲明中有這兩位的名字, 其公正性就要大折扣!

2), “reservoirs”? 蝙蝠的糞便就像是阿裏巴巴山洞裏的寶藏

3), 到第二年, 也就是2014年, 美國暫停了病毒學的“GOF (gain-of-function, 獲得性功能)研究目的是為了防止科學家們研究”而不是“盾”、防止科學家們製造潛在的進攻性武器 2013年, SARS剛剛過去, MERS正在流行, 阿裏巴巴的山洞寶藏果然有好寶物, 一下子就有了三個能識別ACE2受體的病毒。其中SL-CoV-WIV1是最厲害的病毒: 因為是用猴子細胞從蝙蝠糞便中分離出來的, 因此除了猴子細胞, SL-CoV-WIV1上的RBD也可以識別人、果子狸、蝙蝠的ACE2受體。體外實驗表明SL-CoV-WIV1病毒真是多項全能病毒, 能識別其它的受體/細胞/物種。SL-CoV-WIV1有可能有未知的、別的RBD? 好厲害。

4), SL-CoV-WIV1可能不需中間宿主, 新冠病毒病也就有這種可能。 不知道為什麽新冠病毒的中間宿主是如此的重要? 還有病原體挖掘項目/尋找病原體項目”?  項目本意是病毒流行作準備”, 不小心泄露了就會適得其反, 就有可能製造病毒流行

5), 中外科學家原來都在/早就在人造病毒(9,13), 人造病毒不稀奇。改一改病毒上的RBD(受體識別基團)就可以把蝙蝠病毒“變臉”成人類病毒?

6), 蝙蝠的糞不知道臭不臭? 有毒是肯定的了。要是新型冠狀病毒起源於石院士所說的武漢海鮮市場, 該海鮮市場不但不能消毒滅毒, 而且要保護起來。

7), 這四個氨基酸似曾相識吧? 原來它們早已研究清楚了, 很重要很關鍵的四個位點。

8), 這裏應該就是城裏哪位博主說過的選擇、篩選”? 猴子細胞Vero E6上的ACE2受體可以去篩選合適的病毒? ACE2受體就成了魚餌、篩子、鑰匙? SL-CoV-WIVI病毒顆粒在蝙蝠糞便zhong應該是很少很少的, 但是一旦培養、富集, 一微克的純化病毒樣品就可能有10億個病毒顆粒 (根據冠狀病毒顆粒的直徑為120納米換算而成)

9), SL-CoV-WIVI病毒不但能感染猴子細胞、人肺泡基底上皮細胞, 而且還能感染豬腎細胞? 簡直就是一個定時炸彈。要純化多少病毒才能幹這麽多實驗?

10), 覺得這是此研究的最重要的發現是, 來自2003SARS康複患者的的血清能夠對付SL-CoV-WIVI病毒! 好像隻要是能治療, 這種研究就可以在P3實驗室、而不一定在P4實驗室進行

引用石院士論文中此研究的指出的意義作為結束: 1, 本研究證明了2003年的SARS-CoV病毒來源於蝙蝠2, 對SL-CoV-WIV1病毒的研究發現, 有些蝙蝠冠狀病毒能直接感染人, 不一定需要中間宿主; 3, 本研究表明, 蝙蝠冠狀病毒比以前預想的更具有大的多樣性此項研究者們對未來如果發現大量的、具有遺傳多樣性的蝙蝠冠狀病毒不會感到意外;  4, 石研究團隊的研究表明, 針對野生動物的病原體挖掘項目”——也就是尋找與已知病毒相關的未知病毒”, 於公眾衛生健康而言非常重要

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評論
石牛 回複 悄悄話 回複 'lzr' 的評論 : 收藏,幾年後拿來印證。

是啊, 今年以回頭看看現在的認知, 會有很多顛覆的.
石牛 回複 悄悄話 回複 'lzr' 的評論 : 其實美國人也是很聰敏的,知道雖然現在的這些謠言都是集中在中國的研究者身上的,但是他們自己的名字也是清楚的列在作者名單上,而且排名靠前的很多,真的這種猜測傳播開來調查起來,他們自己也是逃不了幹係的,而且被懷疑的可能性更大。

謝留言. 是有些奇怪, 沒有人追查這些合作者的所作所為.
石牛 回複 悄悄話 回複 '菲兒天地' 的評論 : 查了一下,好像石正麗石是American Academy of Microbiology的fellow。 不是通常我們稱的中國科學院院士或工程院院士,也不是美國科學院National Academy of Sciences 院士。

菲兒天地好。 謝澄清石正麗研究身份。
closeby 回複 悄悄話 收藏,幾年後拿來印證。
lzr 回複 悄悄話 其實美國人也是很聰敏的,知道雖然現在的這些謠言都是集中在中國的研究者身上的,但是他們自己的名字也是清楚的列在作者名單上,而且排名靠前的很多,真的這種猜測傳播開來調查起來,他們自己也是逃不了幹係的,而且被懷疑的可能性更大。
石牛 回複 悄悄話 回複 'two2J' 的評論 :

謝two2J博主來訪鼓勵。
菲兒天地 回複 悄悄話 多謝分享,學習了!

查了一下,好像石正麗石是American Academy of Microbiology的fellow。 不是通常我們稱的中國科學院院士或工程院院士,也不是美國科學院National Academy of Sciences 院士。
two2J 回複 悄悄話 謝謝博主!這才是人們對待問題應有的態度,學習了。
石牛 回複 悄悄話 回複 '蓮盆籽' 的評論 :

蓮盆籽好。 確實學到不少東西。
石牛 回複 悄悄話 回複 '股聾' 的評論 : 最大可能還是某種事故, 廣義的講 "野味傳染" 也是事故.
"生化武器陰謀論"的話, 不理解之前數年間高調發表論文是什麽動機 - 那不該秘密低調麽?

謝來訪留言。 也完全不相信"生化武器陰謀論"。
蓮盆籽 回複 悄悄話 不懂生命科學,我隻認識細胞和病毒兩詞。
進來佩服一下認真研究學習的石牛。
股聾 回複 悄悄話 最大可能還是某種事故, 廣義的講 "野味傳染" 也是事故.

"生化武器陰謀論"的話, 不理解之前數年間高調發表論文是什麽動機 - 那不該秘密低調麽?
石牛 回複 悄悄話 回複 '康賽歐' 的評論 :

康康周末好!
康賽歐 回複 悄悄話 不懂專業,看是石牛的博文進來捧個場。
石牛 回複 悄悄話 回複 'wzhcad' 的評論 : 2015年論文說的應該是合成病毒的事吧?說明還是做過這些方麵的研究。至於這次是不是泄漏,沒有證據。

謝來訪。 是說2015年《自然》的SARS文章吧. 我看了一下, 好像武漢病毒所的參與程度非常有限。
wzhcad 回複 悄悄話 2015年論文說的應該是合成病毒的事吧?說明還是做過這些方麵的研究。至於這次是不是泄漏,沒有證據。
石牛 回複 悄悄話 回複 'Wtp003' 的評論 : NEW YORK POST 文章

謝鏈接。 讀了。
Wtp003 回複 悄悄話 推測病毒從病毒所泄漏是合理質疑不是什麽陰謀論,前有SRAS泄漏的例子,本文談到研究所持有相關病毒的可能性,而病毒所的安全問題早有人提出來。但病毒所具備了必要條件不一定就是的。就像說街上有人拿刀殺人了你家好幾把刀一樣。昨天 NEW YORK POST 文章https://nypost.com/2020/02/22/dont-buy-chinas-story-the-coronavirus-may-have-leaked-from-a-lab/
說的更多些。
結論:目前沒證據病毒是從病毒所泄漏,但有很多信息去合理質疑。
石牛 回複 悄悄話 回複 'Redcheetah' 的評論 : why did it happen in 武漢?

謝來訪。 誰知道呢?
石牛 回複 悄悄話 回複 'Wtp003' 的評論 : 因為管理不善

哈哈哈, 看過El Chapo(大毒販“矮子”)的連續劇, El Chapo就從號稱最嚴格的監獄成功逃走兩次。
Redcheetah 回複 悄悄話 why did it happen in 武漢?
Wtp003 回複 悄悄話 回複 'Fanreninus' 的評論 :
有良心的科學家和因為管理不善病毒泄漏,邏輯上二者之間沒有必然的有我無它的關係。SARS病毒就泄漏了二次,難道都是惡毒的科學家幹的?收集一堆信息不用心思就下結論不可取。現在學述界(不論國內還是國外)趨向認為海鮮市場不是原發地,那常理推斷病毒來源有那些地方?
石牛 回複 悄悄話 回複 'helix22' 的評論 : 但是一定要說是武漢病毒所泄露的目前依然沒有證據。石正麗團隊過去發表了很多蝙蝠身上取到的冠狀病毒(包括與現在相近的浙江發現的),沒有一個是現在出現的這個病毒。 如果是不一心泄露,誰能確保不會是一個已發表的?當然,這也不能證明就一定不是泄露的。

謝來訪。同意您的看法。
石牛 回複 悄悄話 回複 'Fanreninus' 的評論 : Peter Daszak是紐約一個專門研究疾病生態學組織的負責人,和石正麗有過長期的合作,石正麗是蝙蝠病毒研究方麵的專家,在這個領域有很多合作者。她的成果都很能經受時間的考驗,並不像有些國內學者的研究成果那樣水分很大。她對由蝙蝠病毒引起的薩斯,武漢肺炎,廣東豬瘟病毒的研究舉世聞名,有良心的科學家是盡人皆知,隻有那些不知道這些事實的人才一位能夠用陰謀論打到她。

歡迎凡人博主來訪留言。 絕對不懷疑Peter Daszak和石正麗的權威性。隻是石院士應該比任何人都清楚病毒研究的危害性, 可能是由於氣憤至極, 她說的是“生命擔保”、“人類(中國人?)不文明的生活習慣的懲罰..”是不是有點兒過了?
helix22 回複 悄悄話 整篇文章都是正常的科學研究, 你翻譯的最後四個結論基本上反映了文章的意義。 研究病毒當然有危險性,要不然建P4實驗室幹嗎? 研究RBD的性質是對病毒的了解,不等於人造病毒,用的是生化方法(這篇文章隻是與過去的研究對比),而且很多序列變異已經天然存在。

對普通人來說,我覺得唯一有價值的是有些蝙蝠帶的冠狀病毒具有直接感染人的潛力。

但是一定要說是武漢病毒所泄露的目前依然沒有證據。石正麗團隊過去發表了很多蝙蝠身上取到的冠狀病毒(包括與現在相近的浙江發現的),沒有一個是現在出現的這個病毒。 如果是不一心泄露,誰能確保不會是一個已發表的?當然,這也不能證明就一定不是泄露的。
Fanreninus 回複 悄悄話 一位=以為,抱歉!
Fanreninus 回複 悄悄話 Peter Daszak是紐約一個專門研究疾病生態學組織的負責人,和石正麗有過長期的合作,石正麗是蝙蝠病毒研究方麵的專家,在這個領域有很多合作者。她的成果都很能經受時間的考驗,並不像有些國內學者的研究成果那樣水分很大。她對由蝙蝠病毒引起的薩斯,武漢肺炎,廣東豬瘟病毒的研究舉世聞名,有良心的科學家是盡人皆知,隻有那些不知道這些事實的人才一位能夠用陰謀論打到她。
石牛 回複 悄悄話 回複 'old-dream' 的評論 : 就怕流氓有文化!細思極恐。

同感。
石牛 回複 悄悄話 回複 'old-dream' 的評論 : 米國也不一定有這種遠見。但是,某牆國一定沒有這種遠見。

謝來訪。所謂“遠見”吧, 都是有的,說說是很容易的。 但是魔鬼在細節裏, 會牽涉到政策的執行力、個人/群體的自覺、吹哨人/群的存在、假定危險的的修複等等
old-dream 回複 悄悄話 就怕流氓有文化!細思極恐。即使這次病毒沒有引發全人類災難,過不了多久,不定還整出啥幺蛾子,潘多拉呢!
old-dream 回複 悄悄話 這就是為什麽,現有基因編輯嬰兒在牆國誕生,不久(可能是)又有了正在遺害全人類的武漢病毒。
old-dream 回複 悄悄話 ”國家一定要有遠見, 一定要有政策條例等來預防約束個人行為.”
讚同這個。米國也不一定有這種遠見。但是,某牆國一定沒有這種遠見。
石牛 回複 悄悄話 回複 'Wtp003' 的評論 : 這個要大讚。花時間去讀原文是真關心。
謝大讚, 是花老時間了.
石牛 回複 悄悄話 回複 '傑克_JK' 的評論 : 是不是重組,你沒有把問題說清楚。病毒的野生的重組是無時無刻都在發生的事。往哪個方向重組,隻有上帝知道。你要是暗喻人源性的重組,你的要分清個人行為還是國家行為。

哈哈哈老牛是有點閑得無聊, 這篇博文花老時間了, 俺還是去胡扯美國選舉美國彈劾的的問題吧.
記得2016年的一個關於世界安全的問題的文件, 談到了核、人工智能AI、和生物研究危險等等. 巴兄說得很對, 國家一定要有遠見, 一定要有政策條例等來預防約束個人行為.
Wtp003 回複 悄悄話 這個要大讚。花時間去讀原文是真關心。沒人以前提到”不知道為什麽新冠病毒的中間宿主是如此的重要?”。原文還提到中中間宿主不是必須。加之現在學述界趨向於海鮮市場不是原發地,保有病毒存在地方重要性不言而喻。
傑克_JK 回複 悄悄話 回複 '石牛' 的評論 : 【看到是“外國”科學家, 老牛是不是也該相信新型冠狀病毒不是重組。其他二十六為是何方神聖? 老牛不是很關心。但是, 聲明中有這兩位的名字, 其公正性就要大折扣了。】

》老牛啊,現在看你在追蹤這個事,有點萬維右派們喜歡做的事了!公正折扣還是不折扣的,為啥科學家不能說有良心的話?你除非假定每一個科學家都一定不會說公正的話。這是你的假定嗎!28-2=26!為啥你的眼睛要盯著當中的2,而不是相信裏麵的26呢?

是不是重組,你沒有把問題說清楚。病毒的野生的重組是無時無刻都在發生的事。往哪個方向重組,隻有上帝知道。你要是暗喻人源性的重組,你的要分清個人行為還是國家行為。我就不擴展這個問題了。請你自己想想。
石牛 回複 悄悄話 回複 'BeijingGirl1' 的評論 : 石正麗是院士嗎?

京妞周末好。 沒有查, 隻是看到過石正麗是美國微生物名譽院士。
石牛 回複 悄悄話 回複 'voiceofme' 的評論 : 當然也會有其他的天然冠狀病毒被武漢病毒所提取出來,然後被露出。
歡迎來訪。確實是, 就是擔心泄漏逃逸問題。
BeijingGirl1 回複 悄悄話 不懂專業。 石正麗是院士嗎?
voiceofme 回複 悄悄話 是太巧了。2013 發現的SL-CoV-WIV1是從雲南BAT中提取出的天然冠狀病毒,和2003年SARS最近的。當然也會有其他的天然冠狀病毒被武漢病毒所提取出來,然後被露出。
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