該軍前身是川軍劉湘集團一部。1935年，川軍劉湘集團第4師師長範紹曾叛劉投蔣後，招集舊部編為新編第21師。1938年2月，國民黨軍將新編第21師擴編為第88軍，範紹曾任軍長。下轄新編第21師，範紹曾兼任師長。該軍成立後，在涪陵擔任後方守備任務。1939年初，該軍奉命出川參加對日作戰，由四川涪陵一帶進行遊擊作戰。同年秋，開赴江浙地區參加了1939年冬季攻勢作戰。
1941年1月，皖南事變發生後，該軍奉命擔任堵截新四軍的任務。同年9月，該軍改隸第32集團軍，參加了第2次長沙會戰。1942年3月，範紹曾升任第32集團軍副總司令，何紹周繼任軍長，羅君彤任副軍長。同時，暫編第9軍第32師改隸該軍。同年下半年，暫編第32師與第86軍第79師對調隸屬關係，第79師改隸該軍。隨後又從第10集團軍直轄部隊中抽調出暫編第33師改隸該軍。此時，該軍下轄：
第79師，段霖茂任師長；
新編第21師，羅君彤兼任師長；
暫編第33師，蕭冀勉任師長。
在此期間，該軍參加了浙贛路會戰。1943年1月，何紹周調任第8軍軍長，劉嘉樹繼任軍長，羅君彤、蕭繼勉任副軍長。1945年春，國民黨軍軍銜局部編製調整時，該軍第79師調歸第25集團軍直轄後，由浙江麗水調至湖南常德，先後參加了湘西會戰和閩浙追擊作戰。
1945年9月，抗日戰爭勝利後，該軍由浙江白開徐州休整時將暫編第33師裁減，另將第28軍第62師改隸該軍。12月，劉嘉樹升任第32集團軍副總司令，方先覺繼任軍長，此時，該軍下轄：
第62師，譚道平任師長；
新編第21師，羅君彤兼任師長。
1946年初國民黨軍隊進行整編時，該軍改編為整編第88師，隸屬第6綏靖區。方先覺改任師長，周雲繁任參謀長，原轄各師依次改編為整編第62旅，譚道平任旅長；整編第21旅，李萬密任旅長。不久，整編第21旅改稱整編第147旅。該師整編後主要擔任豫皖蘇地區的守備和冀魯豫戰場機動作戰任務。1946年9月至1947年2月，先後參加了定陶戰役、巨野戰役、巨金魚戰役、豫皖邊戰役等作戰。在巨金魚戰役中，該整編師整編第62旅被人民解放軍殲滅了兩個團。
1947年5月，該師整編第147旅歸第7兵團區壽年指揮，另撥整編第72師整編第13旅及整編第9師預備第2旅歸該師建製。此時，該整編師下轄整編第62旅、整編第13旅和預備第2旅。同年6月至10月，該整編師先後參加了魯西南戰役、阻止人民解放軍挺進大別山的追擊和堵截戰役、張家店戰役等作戰。在張家店戰役中，該整編師第62旅被人民解放軍全殲。此次作戰後，師長方先覺調走，馬師恭接任師長。
1948年9月，整編第88師恢複第88軍番號，隸屬國民黨軍參謀本部。馬師恭任軍長，同時，預備第2旅改為第149師，楊寶敦任師長；新編第13旅改稱第230師，許午言任師長。該軍恢複番號後，調至湖南銅陵擔任江防守備。1949年春，該軍隸屬第7綏靖區時進行編製調整。此時，軍長馬師恭被撤職，楊寶轂繼任軍長，原轄第230師被調出，另將第18軍第49師調歸該軍，並新增第313師，此時，該軍下轄：
第49師（師長姓名不詳）（可能是黃徵師長）；
第149師（師長姓名不詳）；副師長彭鏡澄；
第313師，（師長姓名不詳）（可能是蘇維忠師長）。
在三山至銅陵地段擔任防禦任務。同年4月下旬，解放軍發起渡江戰役後，該軍棄陣而逃，被解放軍追殲於浙贛線以北地區，殘部在軍長楊寶轂的率領下逃抵福州後，該軍番號被撤消。
