在國民革命軍的編製序列中，曆史上曾先後出現過3個第66軍。即粵軍第159第160師組成的第66軍，軍政部第2補訓總處組成的第66軍，暫編第9軍組成的第66軍。
部隊創建
1937年，“七·七”盧溝橋事變後，餘漢謀將原有10個師，開始組編為五個軍，即62、63、64、65、66等軍。66軍就在此時籌備成立，軍長葉肇，下轄159師160師，159師師長譚邃，160師師長由葉肇兼，各師均轄兩個旅，旅轄兩個團。
1937年8月13日，日軍在上海開始向我全麵進攻，廣東餘漢謀部奉命派一個軍北上淞滬參加抗戰。軍部於1932年9月1日乃調集人馬正式成立，惟該軍當時隻轄兩個師。臨出發前，餘漢謀乃派教導旅彭林生部歸葉指揮，同時北調。
1937年9月中旬，該軍全部集中廣州，乘粵漢火車陸續北上直達漢口，再由漢口乘輪東下江蘇鎮江，再由鎮江乘京滬火車到上海附近的南翔車站下車。當時日軍向吳淞口寶山一帶進攻甚烈，66軍馬上開赴劉家行一帶占領陣地，對敵作戰。由於淞滬沿線瀕海，受到敵人強大海軍炮擊，和我方采取密集隊伍作戰，傷亡奇重。歸66軍指揮的教導旅彭林生部，參加戰鬥衝鋒陷陣不到幾個回合幾乎全部消滅，以後該旅剩餘官兵撥歸160師補充，取消教導旅的番號。不久，該軍轉移到廣福線作戰。是年11月，因右翼大戰被敵攻破，並進行向我包抄，乃全線開始撤退。敵人占領上海後，長驅直入，繼續進攻南京。
66軍中間經過蘇州、錫澄、江陰、湯山等線與敵作過短時阻擊戰鬥，以後就退入南京城，開始城防戰鬥。軍轄下兩個師，因傷亡過半，乃各編並為一個旅，159師以林偉儔為旅長，160師以喻英奇為旅長，參加南京城防戰鬥。
12月12日下午，南京城的光華門被敵攻破，軍心搖動，守城司令唐生智乃下令突圍。66軍除159師師長譚邃因病特準和唐生智搭電船渡河過浦口外；全軍上至軍長葉肇，都從太平門突圍到達安徽寧國集中。惟其中有一部分官兵，認為突圍要從敵人後方衝過好幾道防線，脫險不易，乃擅自離隊向下關設法渡河過浦口。但這部分官兵，因沿河沒有船隻，隻用門板或杉條浮水渡河，因江麵遼闊，江流湍急，結果生還者極少。從太平門突圍的部隊，中間經過好幾次衝殺和迂回偷渡死傷甚眾，於1938年1月先後回到湖南集中。
軍長葉肇於突圍中，也被敵人俘獲，乃偽扮夥夫，幫敵運輸彈藥，然後伺機逃脫，潛入上海某外國租界，以後乘輪返香港，入廣州轉去湖南防地。部隊奉命集中湘東，66軍軍部駐攸仁縣城，159師駐茶陵縣城，160師也駐攸仁，該師師長原由葉肇兼任，1938年2月改由副師長華振中升充。
部隊在此開始整訓，一麵派員到廣東接收新兵補充；一麵訓練。1938年7月間，66軍又奉命調入江西省南昌參加南潯線作戰，先後在德安、廬山腳、萬家嶺等處與敵人進行過激烈戰鬥。中間經過一次補充，各師人事稍有更動。159師師長譚邃調升副軍長，以副師長陳驥升充師長，1939年1月，160師師長華振中，因與葉不睦被調，以副師長宋士台升充師長。是年冬，敵人分兵進攻廣東，未幾廣州陷敵，餘漢謀乃籍兵力不足為名，向中央請調回粵係64、66兩個軍返粵參加作戰。
66軍於1939年春，奉命調回粵北的新豐、龍門一帶，原在廣東的151師林偉儔部同時也撥入66軍建製，以後就地開始整訓；並同時派部隊在牛背脊羅浮山一帶作戰。
1939年秋末，軍長葉肇調升37集團軍總司令，仍轄66軍，遺軍長缺以副軍長譚邃升充，副軍長缺以159師師長陳驥調升，（1939年10月譚病故陳驥升軍長），159師師長缺以副師長官禕升充，同時各師取消旅製改為一師轄三個步兵團，一個補充團製。
1939年冬，該軍除151師林偉儔部留駐粵北外全軍奉調廣西柳州參加第一次桂南會戰，當時159師一個團撥歸第五軍杜聿明指揮，在炮兵掩護下，經幾次衝鋒，攻破敵陣昆侖關。不久敵人由南寧調集兵力，準備從永淳渡河向我左翼包抄，陣前戰區指揮當局，經命令葉肇率領66 軍趕去永淳布防，阻止敵人此種企圖。葉肇錯誤地判敵不會此舉，而遲遲未果開拔，當發現敵人部隊已越過永淳河向賓陽進迫時，葉肇乃忽忙間帶66軍陳驥部（缺 159師臨時指揮110師）兩個師，趕赴截擊。但敵人主力已迫近賓陽，我後方戰局大受威脅，此時軍心惶慌，秩序紊亂，部隊紛紛向武鳴、忻城潰退，沿途受到敵軍追擊和敵機空襲，損失慘重。
桂南戰役慘敗結束後，蔣介石親到桂林召開高級軍事會議，在會上宣布：葉肇不聽命令，誤失戎機，撤職扣留解辦。66軍軍長陳驥、160師師長宋士台作戰不力，均撤職查辦。第37集團軍總部、66軍軍部，均撤銷番號。以後該軍所轄的159、160師，奉命調回廣東粵北一帶歸第七戰區司令長官餘漢謀監督整訓。幾個月後159師撥入64軍建製，160師撥入65軍建製，原留在粵北的151師撥入62軍建製，粵係的66軍，從此就宣告解體了。
首次重建
1942年3月又以第二補訓處改編成第六十六軍，張軫為軍長，轄新編第二十八、新編第三十八、新編第三十九師。該軍編成後即編入入緬遠征軍參加作戰，該軍配置在臘戍、瓦城地區機動使用。3月23日日軍開始進攻，以快速縱隊向細胞、臘戍突進，該軍分段阻擊日軍，29日日軍攻占臘戍，新編第三十八師退入印度，新編第二十八師撤回國內，該軍番號撤銷。新編第二十八師，1939年5月以軍委會別動隊編成，劉伯龍任師長，隸屬重慶衛戍司令部，1940年開往貴州，隸屬滇黔綏靖公署，1942年11月李士奇接劉任師長，1943年轉隸第七十一軍。新編第二十九師，1939年5月以第二補訓處一部編成，馬維驥任師長，隸屬重慶衛戍司令部，1943年轉隸第六軍.新編第三十八師，1938年12月以財政部稅警總團編成該師，孫立人為師長，駐貴州都勻，該師在滇緬路戰役後轉至印度，後編屬新編第一軍。
二次重建
1942年12月將暫編第九軍改編為第六十六軍.1940年10月以暫編第三十二、暫編第三十三、暫編第三十四師合編成暫編第九軍，以馮聖法為軍長.該軍編成後，在浙江又將暫編第三十五師編入該軍，隸屬第三戰區，1942年8月改隸第六戰區，12月改屬江防司令部.1943年2月馮聖法他調，任命方靖為軍長.暫編第三十二師，1940年9月以浙江省國民自衛團第一縱隊及浙江保安第六團為基幹編成．以黃權為師長.1943年2月第六十六軍撤銷，該師因兵員過少而結束.暫編第三十三師，該師原為浙江抗日自衛部隊.1940年4月以其第一、第六、第八支隊和第五區總隊並編為抗日自衛第二縱隊，10月改編為本師，以蕭冀勉為師長.1943年9月周淘漉任師長，該師轉隸第八十八軍.暫編第三十四師，1938年1月成立第三戰區遊擊司令部，該部以浙江省公安局員警及各地常備隊、警察和壯丁編成4個支隊.7月改編為浙江省國民自衛團總司令部.1940年將所屬支隊並編為3個縱隊.3月將第三縱隊改編為暫編第三十四師，彭鞏英為師長，1942年3月朱奇任師長.1943年2月以第十八師副師長吳嘯亞任師長，同時轉隸第十八軍.暫編第三十五師，以浙江地方部隊編成，勞冠英任師長.1942年底，該師調至第六戰區後，勞被調任夔巫師管區司令，該師被並編。
1943年10月暫編第九軍改為第六十六軍，仍以方靖為軍長，改轄第一八五、第一九九師.1944年8月方靖調任第七十九軍軍長．副軍長宋瑞珂升任軍長.第一八五師，師長方天，隸屬第九十四軍.1940年12月方天升任第十八軍軍長，石祖黃接任師長.1943年李仲辛接任師長.第一九九師，師長羅樹甲，1940年5月羅升任副軍長，宋瑞珂接任師長.1943年2月、3月蘇令德、周天健相繼任該師師長.1944年9月彭戰存接任師長。
整編第六十六師,1946年5月由第六十六軍整編而成,由原軍長宋瑞珂任師長。1947年7月該師在魯西南被殲,宋瑞珂被俘。9月重建該師,以李仲辛為師長。 11月羅賢達接李仲辛任師長。該師轄:整編第十三旅,旅長羅賢達,羅升任師長後,由張潔接任旅長職,整編第一八五旅,旅長李仲辛,1946年塗煥陶接李任旅長，1947年9月袁樾人接塗任旅長職；整編第一九九旅,旅長彭戰存,1946年由王士翹任旅長,1947年9月張潔接任旅長,11月由蕭炳寅接任旅長職。
整編第六十六師長李仲辛。轄整編第十三旅,旅長羅賢達,1948年3月鄭潔接任旅長,整編第—八五旅,旅長周穆深；整編第一九九旅。旅長張潔,1948年10月蕭炳寅接任旅長,該旅於1948年6月拔隸第七十九軍,該師及所轄第十三旅6月在河南開封被殲．師長李仲辛自殺。7月又重建該師、以羅賢達為師長,轄第十三旅,旅長羅有經；第一八五旅．旅長袁樾人。1948年9月恢複第六十六軍番號,羅賢達改任軍長,各旅長改為師長。1949年初改隸第七綏靖區。是年4月該軍在皖南又一次被殲。
