昌吉曆史悠久,在六、七千年以前的新石器時代,昌吉州境內木壘河一帶已有原始人類狩獵。公元3世紀初至6世紀中葉,境內先後為高車、突厥、西突厥鐵勒部等部族遊牧駐地。公元800年,回鶻在高昌建立回鶻汗國,北庭為陪都,自此這裏便成了回族聚居區之一。公元十三世紀初,元朝在今吉木薩爾縣別失八裏設行尚書省,統天山南北畏兀兒之地,成為新疆及鄰近地區的政治、軍事、文化中心,首府即今吉木薩爾縣北庭故城。
昌吉州地處天山北坡經濟帶的核心區域,從東西北三麵環抱自治區首府烏魯木齊市;建有烏拉斯台國家一類季節性口岸和亞中商城國家二類通商口岸;州府昌吉市距烏魯木齊國際機場18公裏,第二座亞歐大陸橋、312國道、216國道、吐烏大高等級公路、烏奎高速公路和亞歐光纜都從州內通過,是東聯內地、西接中亞、歐洲市場的黃金通道。
昌吉地勢南高北低,由東南向西北傾斜,南部是富庶的天山山地,中部為廣袤的衝積平原,北部為浩瀚的沙漠盆地,此區域為橫亙南部的天山的北坡,習慣稱之為"天山北坡"。境內有冰川1319條,麵積1033平方公裏。昌吉光照強、晝夜溫差大,適宜並盛產小麥、玉米、水稻、棉花、糖料、油料、西甜瓜和各類水果。礦產資源富集。主要有煤炭、石油、石灰岩、芒硝、石墨、碧玉等50多種,都具備很高的開采價值。
昌吉旅遊資源獨具特色。有著名的國家級旅遊風景區--高山湖泊天池、有始建於漢代的西域曆史名城北庭都護府遺址、有距今3000年曆史的呼圖壁康家石門子原始生殖崇拜岩畫、有亞洲最大的恐龍化石發掘地、東方最大的古森林化石群及鳴沙山、原始胡楊林等人文和自然奇觀。
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