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1931年，穆罕默德伊敏於哈密起義，反對新疆軍閥盛世才獨裁及專橫的統治；甘肅軍閥馬仲英亦乘機派兵入疆，大戰盛世才。伊敏於1933年，靠著英國支持，建立東突厥伊斯蘭共和國，勢力範圍包括喀什及禾田。後來，盛世才戰勝馬仲英，伊敏流亡海外，東突厥伊斯蘭共和國滅亡。

1940年後，伊敏秘密回疆，並於1944年倚靠蘇聯的支持，在伊犁、培城、阿勒泰等地重建東突厥伊斯蘭共和國。1945年，蘇聯與中國簽署密約，以外蒙古獨立，換取新疆不獨立。1949年，蘇聯將新疆三區交與中共軍隊。中共軍隊入疆，大敗伊敏，伊敏再度流亡海外。

1954年，中共在新疆進行土改，不少田地被充公。阿不都依米提再建東突厥伊斯蘭共和國，與中共大戰禾田，阿不都依米提戰敗。1962年5月，因為大躍進導致饑荒，伊寧市政府被民眾嚴重破壞。當時中蘇交惡，蘇聯駐伊寧領事館向民眾大派蘇僑證及開放邊境，大量民眾逃亡到蘇聯，不少都是“東突厥伊斯蘭獨立運動”的骨幹。

文化大革命爆發後，因為可以進行武鬥及組織公社，東突厥人民革命黨於是成立。1978年時，其基層組織已遍及整個新疆。後來，得到蘇聯支持，其領袖阿洪諾曾率領部隊從喀什跑到中蘇邊境，企圖立國。不幸，途中被捕。

1984年，胡耀邦采取懷柔政策，重建清真寺；規定30戶人家毫可有1所清真寺（是1979年的6倍），亦準許民間辦刊物及宗教學校。這段時間可算是新疆民族與漢人的密月期。

1989年，六四事件發生，泛突厥及泛伊斯蘭主義高昂，加上對懷柔政策完全失望，有伊斯蘭傳教士甚至提出聖戰。

1990年，位於土耳其的“世界伊斯蘭統一者”宣布，要協助“東突厥伊斯蘭獨立運動”在新疆辦學，並選擇人才到土耳其留學。亦有1000名“東突厥伊斯蘭獨立運動”年青成員到阿富汗培裏班遊擊隊中學習戰爭，亦有不少武器由阿富汗等地偷運入疆。

1997年2月，伊寧發生反漢示威，8人死亡，過100人受傷。在香港，龍緯汶等人向新華社示威，要求和平解決新疆種族衝突。