改變了世界史進程的四個密碼子。
直言了，2021-05-23。
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/four-codons-changed-world-history.html
https://sites.google.com/site/zhiyanleback/2021-1/z20210523-quay-paper
至今一年多了，關於本次疫情病毒的病源討論，有個特別問題：病號樣本病毒基因有一組密碼子序列：【CCT-CGG-CGG-GCA】。不管是認為病源來自哪裏，國際學界一致把這組密碼子看作新冠病毒之“新”的最重要證據；甚至有的說，正是這四個組合密碼子，改變了世界曆史進程、使得當今世界地緣政治格局越來越是19世紀中後期的無序衝突狀態，即世界大戰的前夕的狀態。
關於該密碼子組合序列的討論不少。最出色和最有說服力的，是美國病毒學家奎伊關於病毒病源分析的報告（Dr. Steven C. Quay: Bayesian Analysis of SARS-CoV-2 Origin, 27 January 2021）。病毒學家奎伊是國際學界公認的全球最高層次的1%的業內行家之一，是全球業內在學術和應用兩方麵都是多產和高質量的科學家。
奎伊的分析報告說，該序列的明顯功能是增強病毒的“功能獲得”（Gain of Function, GoF；中國大陸同義稱呼為“跨種傳播”，即：使用基因工程技術、把本不傳人的病毒改造為可傳人，以此研究開發相關疫苗和藥品）。根據海量證據，奎伊的分析報告說，該組合的每個密碼子單獨分別出現，不新鮮；然而，它們組成一組的序列、尤其是其中的CGGCGG組合序列，自然界動物沒有、而隻有人體才有。如此，在自然條件下，人類基因組是怎麽成為新冠病毒的一部分的？而密碼子組合CCT-CGG-CGG-GCA更是自然界沒有的，如此，病號人體基因序列中的該四個密碼子從何而來？奎伊說，自然界或自然界動物具有該組合序列的可能性微乎其微，而實驗室操作應用該序列的可能性極大（原文：Current likelihood: Zoonotic origin (0.2%), laboratory origin (99.8%)），且用基因編輯手段實現並不困難。
圖表01： 美國衛生部人類基因數據庫說明，目前所知，隻有人類具有CGGCGG為核心的組合片段（上為人類基因序列，下為武漢病號樣本病毒基因序列）：
| 圖表01：人類特有基因片段是如何跑到病毒基因序列之中的？ |
| 一：人類染色體基因序列（來源：美國衛生部人類基因數據庫） |
| RefSeq: NP_079151.2 |
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_079151.2 |
| LOCUS NP_079151 753 aa linear PRI 12-DEC-2020 |
| Nucleotide Sequence (2262 nt): |
| ATGGAGACCTTTGAGCCCATCAGCCAAGAGCCCCTCAGCCAAGCCAGCTATGACAAAGCCCCAGACCCAG |
| TTCCTGAGCTCCAAGACTCGTTCTATGCAGAACTGCAACGTGCAGAGAGCCTCCAAGAGAAGAGCATAAA |
| AGAGGCCAAGACCAAATGCAGGACAATTGCATCCCTGCTCACTGCAGCCCCCAACCCCCACTCCAAAGGG |
| GTACTTATGTTTAAGAAACGGCGGCAGAGAGCCAAGAAGTACACCCTGGTGAGCTTCGGGGCTGCTGCTG |
| GGACAGGCGCTGAGGAGGAGGACGGCGTTCCCCCCACGAGTGAGTCCGAGCTGGACGAAGAAGCCTTCTC |
| 二：武漢病號樣本病毒基因序列（來源：美國衛生部病毒基因數據庫） |
| SARS-2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome |
| NCBI Reference Sequence: NC_045512.2 |
| https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512.2?report=fasta |
| TGAACATGTCAACAACTCATATGAGTGTGACATACCCATTGGTGCAGGTATATGCGCTAGTTATCAGACT |
| CAGACTAATTCTCCTCGGCGGGCACGTAGTGTAGCTAGTCAATCCATCATTGCCTACACTATGTCACTTG |
| GTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCTATTGCCATACCCACAAATTTTACTATTAGTGTTAC |
該人類染色體基因序列中，CGGCGG記錄的是Arg-Arg蛋白組合。介紹說，該組合對人體的免疫等方麵具有相當重要和獨特的作用（有個專門術語稱之為弗林（Furin）效力）。
奎伊的分析報告指出，大量證據說明，以CGGCGG為核心的組合片段CCT-CGG-CGG-GCA對病毒的傳播力和破壞力的穩定增強具有相當重要的弗林效力貢獻作用；該組合及其作用在自然界不存在，故而，隻有病毒來自實驗室操作才有可能解釋為啥該組合出現在病號病毒樣本的基因序列之中。
其實，中國大陸科研實驗的事實支持奎伊報告。僅舉一例：北京、武漢、上海和深圳等地流行多年的一個病毒實驗，就是冠狀病毒與人體受體基因組的互動的【跨種傳播】，其一個手段、就是把人類基因片段移植到動物（譬如蝙蝠和豬鼠）體內搞試驗。如此，當然，動物攜帶的病毒就具有了人類基因片段。這不就是實驗室操作或人工合成嗎？
再說個細節。中國軍醫和新冠疫苗開發領銜者陳薇的說明也是支持奎伊論述的，盡管陳薇沒有直接說她的學術成就和疫苗開發成功的科學道理方法其實與奎伊博士的分析方法是彼此吻合的。譬如，陳薇說：增加基因CG及其均衡布局可以增強病毒的穩定性和傳播力。那就是“功能獲得”且是通過CG基因數量布局實現的。而基因密碼子序列CCT-CGG-CGG-GCA正是如此：12個基因中，C和G分別占有5個、其餘兩個是AT，即CG占了絕大多數。
從隱形基因（詳見美國國家標準局關於隱形基因的文獻）角度看，更是如此，且不但是“功能獲得”的增強，還達到了組合總體結果的CG均衡。如下：
圖表02：
| S-Gene Codon Freq. re WH01 (NC_045512) | |||||||||||||||
| Pos. | BC | I | II | III | IV | V | VI | BC | I | II | III | IV | V | VI | Sum |
| 681 | CCT | ATG | GCA | GTA | CCA | TGA | CGT | 24 | 15 | 37 | 45 | 21 | 57 | 28 | 227 |
| 682 | CGG | TAC | TAC | ACG | TCA | TGT | GCA | 27 | 50 | 50 | 7 | 53 | 60 | 37 | 284 |
| 683 | CGG | TAC | TAC | ACG | TCA | TGT | GCA | 27 | 50 | 50 | 7 | 53 | 60 | 37 | 284 |
| 684 | GCA | TGA | GTC | CTG | AGA | CTT | CAG | 37 | 57 | 46 | 31 | 9 | 32 | 19 | 231 |
表格中，POS為四個密碼子在病號樣本S-基因序列的位點；BC為顯性密碼子（基礎對），I到VI為每個顯性密碼子所含有的隱形密碼子；右部數字為每個密碼子對應的能量水平。
可以看到，合計而論，單個基因共有84個，其中A有20個、C有23個、G有21個、T有20個。那是個相當均衡的數量布局狀態。就能量水平，CG比AT多出大約100個單位，即：單個基因數量布局均衡的同時、CG的能量水平更高，因而可以發揮傳播力穩定性增強作用。
誠如中國軍醫陳薇所說，這種均衡布局和傳播力增強的基因序列，是通過基因編輯工程技術實現的，即是通過人工合成實驗室作業來實現的。如前說，陳薇沒有直接說，但她的方法說明實際上是支持奎伊博士的分析報告所指明的方法結論的。
值得很關注的是，奎伊列舉大量病毒基因學證據說明，所謂病毒病源來自蝙蝠RaTG13的說法不成立，甚至該樣本涉嫌實驗室作業（大白話說，就是個用來掩蓋真相的偽造品），因而，該樣品說是2013年采集的、卻在大約七年後的疫情公開後一個多月才公布，就不奇怪了。（注：還值得關注的是，當今，世衛組織年會召開之前，國際學界不少知名行家陸續發表公開信、要求該機構重組新的和真正獨立的病源調查之際，RaTG13的提供者即武漢病毒所石正麗團隊，又搬出了一個蝙蝠樣本RaTG15、說是2015年采集的。眼下，他們還沒有提供完整的基因序列樣本）。
奎伊的分析報告說，在寫作的時候，他向中國武漢病毒所石正麗、美國方麵的主張病毒病源來自自然動物的達薩克和安德森等各位相關學者們發函，請他們回答報告提出的問題（尤其是以CGGCGG為核心的組合片段CCT-CGG-CGG-GCA密碼子序列的來曆問題）。可是，那些學者沒一個能做出答複，而是采取了“鴕鳥政策”、甚至有的采取了封鎖社交媒體賬號手段（不許未經授權的讀者閱讀他們的東西或留言）。
值本文結尾，美國主要媒體報道了《華爾街日報》報道，說明實驗室研發泄漏病毒可能性極大。這是重要的【風向變化】：須知，此前一年多，那些媒體慣於給該見解扣上一頂【陰謀論】的政治帽子。與此風向變化，那位一直說病毒病源來自自然動物而不會來自實驗室的美國福奇先生，也改口了。譬如，記者問他是否還堅信病毒病源來自自然，福奇回答說：不，不堅信（即不排除實驗室泄漏可能）。
參考閱讀（一）：
Bayesian Analysis of SARS-CoV-2 Origin.
Dr. Steven C. Quay, 27 January 2021.
https://drquay.com/wp-content/uploads/2021/01/SQuay_Bayesian-Analysis-of-SARS-CoV-2-FINAL-01.27.2021.pdf
WSJ: Intelligence on Sick Staff at Wuhan Lab Fuels Debate On Covid-19 Origin.
May 23, 2021 2:57 pm ET.
https://www.wsj.com/articles/intelligence-on-sick-staff-at-wuhan-lab-fuels-debate-on-covid-19-origin-11621796228
Transcript: What Dr. Fauci told PolitiFact.
May 14, 2021.
https://www.politifact.com/article/2021/may/14/transcript-what-dr-fauci-told-politifact/
參考閱讀（二）：
Evidence-Based: Two Candidates re SARS2 Origin (II). 2021-05-14..
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/evidence-based-two-candidates-re-sars2.html
Two Candidates re SARS-2 Origin. 2021-04-29.
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/two-candidates-re-sars-2-origin.html
https://sites.google.com/site/zhiyanleback/2021-1/z20210429-two-origins
Again, SARS-2 Is Man-made. 2020-03-02/ updated: 2020-04-25.
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/again-sars-2-is-manmade.html
A Deleted Record 被刪除的記錄。
SARS2: PRC Case, 2019-11-20
https://zhiyanleback.blogspot.com/p/a-deleted-record-sars2-prc-case-2019-11.html
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此外，Justness的解釋說明簡明扼要，請您虛心學學，再去檢索。好吧？
S1和S2之間插入PRRA（四個氨基酸），相當12個堿基對，不可能是自然變異，隻能是人工操作。
插入（inserts，換句話叫人工操作）片段(PRRA)位於681-684位置，人工病毒的證據，不是自然變異。自然變異是隨機的，不會連續變異。
A Ala Alanine 丙氨酸
R Arg Arginine 精氨酸
P Pro Proline 脯氨酸
DNA: CCTCGGCGGGCA, S proteins: PRRA;
最後，提醒一下：奎伊報道說的CGGCGG是兩個密碼子，而您做的是單個基因檢索，兩碼事。重複建議：做做功課再去檢索，好吧？
舉例：被世衛中國聯合報告稱為新冠病毒起源的蝙蝠RaTG13，攜帶病毒有AGCCGGCGGTAT，但不是病號樣本的相關基因序列，盡管兩者都有CGGCGG，但並無同源性。高相似不一定同源，同源必有較高相似度。做做功課再去檢索，好吧？
您的檢索方法，學界已經嘲笑過，說：用AAA去檢索整個自然界，能發現新冠病毒早在公元前2019年到處都是了。
本文討論的是病毒，不是動物染色體。
您把同源檢索對象擴大到整個地球，到處都有。
Mus musculus BCL2-like 13 (apoptosis facilitator) (Bcl2l13)
Query 1 CCTCGGCGGGCA 12
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Sbjct 1302 CCTCGGCGGGCA 1291
Mus musculus shroom family member 3 (Shroom3)
Query 1 CCTCGGCGGGCA 12
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Sbjct 2636 CCTCGGCGGGCA 2625