嘉靖二年（公元1523年），浙江寧波發生了兩夥日本人打鬥的騷亂。騷亂之嚴重不亞於一場小型戰爭。一夥日本人為攻擊另一夥日本人，把一處樓館點著。被襲擊者縱馬飛奔，奪船逃跑。追逃馬隊穿過寧波鬧市，一路洗劫。從寧波直到餘姚，再到紹興城下。前來維持治安的幾個明朝武官被殺被俘，讓大明朝廷毫無顏麵。
史書的說法叫“爭貢之役”。在其時，上貢是一件一本萬利的事情，外國商船運載貨物到中國來，貢獻物產。朝廷收受貢物之後，以“國賜”形式回報中國物產。這種情況，總是進貢得少，賞賜得多。朝貢獲利巨大，足以讓日本國內的各股政治勢力鬥爭廝殺。
嘉靖二年，這是日本盼著已久的朝貢期，日本大名大內氏組成上貢使團，由宗設謙道手持勘驗名冊、率領三船三百餘人前往中國。而就在此時，他的政敵大名細川氏也派出使團赴明。這兩隊人馬於四月底到達寧波，由於細川氏使團的副使宋素卿是中國人，深明市舶司時敝，暗中行賄於管理上貢團的市舶司大太監賴恩，遂先行驗貨。市舶司隨後在嘉賓堂歡宴二個使團，在安排席位次時，又將細川氏使團置於首席。
眼看自己手持真正的貿易憑證，卻被對手搶先，本就多海盜的大內氏使團對細川氏的使團發動了襲擊，終於驚動了明廷。明朝政府要求日方懲辦宗設及倡首數人，放回被擄中國官民，繳還舊有勘合，遵守兩國所訂之約，如此方許換給新勘合，繼續貿易。然而日本拒絕了，加之“地理大發現”以來歐洲殖民者的接踵而來，沿海治安多次陷入危機，嘉靖幹脆簡單粗暴的一關了事——停止一切貿易活動，全麵實行海禁，期望以圍堵的政策來減輕倭寇的威脅。
隻是日本人的需求在這裏，海禁之路使得本就暴利的中國商品價格再次暴漲，這些經濟利益能讓人藐視一切風險，馬克思早已說過說：“資本如果有百分之五十的利潤，它就會鋌而走險，如果有百分之百的利潤，它就敢踐踏人間一切法律，如果有百分之三百的利潤，它就敢犯下任何罪行，甚至冒著被絞死的危險。”皇帝的聖旨無法堵絕日本人對各種物資的需求，既然無法通過貿易渠道獲得，那就去搶吧，一場讓嘉靖無法想象的倭患不可避免的到來了。
據曆史學者陳懋恒的研究統計，在嘉靖三十一年（1552年）之後的15年內，倭患共計609次，占到了整個明朝倭寇侵擾記錄的80%左右，及至隆慶與萬曆年間又驟減，平均每年不足1次。
對於這場倭患，按照中國主流輿論解釋，譬如《中國曆史大辭典》：“明時騷擾中國沿海一帶的日本強盜。十四世紀初，日本進入南北朝分裂時期，在長期戰亂中失敗的南朝封建主組織武士、浪人到明朝沿海一帶走私搶掠，進行海盜活動。從洪武時起，明朝致力於加強海防，永樂十七年（1419）明軍於遼東望海堝全殲來侵之倭，此後海防較為平靜。嘉靖以後，日本進入戰國時代，在封建諸侯支持下，日本海盜與中國海盜王直、徐海等勾結一起，在江浙、福建沿海攻掠鄉鎮城邑，明朝東南倭患大起。明廷多次委派官吏經營海防，但因朝政腐敗而難有成效。嘉靖後期愛國將領戚繼光、俞大猷在廣大軍民支持下，先後平定江浙、福建、廣東倭寇海盜，倭患始平。”
這解釋說出了一部分真相，然而與曆史仍存在著相當的距離。與日本倭寇勾結的遠不止王直等人，嘉靖時期的倭患，不如說是海商對海禁政策慘烈抗議。
從宋朝以來，中國東南濱海地區人口增加迅速，當地居民一直將出海貿易視為衣食之源，海商、水手、造船、修理、搬運加上種種服務，可以說大海養活了起碼百萬計的沿海居民。在福建，有句話叫做：“海者，閩人之田。”明朝海禁令無情地把當地居民的“田”給剝奪了，飯碗跟著也砸了。在廣東潮州、福建泉州、漳州地區一向是通商出海的發舶口，“潮漳以番舶為利”，不許貿易等於斷了他們的生計。
對茫然失所的沿海居民來說，眼前擺著兩條路：要麽忍饑挨餓，要麽鋌而走險進行海上走私。走私利高，一旦被政府發現就以倭寇處置，被定性為寇的海商隻能淪落海上，參與類似於倭寇搶劫活動；最終變成倭寇。
同時，倭寇大量擄掠中國居民，迫使他們加入倭寇行列。明朝的中國人是不剃發的，但被掠走的男性都被剃成日本人一樣的頂禿發型，使得他們難以擺脫倭寇回到國內，不得不同流合汙。由於對抗朝廷是死罪，為了避免家人和親屬受牽連，這些淪為海盜的中國人也情願裝成是日本人。
所以並不是一個兩個，在倭寇中甚至出現中國人十之七八、日本人十之二三的情況。大量沿海居民自願或不自願的成為倭寇中的一員，或與日本海盜勾結在一起，從日本基地一次又一次的對中國沿海發起攻擊。而他們比真正的日本倭寇熟知地情，又有廣泛的群眾接應，於是作戰時，看似荒唐的一幕屢屢發生：倭寇天時地利無所不占，他們能避開明軍，乘其不意，攻其不備。
參加過抗倭戰爭的明人萬表記錄道：“杭州城歇客的店家，明知是海賊，但貪圖其厚利，任其堆貨，且為打點護送。銅錢用以鑄火銑，用鉛製子彈，用硝造火藥，用鐵製刀槍……大船護送，關津不查不問，明送資賊。”“近地人民或送鮮貨，或饋酒米，或獻子女，絡繹不絕；邊衛之官，有獻紅被玉帶者……（與）五峰（即王直）素有交情，相逢則拜伏叩頭，甘心為其臣仆，為其送貨，一呼即往，自以為榮，矜上挾下，順逆不分，良惡莫辨。”
本來明軍東南海防已日益廢弛，兵器裝備上也不如倭寇。失去了沿海群眾的支持，明朝海禁政策在執行時異常困難，“禁之愈嚴，則其值愈厚，起之者眾，私通不得，則掠奪隨之”。於是倭寇橫行，猖獗泛濫。
直道戚繼光橫空出世，針對日本軍事化了的倭寇專門製造兵器、布置陣法，才大體上實現了“但願海波平”的誌向。
不過這並不能治本，戚繼光等人隻是剿滅了以中國人為首的倭寇，並沒有深入到日本本土，因此，還有很多日本人或以日本為基地的倭寇繼續做著海盜的營生。縱使戚繼光幾乎殺光閩廣一帶的倭寇，新的倭寇又總是馬上出現。隻要中國海禁未開，王直請降時的主要訴求“惟願進貢通市而已”不能做到，倭寇之禍自是不能平息。
明後期後統治階層也意識到了這一點，隆慶皇帝繼位後便宣布開關，準許國內人民販貨於東西兩洋，承認私人貿易的合法性。此政一出，中國海商終於有了走出國門的通道，嘉靖時期轟轟烈烈的倭寇也就自行消散了。
