雍正在位十三年的一大功績就是“改土歸流”。由於唐宋時期的羈縻州縣製度,放任“以土官治土民。”承認少數民族首領的世襲地位,並授予官職。而這就造成了土官肆意妄為,並且為爭利益,甚至越界摧殘漢民。而且土官家族內部為爭首領之位,自相殘殺;廖無寧日。
雍正四年(1726年),清大臣鄂爾泰大力推行改土歸流。即選派有一定任期的流官直接管理少數民族地區的政務。對反抗清廷流官,“恩威並用。”對少數激烈反抗的土司,“盡屠醜類。”其後滇、黔、桂、蜀、湘、鄂省的苗、彝、布依、侗、白、傣族“俾得各安其業。”
生活在湘西、黔東、川北的苗民素來桀驁不馴,改土歸流後清廷推行“苗漢雜居”。但效果不佳。因為清朝疆域內人口從康熙朝的不斷飛漲,大量的湖廣百姓由於人多地少而利用“改土歸流”政策湧入湘黔貴。這就造成了本就山多地少的苗族居地的土地危機。 由於苗族“三十年一小反、六十年一大反”的暴動習慣,清廷對以高壓政策。從乾隆元年到乾隆六十年,苗區還算平靜。但官府無法阻止土地兼並,土地在此期間逐漸集中到滿、漢官紳手中。由於苗區各族人口也在六十年間飛漲,人地矛盾、族際矛盾越來越尖銳。
乾隆五十九年(1794年)二月,貴州銅仁小營寨苗民石柳鄧,湘西永綏黃瓜寨苗民石三保,在湘西鳳凰廳鴨保寨歃血盟誓,要“逐客民、複故土。”他們原定於第二年正月十五日起義。但由於消息走漏,石三保就於乾隆六十年(1795年)二月提前起事。清軍開始並未重視,但當地苗人群起圍攻各處城池。下乾州、圍永綏。而其中乾州的吳八月所率苗人最為悍勇。他們身披鐵甲,頭戴鐵盔、左盾又槍、口含利刃。翻山越嶺、穿溪過澗如履平地。而且槍法準,頗有現代狙擊手之風。吳八月越戰越勇,很快控製了湘西大片地區。老到的清軍主帥福康安一麵用強大的軍力不斷打擊義軍。一麵利誘義軍領袖之一吳隴登投向清軍。吳隴登出其不意抓住了幫其守寨的吳八月,吳八月後被清軍處死。
同樣的套路,石三保也被叛徒誘捕而亡。石柳鄧堅守平壟城直至嘉慶元年(1797年)十二月,後來傷重逝世。至此,湘西廟民起義被徹底鎮壓。清軍留兵二萬,“屯田養勇,設卡防苗。”但人多地少的矛盾並未得到解決,嘉慶九年(1804年)底苗民起義再起,直到嘉慶十一年十二月才被徹底鎮壓。
清廷以折損帶兵之將、撫民之官一百多員,用七省之兵,耗費白銀近百萬兩的待機價總算把苗民起義鎮壓下去了。但人多地少、土地兼並的問題並沒有解決,而且愈演愈烈。
守成之君嘉慶,不幸遇到了比他聰明能幹的多的父親、祖父和太祖父都未曾遇到的大麻煩。他的統治期正好是在清朝人口從爆破點到大拐點的快速上升期。但比起他的兒子道光帝、孫子鹹豐帝,他又幸運多了。