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閻顏之爭:大部分人都忽視了這個事實

(2022-11-10 05:30:48) 下一個

這個事實就是:單從蛋白質結晶體X光衍射數據解析出來的蛋白質3維結構是靜態模型,無法推導出動態的功能機製。

閻潤濤文章(Cell,1993;PNAS,1995,92:5973)描述了他們用氨基酸點突變進行半胱氨酸掃描實驗的結果,發現TM7片段中260-282位置的氨基酸在喇叭口“開”與“關”的過程中起重要作用。

 

 

顏寧的Nature文章(Nature 2014,510:121)主體有六個部分:

  1. Structure determination of GLUT1
  2. Implications for ligand binding
  3. Mapping of disease-related mutations
  4. Critical role of the ICH domain
  5. The extracellular gate
  6. Discussion

1是顏寧實驗室用蛋白質結晶體X光衍射數據解析出的蛋白質3維結構描述

2-5都是在用這個3維結構解釋已發表文章中GLUT1蛋白的各種氨基酸突變帶來的功能變化。文章中提到TM7片段裏Tyr 292, Ser 294 and Thr 295的作用,但是並沒有討論閻的文章中260-282位置氨基酸的作用

6 在1-5基礎上總結出一個動態模型

顏文章模型的關鍵在於TM7片段的“開”與“合”。沒有引用閻的文章,如何能夠推斷出TM7片段在喇叭口的作用?這在邏輯上是非常不合理的。

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閱讀 ()評論 (36)
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老泉 回複 悄悄話 這是2021的有關GLUT1的文章,比小顏的晶體結構分辯率更好,運轉機理有更多細節。引了小顏的2012,2014文章。沒有引Maloney的任何文章.
Structural comparison of GLUT1 to GLUT3 reveal transport regulation mechanism in sugar porter family
T?nia Filipa Custódio, Peter Aasted Paulsen, Kelly May Frain, View ORCID ProfileBj?rn Panyella Pedersen Correspondence email
Published 3 February 2021. DOI: 10.26508/lsa.202000858
iask 回複 悄悄話 “接下來我講講解析蛋白結構的大概流程。首先是需要得到這個蛋白的cDNA序 列,接著選擇合適的表達係統表達蛋白,然後是長晶體(這步現在也可以沒有 了),拿到晶體就可以送到專門的core去解析了。後續的工作都是由專業人員幫 忙做的,至少在我們這裏我們是不需要關注結構是怎麽算出來的。相信看到這裏 有些人已經明白了,對於不同的蛋白,流程基本是一樣的 (1. 蛋白表達純化;2. 準備電鏡Sample; 3. 做電鏡;4. 處理數據;5. 發文章),需要改的就是實驗 條件,當然膜蛋白會麻煩不少。據我所知(聽說啊,並不是百分百確定),在顏 寧和施一公的組裏,學生都是流水線作業的,學生隻做自己那部分的工作,甚至 都不用讀什麽文獻,隻要照著protocol做,不同的蛋白改改條件、不停地試就可 以了,概括起來就是:費那看文獻的勁幹嘛?直接幹不就完了?這樣的好處自然 是效率很高,對老板來說是好的,可對於學生而言就不那麽好了。因為phd階段 重點要訓練的是critical thinking,需要讀很多文獻,最終的目標是把學生培 養成independent researcher,而不是熟練的technician。雖然施一公和顏寧都是在資本主義的大本營美國接受的教育,但到自己當了PI之後,還是充分發揮了 社會主義製度集中力量辦大事的優越性,集中力量解結構,而不是像很多美國PI 那樣,讓學生接受全麵係統的科學訓練。真正的科學家,除了發發paper,另一個更重要的任務,就是要給人類培養新的下一代的科學家。很遺憾,在這方麵, 施一公和顏寧基本做到了一將功成萬骨枯。 ”

業內人士的評價,方舟子的視頻觀點也與此類似。 這裏懂行的網友對上述的 (1-5) 流程有異議嗎? 可別拿專業詞匯轉著圈忽悠我們這些外行。

轉自 https://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4164466.html
圓老扁 回複 悄悄話 老閻是小顏的師叔啊,九泉之下的他早該釋然了吧?我這外行看來小顏論文裏如果真的提了自己的師叔或者導師的導師,就是報一下自己的師門,似乎沒啥損失。不知道學術圈的怎麽看?
Noahh 回複 悄悄話 開關的機理很普遍,為何非得引用他的?
顏寧的GLU1文章是研究人的蛋白,搞生物的人都知道,那個重要性比別的物種都要高得多,同一水平的人家就能上CNS,別人不能。她的引用文章有一大部分是人類疾病,也就是強調重要性。

研究GLU的人很多,每個物種都有這個蛋白,多你一個不多,少你一個不少。她可以不引用你的文章,除非是行內裏程碑的。老閆的文章是細菌的,畢竟不是人的蛋白。
你可以辯解說這一類的結構和功能很類似,那麽以下顏寧引用的轉運蛋白綜述2013“自然結構和分子生物學”權威雜誌就已經足夠了。


Published: 05 June 2013
This is about the in and the out
Peter J F Henderson & Stephen A Baldwin
Nature Structural & Molecular Biology volume 20, pages654–655 (2013)Cite this article
時不時來看看 回複 悄悄話 這事唯一有關的人是顏寧,其他人按顏寧的話都是“吃瓜的”。顏寧不在乎,大家也沒必要在乎了。我也不在乎,不發言了。
時不時來看看 回複 悄悄話 老閻受許多人的尊敬,有一個原因是他能早早地把騙子給區分出來,讓大家警惕,小心上當,這是他的仁。顏寧偷他嘔心瀝血搞出來的成果,就像人販子偷了自己的孩子在賣,當爹媽的能不一眼就看出來?老閻隻想給大家證明那個結果是他的,這必然證明顏寧剽竊,故而寫了一係列博文,至於結果如何,他無所謂,僅此而已。
時不時來看看 回複 悄悄話 以我對老閻的了解:他揭露顏寧剽竊這事的目的用兩個字是“求是”,用四個字是“事實求是”。他擔心顏寧回去做藥,騙大家,但他管不著,也不會去管,管騙子是老天爺的事,“出來混遲早要還的”,我也信。
時不時來看看 回複 悄悄話 "潤濤閻:顏寧剽竊實錘與中國政府應該調查此案 (2019-07-29 12:11:34)”博文中提到:

有用馬甲在網上幫顏寧洗地的建議潤濤閻去找《自然》雜誌揭發顏寧剽竊一事。我寫信了,也給當初在媒體上讚揚顏寧在2014年論文的大教授們寫信了。就是問他們顏寧論文裏的內容,他們能否幫她找到反駁的理由。如果能找到,告訴我。我還在等回音。

老閻還在等回音吧?
時不時來看看 回複 悄悄話 笑薇前編輯前審稿人:

"我相信,Nature 也是blind review 程序"這個似乎時間上與顏寧發文章的時間有點不符,Nature提供投稿人選盲審似乎是2015年開始的,依據是他們的公開文章,鏈接在這,https://www.nature.com/articles/518274b

“既然潤濤閻提出訴訟,既然Nature 做了調查,一定有結果。”恕我沒注意到老閻說過提出訴訟(您指的是法律訴訟還是別的訴訟?),Nature做了調查。請問您在哪裏看到老閻這麽說的?老閻的博文和答複網友問題都在,如果說過應該還能找到。


五等居民 回複 悄悄話 +100,君均臣誠-從實案例看顏寧“抄襲”,ft 發表評論於 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上麵鏈接的帖子:從實案例看顏寧“抄襲”。
有誰知道這網站是哪裏的?
據內容判斷,博主應該是大學教授。
houtou72 回複 悄悄話 再寫幾句:

“無論如何,顏寧的文章沒有引用閆先生在先發表過的文章,對於她自己的研究的論述水平來說,是一個降級別的觀點。”

這是我對發生的事件的綜合看法,或結論。

顏寧女士如果在她的文章中引用了閆先生的研究文章並予以論述和科研水平上的定位, 那麽就是一個完整定位她自己在業界的位置了。那樣的話,她的理論水平就更全麵更高些。但是她沒有引用應該引用的文章是事實。也就失去了給自己的研究成果在科學界定位的完美基礎。這個事實很可惜。但這與過程,特別是事後的過程無關。這些在我看來已經是不重要的了。

科學界發表過的文章不都是完美無缺的。即便是超一流的雜誌。但這並不影響人們對這些雜誌水平的仰視。
笑薇. 回複 悄悄話 回複playnice,

我做過peer reviewer, 也做過editor,我熟悉審閱和出版過程, 所以我問調查結論是什麽,怎麽會被3個reviewers 通過。如果需要citation 或者 reference 的地方,reviewer會指出,並要求加上。我相信,Nature 也是blind review 程序,除非,3個reviewers 對顏的研究非常熟悉,一讀就知道是她的研究報告,否則無從知道作者是誰。我也不認為所有3個reviewers 都故意不指出需要citation 或者reference,讓顏女士丟醜。或者故意網開一麵,放鬆一個citation/reference 的要求。

既然潤濤閻提出訴訟,既然Nature 做了調查,一定有結果。可是結果是什麽呢?潤濤閻沒說。我不想說,結果並沒有favor 訴訟者,因為我不想猜測。為什麽潤濤閻自己隻說他提交了訴訟,而不說調查結果呢?
houtou72 回複 悄悄話 無論如何,顏寧的文章沒有引用閆先生在先發表過的文章,對於她自己的研究的論述水平來說,是一個降級別的觀點。

事實正是如此:她和施一公的研究成果可以說是先進水平,但絕不是超一流的科學指導性水平。僅僅是沿襲學界的慣性思維的推進:絕不是什麽高瞻性的突破性開創成果。她和他更沒有也沒那個水平達到開創一個全新的研究方向。更不要說有這個水平的研究成果了。

這是我幾年前給他和她的結論。至今仍未見到整個業界有在蛋白質結構的科研理論和研究成果有如我提出的如此界定水平的進展出現。

一覽眾山小:我能下此結論,便有能下此結論的眼界和水平。
雪花漂飄 回複 悄悄話 顏女士科研水平還是蠻高的, 閆先生水平也高,顏女士沒用閆先生文章,隻有她自己真正清楚原因。另外樓上 碧螺春珍珠奶茶 所言極是。

作為閆先生多年讀者,雖然他有時演繹成分多,但的確很好看,也有一些道理。

他博文裏寫過,閆先生為了妻子及2個寶貝女兒選擇幫助妻子經營其實驗室,並不是差到隻能到妻子實驗室打工,他隻是在自己事業和家庭之間做了一個自我犧牲的選擇,以我人生經驗,他是十分偉大的, 至少對家人。 憑他的專業水平回國不會比RAO等差, 他沒有個人回國,他選擇愛妻子女兒, 在美國陪伴女兒妻子。我向他致敬!

古龍 回複 悄悄話 閻顏之爭不是那個領域的專家,誰也說不清。但從顏在當前中國的政治形勢下,高調回國,寧肯回去做核酸被隔離,就可以看出她不是什麽好鳥。一定是個騙子
BMC 回複 悄悄話 即使退一步來說,老閻對顏寧所有的指責都是事實,顏寧確實是看了他發表在Cell的文章而模仿並設計她的實驗,他也不能說顏寧剽竊他的idea. 在科學研究中,剽竊的對象是未公開發表的idea和科研數據。一旦公開發表,它們就是公眾財產。隻有有商業價值的產品才可以申請專利,才有exclusive的性質。scientists 有權模仿他人公開發表的研究成果而不構成侵權。但模仿他人實驗的人在學術界會被同行看不起,這些缺乏原創性的文章即使能發表也是在低檔雜誌。
Stegy223 回複 悄悄話 我的一點意見.
"解讀閻顏之爭這一半科學公案的一篇關鍵文獻"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html

TexasIns02 回複 悄悄話 真沒必要和這裏的一群固執自私的老者們辯論,他們就喜歡在中國城的茶館裏麵閑坐的,胡說八道。。。
jty 回複 悄悄話 樓主的問題問到點子上了。基於以下兩點,顏寧不需要知道老閆的工作也可以得出她的動態模型: (1)早在1975年就有論文用和老閆相似的邏輯的生化實驗數據(雖然沒有用基因突變的手段,而是用inhibitors)證明了喇叭口模型構型轉換在Glut1的存在。(2)顏寧在2012年在自然雜誌上發表過一篇XyIE三維結構的文章。XyIE是Glut在大腸杆菌裏的homologue,其晶體的構型和Glut1晶體構型相反(一個朝裏一個朝外)。顏寧通過對這兩個蛋白的結構進行比較就可以推斷出TM7在兩種構型裏和TM1怎樣互動。當然,不需要不等於沒有做。
北美_原鄉人 回複 悄悄話 老閻當年與小顏連篇累牘的爭辯時候,我跟了兩句。第一句說好男不跟女鬥!第二句說你要有那麽多的時間和精力,早就可以寫出搞出超過她的研究了。

無論有人怎麽判斷、怎麽爭辯,必須看到學術界科學界理論界至今為止任何人都沒有辦法推翻,都沒有辦法否定小顏的結果。實踐的結果才是檢驗真理的唯一標準和最後標準。這個世界隻看重結果,不注重過程。結果、結果、還是結果。有的人無論過程如何,所做的一連串的結果都是好的,都是對科學對人類有貢獻的, 都得到了社會和國家很高的聲望和報酬。少數人開始做出了好的結果,但接下去的十幾年,幾十年一事無成,去幹其他的了,或者去當網絡寫手、寫小說去了。這如同華大基因副總裁尹燁總結人生所說的,就算你是個B,往南就是NB,往北就是SB。每個人自己的格局最終決定了自己的選擇,也決定了自己的命運。所以, 麵對事情的結果,說什麽、說再多也沒有什麽用。
紅米2015 回複 悄悄話 ft 發表評論於 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上麵鏈接的帖子:從實案例看顏寧“抄襲”。
有誰知道這網站是哪裏的?
據內容判斷,博主應該是大學教授。


哇,連愛因斯坦的原創性都敢質疑。
藍天白雲915LQB 回複 悄悄話 一個著名醫學院的教授,文學城熱門博主,居然說潤濤閻是寫文章的,就這個認知,就下結論說:文學城第一博主潤濤閻可能冤枉顏寧。請問:一個寫文章的,居然能在世界級的科學雜誌以第一作者發表科學研究論文,可能嗎?

潤濤閻是一個隻要做一件事,就一定把它做到極致的人,他在做這個蛋白研究的時候,是花了很多心血,可惜的是,他沒有繼續做到底,所以,這樣重大的發現,為別人做了嫁衣裳。

所以,沒有專業知識的人,沒有資格貶低潤濤閻,潤濤閻在激怒以後,直接就指責顏寧抄襲,實錘欺騙,因為他能拿出有力證據,顏寧和施一公沒有半句申辯,象她們這樣的公眾人物,有權有勢,豈能忍受如此大辱?
zl8y 回複 悄悄話 隻要在學術界工作過,投稿審稿做過主編的都會了解,文章作者負全責對內容和道德的準確全麵性,包括引用。主編和審稿即使是專家,也不會了解到每一篇文章,尤其是主編會自由分給審核任務, 很多因素決定那一刻分給誰,絕對不可能確保是那個特別領域的#1, 知道所有的每個學術觀點。雜誌隻是一個提供同行平台各舒己見的地方,不會介入爭紛中, 除非是被證明的剽竊和荒謬。雜誌建議潤濤閻備注他的問詢,這就已經表明了雜誌的立場。除非撤稿,雜誌會保持中立。對於以發的文章,隻要有一些新的貢獻,雜誌就會中立,不會輕易撤稿。
ft 回複 悄悄話 https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上麵鏈接的帖子:從實案例看顏寧“抄襲”。
有誰知道這網站是哪裏的?
據內容判斷,博主應該是大學教授。
山鄉不仕老了 回複 悄悄話 樓主是內行。
山鄉不仕老了 回複 悄悄話 學術界這樣的事情不少。回想一下DNA雙螺旋結構的發現吧。
Wtp003 回複 悄悄話 其實簡單的事實是顏在閻的成果上有針對性的高效率地
出了和閻結論一致的成果(當然進一步),但沒給閻credit.連文獻都不提。
花名鴨仔 回複 悄悄話 閻喜歡繞這樣的彎子, 咋解釋都行, 可科學不是這麽回事, 必須直接, 客觀。

”我記得閻先生提到過一個比喻,顏的工作隻是看到碼頭站立的人,不能確定此人是從船上走下來,還是要上船過河。閻先生的工作是一個動態分析的試驗方法。謝謝博主!“
二胡一刀 回複 悄悄話 科學上麵有時候就是想到和沒想到的區別,老閻想到了。顏寧也許看過他的文章也許沒看過,死無對證,隻能如此了。
playnice 回複 悄悄話 對同行評審的期望值太高了。在學術界的都知道這是怎麽回事。

笑薇. 發表評論於 2022-11-10 06:57:46
那麽,是怎麽通過審稿人的? 潤濤嚴給編輯部寫了信,編輯部也做了調查。做出什麽調查結論?
lostman 回複 悄悄話 顏寧要不是侮辱老閻的人格,老閻也不會跟她較勁。顏寧自以為老閻不在原來的領域,她企圖憑借自己的名聲來詆毀老閻,竟然說老閻要碰她的瓷,真是顛倒黑白
回首前塵 回複 悄悄話 因為絕大多數人其實都不懂閻顏之爭的學術根據。結構生物學是一個狹窄的範圍,內行人真的很少
FollowNature 回複 悄悄話 本人不懂結構生物學,但想信閻潤濤的質疑一定有道理。 顏的碰瓷之說,實在太傲慢。
碧螺春珍珠奶茶 回複 悄悄話 不懂學術方麵 但憑顏寧對潤濤閻提出質疑的那種態度 就看低了這位名人幾分 至少風度很差 不過世界上就是這種人吃得開 跟楊振寧似的 怎麽都是恰到好處 對自己最劃算 潤濤閻有權力提出質疑 也有權力在文學城發表文章 如果顏覺得是誹謗 美國是法治國度 盡管起訴就好 她沒這麽幹就說明問題了
笑薇. 回複 悄悄話 那麽,是怎麽通過審稿人的? 潤濤嚴給編輯部寫了信,編輯部也做了調查。做出什麽調查結論?
葫蘆島 回複 悄悄話 我記得閻先生提到過一個比喻,顏的工作隻是看到碼頭站立的人,不能確定此人是從船上走下來,還是要上船過河。閻先生的工作是一個動態分析的試驗方法。謝謝博主!
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