應該是不可以，2012年我的一個朋友同樣情況沒能從克羅地亞進波黑和塞爾維亞

可以在克羅地亞簽。不過簽證的事情政策總在變化，尤其前南幾個國家都在申請加入歐盟的過程中，現在有變化也未可知。我自己的護照2012年就換成美國的了，去塞爾維亞和波黑是用的美國護照。所以我建議你最保險的辦法，是直接給波黑大使館發email，詢問官方意見。