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閻潤濤的四大假

(2019-09-23 14:31:01) 下一個

閻潤濤的四大假

在最近的葡萄糖轉運體的摸型討論中,博友們有時會提到一個叫pCMBS的探針,那這個探針是什麽和幹什麽用的呢?原來它是一個叫4-(氯汞)苯磺酸的有機汞化合物,pCMBS是它的英文簡稱。它可以通過其中含的汞和蛋白質中含的半胱氨酸上的一個活性比較強的巰基結合,形成一個比較穩定的中間物。

如果這個半胱氨酸處在某蛋白的關鍵地位,比如說一個酶或者通道的底物結合點(相當於牛皮沙發),當pCMBS結合後,那個沙發就會被它(相當於帶有發報機的馬甲)占了,讓蛋白不能再和底物(常坐沙發的人)結合,造成這些蛋白的活性降低,由於這個原因,很早的時候它就被人們用來測量某個半胱氨酸在一個蛋白中是否處在關鍵地位,並被稱為探針。有基本生化知識的人都知道這個探針很早就被人們發現和使用,到底從什麽時候開始的無從考證,但至少早於上個世紀九十年代。

另外一個常提到的方法就是半胱氨酸突變和掃描,這個方法是定點突變(site-directed mutagenesis)的一種,定點突變是指人為地將某個基因中的半胱氨酸代碼換成另外一個氨基酸的,這樣當這個基因被翻譯成蛋白時那個位置上的原有的氨基酸(在此為半胱氨酸)就會被另外一個氨基酸取代了,如果這個半胱氨酸很重要,沒有它的突變蛋白的功能就會受到明顯的影響,因此人們通過對這個經過基因改造的蛋白質的功能研究,可以確定被換的半胱氨酸在該蛋白中是否重要。

人們喜歡做半胱氨酸點突變的原因是它帶有一個化學活性很活躍的巰基,通常在維持蛋白的結構和功能時比其它氨基酸起更大的作用,從這個意義上講半胱氨酸是蛋白那20幾個氨基酸中的積極分子。打個比方就像是某生產線上的一個熟練工人(半胱氨酸),如果把他給換成一個新來的(其它氨基酸),這個生產線的效率就會明顯地下降。

由於這個原因,做半胱氨酸定點突變(site-directed mutagenesis of cysteine)也常常被用在膜通道或者轉運體的研究中,如果把一個蛋白中的半胱氨酸挨個的換掉,就叫半胱氨酸突變掃描(Scanning cysteine mutagenesis),這些方法也是很早就被用於這方麵的研究了,在九十年代初已經是比較標準的方法,而不是野路子了。

在膜通道研究的時候,人們常常把pCMBS探針和半胱氨酸掃描一起用,看看某個半胱氨酸在突變前後在膜的內或者外能否和這個探針結合,以及結合後會不會擋住底物在通道裏的正常轉運,從而研究這個半胱氨酸在通道裏的位置和會不會在和運載底物時起關鍵作用。

下麵一文是九十年代初的一篇文章,裏麵就用到了這兩種方法。

https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1016/0014-5793%2892%2980792-F

閻潤濤在寫第一篇有關博文的時候,不僅故意誤導讀者,說那是自己的探針和野路子,還聲稱將他研究的那個通道即UHPT上的所有氨基酸逐個做了突變,他當時是這麽說的:“這個膜蛋白大分子由455個氨基酸構成,我一個一個地突變這些氨基酸,做了455個基因突變體。我首先找到了“以假亂真”的探針分子。每個突變體在細胞膜上的兩邊用放射性底物單獨做試驗,把每一突變體的兩邊得到的數據分別做出圖,就是用鉛筆在作圖紙上畫出圖表。900多張圖的數據令我很頭疼。”

一看這個就知道這完全是在吹牛,因為:

一:就算他在那個實驗室呆了五年的時間,日夜的突變,也不可能把455個氨基酸都突變的。

二:沒有必要,一般對氨基酸的突變都會找那些比較關鍵的氨基酸盡心,他做的那一個就是所謂的半胱氨酸突變掃描,要做的就是把該轉運體中的關鍵的半胱氨酸進行了突變。 他發表的原文是這麽寫的:“Cysteine-substitution mutants were derived by oligonucleotide-directed mutagenesis based on the methods of Kunkel (15), as described (8), using a uracil-substituted singlestranded DNA parental template prepared from a variant in which serines replaced the six cysteines normally found in UhpT (8). ”這句話翻譯成中文的意思說:“半胱氨酸替代突變體是根據Kunkel(15)的方法,通過寡核苷酸定向誘變而衍生的,如(8)所述,使用尿嘧啶取代的單鏈DNA親本模板,該模板是由絲氨酸取代了通常發現在UhpT中的六個半胱氨酸(8)的變體製備。 ”

從這段可以看出,他實際上隻做了六個半胱氨酸,而不是455個氨基酸。

以前我就說過,閻潤濤寫東西基本上就是在吹牛,以前以為他寫故事的時候吹,後來看到他寫政論文的時候也吹,沒想到的是寫科學的東西的時候還吹,可見隻要能夠達到目的的,不管是什麽都一樣的大吹特吹,吹得過天花亂墜。

一個做科學的人如果這麽吹肯定是沒有什麽出路的,這也可能是閻潤濤沒有成為閻院士的原因之一吧,遺憾的是他這樣的人總是不能接受教訓,到現在還把人家的東西都當成自己的吹,說自己是:

第一個找到探針:”我首先找到了“以假亂真”的探針分子。",可那探針人家早就用了。

第一個用野路子:把當時很普通的半胱氨酸突變掃描說成是野路子,意思是獨創的的方法,吹的時候,也不看看自己文章裏是怎麽寫的,原來是“是根據Kunkel(15)的方法”

第一個對一個蛋白的所有氨基酸進行一個一個的突變,結果呢?不過是六個氨基酸。

第一個提出葡萄糖轉運的模型和機理,實際上呢?不過是一個顯示在第265位的半胱氨酸在轉運通道中可處於不同的位置的示意圖,間接地印證了前人提出的“alternate access”。

從閻潤濤上麵的這四個“第一個”來看,他為了抬高自己會不惜一切代價瞎吹亂吹。問題是這幾個“第一個”都不是真的,而是閻潤濤的四大假。他這麽做的目的就是要誤導博友和一般的吃瓜群眾,可惜,不是自己的再怎麽吹也成不了自己的,一而再,再而三地吹不僅不能把謊言變成現實,還會讓自己成為一個大笑話。

(注:這篇文章的前一部分曾以題為《探針和突變掃描》發過,今天加一段他吹自己將UHPT上的所有氨基酸都突變的那段,並總結一些他在這個問題上那四大假,以便讓大家認清他的吹牛花招。)

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評論
Stegy223 回複 悄悄話 煩人再神這個你“猜”不到。“半胱氨酸突變和掃描 - 老閻做了幾個點突變?”
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201910/7569.html

Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : 他當時是利用Kunkel的方法突變,還有其它的特別是後來的更快。
Stegy223 回複 悄悄話 回複 'wudaniang' 的評論 : ”這根本不是2019的水平,一看你就沒做過! 就是設計個引物而已. 隻要有可以做96孔板的PCR儀就可以了! 不知道就不要瞎說! 做了突變,有些一點功能都沒有,經過初篩,就不要再做下一步了.”

You are kidding me! 這裏沒有扯開的必要(地方也有限)。 我隻是想尊重事實指出老閻PNAS1995文中報道了29個Cys 點突變,因為感覺博主這點沒說清。

你說說:
1. PNAS2015報道了多少個?
2. 老閻做的Cell1993, PNAS1995, 加上任何其它群眾們還不知道的,共是多少個?

cowwoman 回複 悄悄話 回複 '魯迅九' 的評論 :我佩服老閻的地方在於為人太真。真名,真姓,敢說。其實老閻的弱點,哪個人身上一點沒有呢!他也是很平常的一個普通人。
魯迅九 回複 悄悄話 回複 'cowwoman' 的評論 : “老閻這牛吹的?他怎麽來的美國,肯定不是生考出來的,過去很多是聯合培養的,靠的就是在國內和導師走關係,和學校走關係推薦到美國讀博士,靠的就是吹牛拍馬倆技術。 “

回複:公派出來的十有八九都是廢物,不是某領導的七大姑,就是某處長的八大姨。
wudaniang 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : 這根本不是2019的水平,一看你就沒做過! 就是設計個引物而已. 隻要有可以做96孔板的PCR儀就可以了! 不知道就不要瞎說! 做了突變,有些一點功能都沒有,經過初篩,就不要再做下一步了.
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'cowwoman' 的評論 : 不管是如何出來的,這種吹牛的態度,搞科學都不會有前途。吹牛要適度,不能把所有的都說成自己是第一,因為是該領域的人,一聽就知道,這種人是沒有前途的。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : 關於突變的數,你說的是正確的,現在可以搞自動突變,當時沒有,而且,做了突變還要對表達的蛋白進行一個個的分析,不是做了就不管的。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : 是的,PNAS文的文獻8,因為他當時說他是在《細胞》那文裏就做了所有的突變,並激動地向導師比劃,發現了喇叭口。
cowwoman 回複 悄悄話 老閻這牛吹的?他怎麽來的美國,肯定不是生考出來的,過去很多是聯合培養的,靠的就是在國內和導師走關係,和學校走關係推薦到美國讀博士,靠的就是吹牛拍馬倆技術。
Stegy223 回複 悄悄話 博主這句“第一個對一個蛋白的所有氨基酸進行一個一個的突變,結果呢?不過是六個氨基酸。”
應該是指Cell1993. 如下文指出的PNAS1995做了29個Cys點突變。

Stegy223 回複 悄悄話 回複 'wudaniang' 的評論 : “不知道就別瞎說,一次可以做96個,現在可以一次作出384個”

這恐怕是2019生物學的技術水平吧?有點象是吃 pop corn那麽簡單。90年代初可完全不是這個水平。

問題還不僅在於你能製造出多少個Cys點突變。對每一個點突變你得仔細做quality control test. 蛋白質表達數量與野生(Wild type)比,蛋白質活性與野生比 ... Cys點突變產生出各種“半死不活”的蛋白常發生,看你運氣了。

Stegy223 回複 悄悄話 回複 'wudaniang' 的評論: 100%同意你這二句。不清楚我們有任何爭議嗎?

老閻PNAS1995一文在Cell1993基礎上增加了Cys點突變的數量。在前幾輪大討論中就見到過關於老閻究竟做了多少個Cys點突變就不少你來我往。這其實是很容易解決的。我下麵列舉的就是PNAS1995一文拿在手裏數數的結果。有疏漏之處歡迎指出。

wudaniang 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : cys-cys形成2硫鍵,是穩定蛋白質構象的最重要的作用力之一。一個個突變可以用來研究構象改變對功能的影響。
wudaniang 回複 悄悄話 不知道就別瞎說,一次可以做96個,現在可以一次作出384個。
Stegy223 回複 悄悄話 回複 'wudaniang' 的評論 : PNAS1995 報道的是29個點突變。第5975頁 “As an initial step, we have analyzed 29 single -cystein variants in the region surrounding C265 (residues 260-288)”. 21個點突變的全部結果總結在Table 1 "UhpT function in single-cysteine variants after exposure to PCMBS". 那還有8個呢?活性太低了(
我心依舊2008 回複 悄悄話 回複 'Fanreninus' 的評論 : 如果是事實,支持你,真理麵前人人平等。胡耀邦認為,實踐是檢驗真理的標準。某位名人說,吾愛吾師,但吾更愛真理。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '我心依舊2008' 的評論 : 除了智商情商外,她應該是格外勤奮的,有了今天應該是一點點努力的結果。
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 '我心依舊2008' 的評論 : 謝謝,不是杠他,而是講事實!
Fanreninus 回複 悄悄話 回複 'wudaniang' 的評論 : 你一個個做過嗎? 他真的做過嗎?再去看他的文那段已經被悄悄地改了。
我心依舊2008 回複 悄悄話 不過,對知名博主的無關生物的文章還是比較讚賞的,畢竟他的文章大多數還是比較嚴謹的,至於生物方麵,雖然不懂,還是偏向於他,那個美女生物博士,不了解,但新新人類,屬於智商情商無比高的,樓主你懂的的。
我心依舊2008 回複 悄悄話 厲害了,跟知名博主杠上了,不過對生物不懂,沒有發言權,衝樓主那這份勇氣,讚一個!
wudaniang 回複 悄悄話 做突變很快的! 你不要用猜測作為你的論據!這樣會沒有說服力的!
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