九世班禪乳名倉珠嘉措,是前藏塔布地區噶夏村人,清光緒九年(1883年),出生於一個非常貧苦的家庭。他沒有父親,母親是個啞巴,靠給貴族牧羊為生。八世班禪圓寂後,劄什倫布寺派出多名代表,在藏區共尋訪到三名“轉世靈童”,倉珠嘉措即在其中。按照金瓶掣簽製度,駐藏大臣文碩命劄什倫布寺將三名靈童送到拉薩,在布達拉宮皇帝牌位前舉行儀式,最後掣出寫有倉珠嘉措名字的象牙簽,於是認定其為八世班禪的轉世,即九世班禪。九世班禪拜十三世達賴喇嘛為師剪發,取法名曲吉尼瑪,並先後從第穆呼圖克圖和十三世達賴喇嘛授沙彌戒和比丘戒。
九世班禪曲吉尼瑪從出生到受比丘戒的這一時期,正是清末中國遭受帝國主義侵略,民族危機日益嚴重的年代。英國殖民主義者的侵略矛頭,不僅對準中國東南沿海地區,也指向了西南邊疆。1888年,英國軍隊侵占了哲孟雄(錫金)並繼續向北推進。為抵抗侵略者,西藏僧俗民眾在隆吐山溝築防線,並與英國軍隊展開了激戰,這是西藏人民的第一次抗英鬥爭。十三世達賴喇嘛與九世班禪采取協調一致的態度,積極抵抗英軍入侵,在開赴前線的藏軍中,就有班禪管轄的民兵。懦弱腐敗的清政府麵對藏族人民的愛國熱情,不僅不給予鼓勵支持,反而撤換了主張抗英的駐藏大臣文碩,派升泰進藏與英國簽訂了喪權辱國的不平等條約。
盡管受到如此沉重的打擊,九世班禪的態度也是明確的。他決心與十三世達賴喇嘛采取一致行動,共同抵抗帝國主義的侵略,領導劄什倫布寺所屬全體僧俗民眾投身第二次抗英鬥爭。
1903年,一支英軍在榮赫鵬上校率領下侵入西藏。英軍施展詭計向清政府提出在崗巴宗進行談判。崗巴宗屬於班禪的管轄範圍,並不是交通要道,英國提出在此舉行談判,意在向班禪施加壓力。九世班禪看到戰爭迫在眉睫,派出代表前來崗巴宗,勸說英軍退回藏印邊界,被英軍拒絕。班禪再次派出代表規勸,仍被拒絕。1904年初,英軍發動了武裝進攻,藏軍和當地民眾僅靠簡陋原始的武器與裝備先進的英軍展開激戰,但最終失利。十三世達賴喇嘛在英軍到達拉薩前夕出走,經青海前往蒙古。英軍占領拉薩後,西藏噶廈政府的高級官員都躲藏起來。榮赫鵬便逼駐藏大臣有泰出麵奔走,簽定了《拉薩條約》。英軍在簽約時,沒有強迫劄什倫布寺代表簽字,這裏麵包含了險惡的政治陰謀,為拉攏班禪留下了回旋餘地。
當時清朝政府認為《拉薩條約》有損中國主權並屬非法,派代表與英印政府重新進行談判。在此期間,英印政府企圖強迫九世班禪赴印度與英國皇太子會晤,使其屈服充當英國在西藏的代理人。這一陰謀由於九世班禪的堅決反對未能得逞。
英軍占領拉薩前,十三世達賴喇嘛被迫出亡。駐藏大臣有泰昏庸無能,一麵上奏折彈劾達賴喇嘛;一麵建議清政府命班禪攝政,對自己的賣國行徑卻毫無愧意。九世班禪是位具有政治遠見、顧全大局的領袖。他考慮到由他攝政不僅不符合西藏傳統,特別會增加達賴與班禪兩大活佛之間的隔閡,不利於內部團結,因此沒有接受。英軍乘達賴喇嘛出亡,命令留駐江孜的鄂康諾大佐率領人馬突然到日喀則,借口他將回國,來向班禪告辭,請班禪1905年10月赴印,並恫嚇班禪如不赴印即有“英藏失和”的危險,也就是以英軍占領日喀則和劄什倫布寺相威脅。當時英軍從拉薩撤退還不到一年,班禪在給駐藏大臣的信中說,“若不去恐後藏地方劄什倫布寺院均不能保,若其去時,則我未奉到欽憲批飭……惟後藏之安危所係,生靈之性命所關……我擬勉強一行。生死不問,若我班禪自此違背大清皇帝恩德,即死在九幽地獄之中,不得超生。”班禪在印度見到英國皇太子,鄂康諾要班禪跪拜,班禪嚴辭拒絕。班禪此次被迫赴印,絲毫未做有損中國主權之事。
九世班禪從印度回到日喀則之後,英國政府依然絞盡腦汁拉攏利誘,均未得逞。於是英國改變策略,處處離間挑撥達賴與班禪的關係,終於使原本和睦的達賴班禪師徒之間出現了裂痕。1923年,九世班禪被迫從劄什倫布寺出走內地。北洋政府得到消息後,準定按清朝乾隆皇帝接見六世班禪的前例,將九世班禪迎往北京,並賜予“致忠闡化”的封號。
班禪大師在內地期間,舉行了大量的宗教活動。不僅如此,他還利用崇高的宗教領袖地位,講解西藏曆史,宣傳愛國思想。十三世達賴喇嘛圓寂後,他在南京遠明樓誦經十日,祈禱達賴喇嘛早日轉世。
九世班禪被迫離開西藏後,一直渴望能夠早日返回故裏。但是由於複雜的政治原因,他的願望一直沒有實現。1937年,九世班禪在青海玉樹報憾而終,享年54歲。