第八章 2004年的台灣“大選。”
連宋競選班底總幹事
2000年大選失敗後，宋楚瑜公開組黨，原國民黨陣營內部一大批擁護宋楚瑜的黨員加入了親民黨。此事對於國民黨來說，是又一次重大打擊。而陳水扁掌握了台灣的最高權力，心裏也清楚，他的獲勝，完全是僥幸，在四年任期內，如果不徹底打垮國民黨，那麽，國民黨必將卷土重來。因此，他抓住了“執政”的有利條件，主要精力不是放在理政以及發展台灣經濟上麵，而是放在打擊國民黨，製造族群對立方麵。
陳水扁打擊國民黨最為重要的一件事，便是限製黨產。
由於宋楚瑜所掌握的那筆政治資金的曝光，加上後來陸續公開的李登輝轉往國外的大筆政治資金，引起了台灣民眾的不滿，陳水扁趁機要求登記黨產，分清哪些財產可屬於國民黨，哪些應該屬於“國家”。如此一來，原來屬於國民黨的大量黨產被收回，國民黨的經濟來源從此斷絕。由於經濟上陷入困境，國民黨內許多的黨員自動脫黨。而趁此機會，民進黨則快速發展，幾年間惡性膨脹，成為台灣第一大政黨。
這種形勢，無論對於國民黨還是親民黨，都是異常嚴峻的，國民黨和親民黨原本就是一家，此時，一些有識之士看到了危機，開始發出整合的聲音。
2004年，又一屆“大選”到來之時，國民黨和親民黨兩大黨魁都意識到，兩黨合則有可能贏，分則必輸無疑，因此，連戰和宋楚瑜出現了聯合，兩人配對參加“大選”。馬英九出任連宋競選班底的總幹事，成為這次選舉的重要人物。形勢一片大好。
第一次成為執政黨的民進黨在陳水扁上任後發現自己寸步難行，許多事件的處理方法備受爭議。特別是在核四問題中，陳水扁政策的改變讓大多數人措手不及，他被猛烈抨擊是言而無信，甚至一度麵臨被國民黨議員提案彈劾。在陳水扁作出讓步，宣布將續建核四之後，危機才解除。
扁政府的“內閣”成員亦更動多次：“行政院院長”一職，陳水扁最早希望由在大選中助他一臂之力的“中央研究院”院長李遠哲擔任，但是在李遠哲拒絕後提名國民黨籍的前“國防部長”唐飛擔任閣魁，唐飛在三個月後因核四的分歧辭職，最後由民進黨籍的張俊雄接任；“教育部長”最早是由陽明大學校長曾誌朗出任，但此人又因使用漢語拚音及教育改革的問題而在兩年後辭職。
陳水扁上台之前，許多人認為應該讓民進黨人上台，以取代已經執政達50多年、腐敗的國民黨。但是在陳水扁上台之後飽受爭議，主要是批評他言而無信、競選期間許多承諾跳票等。而在所有攻擊陳水扁的人士中，最嚴厲的卻是早先出身民進黨的人士，包括在黨內初選時落敗、之後退黨的民進黨前主席許信良以及陳文茜等人，他們對陳水扁批評的程度，可從他們在2004年台灣總統大選中挺身反扁的言論中得知。陳文茜表示，在有關兩岸“三通”的問題上，陳水扁曾14次表示強烈地支持並承諾盡快處理，可又有7次表示強烈地反對，認為危及台灣國防安全。
在執政三年後，陳水扁執政引起很大爭議，有人批評是“從當選的那一天起就為連任做準備”。陳水扁早前反對黨政合一，上台後卻又兼任民進黨主席，而且壓製黨內反扁勢力與聲音，讓一些曾經參與黨外運動的人感到被欺騙。2002年9月，因軍公教待遇改革問題，10萬名教師在教師節發起遊行；幾個月以後，一直是民進黨長期支持者的農民、漁民們，因不滿陳水扁政府準備廢除農漁會的政策，也曾上街抗議。
在兩岸和外交政策方麵，陳水扁一直是台獨色彩濃厚的一名政治人物，在他的“5-20”就職演說中，陳水扁提出了“四不一沒有”的承諾，在一定程度上緩和了兩岸因他的當選而造成的緊張關係。一年之後，他又提出了“一邊一國”，導致兩岸形勢緊張。他的反複使得中國大陸不願與其對話。而在對美關係上的日益緊張，讓台灣駐美代表程建人在2004年1月於“立法院”表示台灣和美國的關係目前是“史無前例的狀況”。在公投法通過之後，美國、日本、歐盟等國對台灣問題表示關切，這些國家的政府不相信陳水扁的解釋，並將他的行為解釋為挑戰台海現狀。
在經濟議題上，台灣民間企業界希望看到兩岸三通，但是陳水扁政府以顧慮台灣安全為由，降低對大陸依賴，而不願積極推動。在不願三通的同時，扁批評商人不願意留在台灣，“錢進大陸，債留台灣”。為取代西進大陸政策，陳水扁曾一度提出過“南下”政策，鼓勵台商到東南亞投資，但最後成效不佳。
陳水扁在一些選民，特別是南部選民中間還是享有很高的支持度。陳水扁被認為是“台灣之子”，是真正的台灣人。在南部草根階層中他被認為是“總統”的不二人選。許多陳水扁的支持者將陳執政中的失敗大致歸咎於在野黨的不斷杯葛、反對、阻撓扁的執政。扁的支持者主要是閩南籍本省選民和台獨主義者。
“大選”辯論的焦點
2004年的大選，台灣朝野雙方展開了激烈辯論，經濟問題和兩岸關係是重點議題。經濟問題上，在野的國親麗黨指責陳水扁政府無能，搞垮了台灣的經濟。在野黨進一步比較民進黨執政前與執政後的經濟形式，試圖證明民進黨任內的台灣經濟在下滑，失業人數上升，而大學新畢業生則越來越難找到工作。而民進黨政府則稱，經濟問題是大環境所造成的，與其它一些地區如歐盟、新加坡、香港等比起來，台灣的失業問題並不太嚴重，經濟表現也不算太糟。且在野黨仗著其在立法院較多的席次，進行長期“非理性”政治杯葛，造成政治爭端不斷，也必須負起責任。
在兩岸關係上，民進黨指明國親兩黨是親中國的政黨，甚至暗示兩黨“賣台”。民進黨也批評國民黨是“外來政權”，長期打壓本土人士。國親聯盟則反過來批評民進黨的兩岸政策會為台灣帶來災難。在兩岸直航的問題上，民進黨持保留態度，原則上遵循李登輝主張的“戒急用忍”政策，而國親兩黨則趨於讚同，認為有助經濟發展。10月中旬，陳水扁在接受美國《華盛頓郵報》記者專訪時稱，國親兩黨接受中國的“暗助”，卻無法提出令人信服的證據。國親兩黨對此強烈否認，並控告陳水扁，不過因陳水扁享有司法豁免權而未獲受理。
在統獨的問題上，國親兩黨不願公開承認、明確地支持統一並以此為選舉的主要政見之一，以避免對於爭取台灣本土意識選票造成不利。不過連戰2003年10月在美國的一個智庫會議上發表講話時，卻再次表示國民黨的立場，即支持“一中各表”，還向在場的美國政策顧問們解釋了“一中各表”的含義。但副手宋楚瑜所提出的“一中屋頂”主張，卻被認為有著更為濃厚的，向中國靠攏的意味。
統獨意識形態爭議因台灣的省籍矛盾而更加複雜化。省籍問題是每次選舉雙方都會麵對的敏感問題。台灣人口中，有85%為台灣本省人，15%左右是1949年隨國民黨撤抵台灣的“外省人”，其它還包括了少部分高山族原住民和客家人等。民進黨多次指責國親兩黨是外省人權貴（“複辟”舊勢力）操縱的政黨。而國親兩黨又反過來批評民進黨“玩弄”省籍問題，故意挑撥族群關係，是民粹主義。
2月28日是台灣二·二八事件紀念日。民進黨利用這次機會舉辦史上規模最大的一次群眾集會活動，“手護台灣”，參與的150萬群眾從南到北手牽手，喊出“支持公投”、“反對飛彈”、“中國N。”、“台灣YES”等口號。國親兩黨也在高雄舉行“心連心”紀念活動，也有數十萬群眾出席。對於雙方陣營在2月28日以族群和解為名舉行大型造勢活動，多個團體和個人表示反對。由台灣社會知名人士組成的族群和解聯盟就批評，兩個陣營都假借族群融合製造族群仇恨，在2月28日之前多次倡議雙方放棄在2、28當天舉辦任何活動。但這個聯盟本身亦被懷疑偏袒泛藍陣營，對其公平性表示質疑的聲音也不少。
2003年9月末，陳水扁在民進黨黨慶上首次提出“新憲說”，稱要在2006年“催生台灣的新憲法”，並在民進黨內邀集學者專家，成立“九人製憲小組”，由台灣大學名譽教授李鴻禧擔任召集人，初步研究新憲法的架構。
支持台灣主權獨立的人士認為“新憲說”是與李登輝提出的“2008建國論”相呼應，而民進黨人士則否認新“憲法”將涉及更改國號或變更領土範圍等敏感議題，但雙方皆同意：現在所施行的，1947年在中國製定的這部“憲法”，已經與台灣現狀脫節。“新憲說”出台後成功地使民進黨獲得了支持改革的形象，而國民黨迫於民意也在10月10日“雙十節”時宣布要在當選後修改“憲法”，完善憲政體製，但否認是由於受到陳水扁的新憲說的壓力，稱很早就有意修改現行的“憲法”。
2003年10月25日，民進黨發動20萬人大遊行，支持公投、製新憲法。
在這次遊行中呂秀蓮首次提出要開創台灣新時代，更改台灣的國號，使之成為一個“正常的國家”。民進黨在選舉中公開暴露其台獨嘴臉，很多觀察家認為是為了兩點原因：1）鞏固台獨與本土人士選票；2）激起台灣民眾的逆反心理，從而幫助提升民進黨支持度。這在2000年時已有先例，當時在選舉前幾天，中國國務院總理朱鎔基曾發表對台強硬談話。但這次北京始終保持沉默，很少對台灣政局表示評論，而是通過美國對陳水扁施加壓力，令華盛頓擔心區域情勢的平衡。
公投議題也相當突出。2003年6月陳水扁提出，將兌現2000年“總統”大選時的承諾，在任內推動政策谘詢性公投，但將不涉及敏感的政治地位等公投。但是7月台灣“立法院”召開臨時會議時，《公投法》並沒有獲得通過。不過陳水扁依然堅持公投，並說會以行政命令方式推動，在2004年總統大選前舉行有關核四電廠的公民投票。國親兩黨陣營指責陳水扁試圖通過公投惡化兩岸關係、挑撥台灣民意，從而操控選舉。盡管如此，7月的立法院臨時會議上由於兩個陣營無法在公投法細節上達成協議而未能立法。之後在野黨就宣布反對在無法可依的情況下強行進行公投。
到12月，情勢發生轉變，泛藍宣布不再阻擋《公投法》，使得該法順利通過，但是卻運用議事規則，限製剝奪行政部門提出公投的權利。陳水扁稱將使用《公投法》第17條所賦予總統的權力舉行“防禦性公投”，因而麵對美國方麵的強大壓力。盡管如此，陳水扁還是在2004年1月公布了兩個公投題目，並表明不受國際壓力影響。針對陳水扁的動作，國親兩黨表示反對，宣稱陳水扁的行為違法，因為他在國家主權沒有變更之虞的情況下就發動公投，而且兩個公投題目（是否支持要求中國大陸撤除對台飛彈，和是否支持兩岸和談）本來就已經是台灣人民的共識，沒有舉行公投的必要。雖然在野黨表示反對，卻不願意發動拒領公投票等行為來抵製，擔心這樣做會影響到目前對泛藍有利的選情，且泛藍陣營內部，對於公投的意見也不一致。
民進黨方麵，則繼續宣傳公投的必要性。他們認為：中國以將近500枚導彈瞄準台灣，隨時有可能意圖以強勢武力，威脅台灣“主權獨立”的現狀，符合公投法第17條“國家主權有變更之虞”的意旨。且台灣人反對中國武力侵略的主流民意，必須透過公投，讓國際上能夠更明確地了解。“行政院新聞局”宣布，願意就是否應該舉行公投一事與在野或民間人士舉行10場辯論會，但國親兩黨因選舉考慮表示不願意參加。
不過到2月17日，公投辯論一事發生變化，政治評論家趙少康、無黨籍立委陳文茜、作家李敖、民進黨前主席許信良等5名傾泛藍的民間“名嘴”宣布願意與“行政院”就公投議題辯論。他們指稱：公投雖然是人民的基本權力，但是這次民進黨發動的公投既不合法、又沒必要，人民無論投讚同或支持，實際都預設了這種他們所宣稱的違法行為，唯一的抵製方法應該是拒絕領票，讓公投無法達到50%投票率的門檻，而最終無效。
還有一個頗具爭議性的問題是台灣教育改革。台灣教育改革1994年由中央研究院院長李遠哲領導規劃，但是在正式實施後暴露出許多問題。
其中最突出的包括：學費升高、學生壓力不減反升、學生學習品質下降等。
陳水扁政府被指責應該為教改失敗負責，特別是在學費調漲方麵。在野黨批評出生“三級貧戶”的陳水扁在當選後脫離了底層中低收入階層，學費負擔過重令許多學生無法進入大學。民進黨則反駁，教改是在國民黨政府時期就已經開始推動，因此國民黨才因負全部責任，且就學費漲幅而言。
在公投議題炒作不順利後，民進黨又轉而展開另一波攻勢，指責連戰的家產取得不當。民進黨稱，連戰祖上是台灣名門望族，但是家產都在日據期間被日本政府沒收，連戰現在的財產是從其祖父繼承而來。但是連戰的祖父、父親與連戰自己都是國民黨公務員，怎麽可能在三代之內積累財富200億台幣？民進黨又在連戰矢口否認在國外擁有房產後，挖出連戰在美國有三棟房產。國民黨則先是否認連戰200億財富的說法，後又指責陳水扁當總統的3年內，股票市值增長140%。而同時期全台灣人民股票市值平均減少20%；國民黨還稱，陳水扁的兒子在服兵役期間就可以開跑車，置疑陳水扁的財產來源。
“黑金”是執政黨利用行政優勢，從財團或個人取得非法或不當利益。
在過去，“黑金”一詞始終於國民黨聯係在一起，國民黨被認為是黑金政黨。
在2000年的選舉中，民進黨的許多支持者，特別是在教育程度較高的支持者中，大多數都是為了“終結黑金”，才投票給民進黨的。但是在這一次的選舉中，民進黨政府，甚至陳水扁本人的清廉作風遭到在野黨置疑，最主要的批評就是陳水扁當選前一直攻擊國民黨黑金，當選後卻立即與李登輝結盟，兩人關係形同父子。
在選舉之前30多天，正遭到台灣政府通緝的某集團前總裁陳由豪在香港表示，曾經以政治獻金方式資助國、民兩黨。民進黨指責陳是因為被通緝，所以才懷狠報複。3月1日，陳由豪又公開指控，宣稱他曾經親自到陳水扁家中，送給陳水扁妻子吳淑珍600萬現金。但是諸多指控，都未能提出更為明確的證據。而台灣的檢調機關也持續要求陳由豪回國說明，但陳由豪卻一直避不響應。由於陳由豪隻透過媒體提出指控，因此也受到泛綠陣營普遍指控：泛藍陣營在背後操縱的可能性。
3月15日，陳由豪再度在美國召開記者會，公布了之前一直被廣泛揣測的那位隨陳由豪到陳水扁家的“大老”就是民進黨立法委員沈富雄。對此沈富雄在3天後出麵說明：“可能”有此事，但不排除他自己或吳淑珍記錯了，他還表示自己有相關的證據，但是一定要到法庭上才會公布。但是吳淑珍之後又表示自己不會記錯：並無此事。
雖然民進黨清廉形象因普遍親泛藍陣營，媒體的密集質疑報導多少遭到損害，但大多數台灣民眾對國民黨已經徹底洗心革麵表示懷疑。國民黨多處在獨裁時代不當取得的資產，至今沒有歸還，且有透過所謂“信托化”的手段，藉以脫產的嫌疑。對於此一議題，除了泛綠陣營“立法委員”要求“政府”追討外，“行政院”也提出“不當取得黨產處理條例”。但在“立法院”遭到泛藍陣營“立法委員”聯手，在“程序委員會”封殺。
藍綠雙方的選舉策略
泛綠民進黨的選舉主軸很早已經定下，即以公投為選舉的主軸，轉移選民對經濟狀況的轉移力，而更關心台灣的政治地位問題。此外民進黨也口出2006年新“憲法”，卻故意模糊2006年新“憲法”的內容，在鞏固自己的基本盤的情況下，也同時拉攏一些支持改革的中間選民。
另外泛綠也意識到必須團結、鞏固自己的基本選民，為此他們動員20萬人發動“10-25”公投大遊行，再次展示自己在南部的實力。同時他們也通過“負麵文宣”，批評對手的參選人，甚至不惜對對方進行人身攻擊，如發布批泛藍的光盤、指控宋楚瑜有小老婆、為馬英九扣“紅帽子”等，雖然有可能喪失一些中間選民的選票，卻有利於鞏固傳統的親泛綠選票。
民進黨的策略在很大程度上是十分成功的，再加上陳水扁2003年10月過境美國出席多個公開場合，宣揚其在外交上的成就，使陳呂與連宋的民調差距從2003年3月最高時的15%左右已經縮小到3%的誤差範圍以內，“總統府”秘書長丘義仁形容這次選舉將會是“割喉戰”，綠軍僅差40萬票。不過也有人評論，民調數字拉近主要並不是由於民進黨的支持度上升（泛綠的支持度始終維持在30%到40%之間），而是由於泛藍的支持度不斷T滑，很多選民從原先的支持泛藍改為不表態。
選戰開始時，民進黨的主要策略就是攻擊2000年大選時聲望較高的宋楚瑜，其中之一就是指責宋楚瑜是“散財童子”，在擔任台灣“省主席”期間利用經濟資源鞏固自己在地方的影響，“要5毛給1塊”，揮霍公款以突現自己的政績。宋楚瑜在擔任“省主席”期間以親民的形象獲得很高的民意支持，民進黨希望通過打壓宋楚瑜來打擊連宋的高支持度，分化藍營的團結。而具諷刺的是，“散財童子”的“封號”正是2000年“總統”大選時國民黨批評宋楚瑜的主要宣傳手段，民進黨在2004年選舉中故意將2000年時連宋的矛盾暴露出來，希望能造成連宋是為利益結合的印象。對此親民黨表示現屆政府也同樣花費上百億元用於高雄鐵路的建設，也是一種鞏固選票的行為，但不同的是民進黨政府用掉大筆資金，卻依然無法改善台灣經濟。
國親兩黨也將2000年大選時的分裂歸罪於當時的國民黨主席李登輝。
2003年10月22日，李登輝首次就“興票案”親自到台北地方檢察署作證。“興票案”最早是2000年台灣“總統”大選時國民黨指責宋楚瑜在任國民黨秘書長期間不當侵占黨產，並曾在2000年2月提出告訴。但地檢署在2001年作出不起訴處分決定，而在國親兩黨公開聯合後，國民黨也表示放棄民事追訴權。但這次地檢署以發現新證據為由，重新開始調查，並派出5名檢察官進行偵查，被親民黨指責是政治迫害。
宋楚瑜隨後在25日召開記者會，表示願意與李登輝當麵對質。親民黨也發現在一張據稱是李登輝在庭上所寫的發言要點中，字跡並不是李登輝的，但卻用李登輝的口吻寫成，因此懷疑是檢察當局與李登輝串供。對此地檢署否認，說隻是在場的一名檢察官記下的發言要點。親民黨也批評，民進黨政府上台後並沒有認真對多起涉及李登輝本人的案件進行偵查，卻在選舉時刻開始偵辦“興票案”，是有政治動機。
泛藍在選舉初期表現不理想，由於未能主導議題，而且也沒有進行任何大規模的造勢活動，令連宋的支持度從剛剛宣布聯合時的超過50%一路下滑，甚至在一些民調中已經落後民進黨1%。對此，很多人認為主要是由於泛藍沒有意識到選舉已經接近，而是依然認為自己遙遙領先，能夠依靠基本盤獲勝。有人警告，台灣選民的基本結構已經從2000年時的60比40改為55比45.很多人建議，國親兩黨應該立即合並，以更有利於統一選舉步調。此外也有人提議將“中國國民黨”改名為“國民黨”或“台灣國民黨”，以突現本土化成分。此外，有人也批評連戰所謂選舉是“中華民國”對“台灣共和國”的說法，認為國親兩黨應該將選舉焦點帶到經濟方麵，而不是在政治定位上與泛綠較量。
隨著民調的不斷下滑，國親兩黨也有一些選舉策略上的調整。11月8日泛藍在台中舉行首場造勢晚會，試圖拉抬選舉氣氛，凝聚選票。11月底國親兩黨又在公投議題上重拳出擊，國親兩黨提出的公投版本大獲全勝，令民進黨的選舉策略受到重大影響。之後泛藍決定由王金平出任連宋競選總部主委，馬英九為總幹事。王金平在泛藍較弱的南部有很大影響力，而馬英九則是國民黨的政治明星，兩人在選舉中擔任要角，無疑幫連宋加分不少。
泛藍另一個需要麵對的問題是“宋強連弱”。宋楚瑜一直以來就十分善於選舉造勢，而連戰卻一直被認為沒有領袖魅力。在這種情況下，泛藍的候選人時常給人造成“宋強連弱”的印象，使得一些國民黨的支持者擔心，如果連宋當選，宋楚瑜有可能掌控實權。對此宋楚瑜不得不減少發言次數，讓連戰擔當主角。到2003年12月時，大多數關於“宋強連弱”的擔憂已經消失。
在整場選舉中，泛藍始終沒有能夠主導選舉主軸，將焦點轉移到民生經濟議題上來。他們猛烈批評執政黨沒有執政能力，而突顯自己擁有專業的行政團隊，豐富的行政經驗，還拉來5名諾貝爾經濟學獎得主，為他們的經濟政策背書。但是盡管如此，泛藍的這些動作都沒有被媒體廣泛報導，因為相較之下顯然泛綠提出的“公投製憲”等議題更為吸引人。不過一些專家則認為，媒體所沒有興趣的並不等於公眾就一定沒有興趣，事實上大多數人對於公投的兩個題目都不清楚，他們更關注跟自己生活周遭的事情。
群眾動員台灣選舉的一個大特色就是動員群眾舉行“造勢”活動。許多人相信，大型“造勢”活動對於拉抬選情有很大幫助，這在大型造勢活動後的民調中也有反映。但是還有一些人則認為，“造勢”活動對於改變選民意願沒有任何幫助，而台灣真正的“中間選民”人數很少，所以此類活動並沒有實際效果。不過兩邊陣營卻都認為，“造勢”雖然不會改變選民投票意向，但是有利於凝固自己的基本盤，並且鼓勵那些傾向自己，卻並不堅定或不願意投票的選民最終出來投票。
泛綠陣營最大規模的一場“造勢”活動是2月28日所舉行的“手護台灣”活動，有意仿照1990年，波羅的海三小國為爭取脫離前蘇聯統治，達成主權獨立而組成的“人間之鏈”。當天下午2點28分，泛綠的支持者們手牽手，沿著台1線道路，從台灣北端的基隆和平島，一直牽到台灣南端的屏東長治鄉昌隆村（取其“和平昌隆”之意），形成一條300多公裏的人龍，不少地區還出現了兩、三排的人龍。參與者各出花招突顯自己，仿佛一場嘉年華會。活動通過紀念二·二八事件，終結悲情，賦予新意義。與支持公投，反對中國以導彈瞄準台灣，意圖武力侵略等訴求，凝結支持民進黨的力量。陳水扁、李登輝等人在苗栗的主會場發表講話，再次重申反對飛彈、支持公投、維護台灣主權獨立，並且鼓勵民眾投票支持陳水扁。主辦者宣稱共有220萬人參加活動，不過一般媒體估計參與人數在150-200萬之間。
“2、28活動”的成功不僅表現在參與的人數，更反應在此後的民意調查之中。原先綠營一直落後藍營7到5個百分點，但在“2、28活動”之後，綠營隻差藍營3個百分點，一些民調甚至顯示綠營有超過藍營的現象。
民進黨“2、28活動”令國親兩黨不得不舉行另一場活動來抗衡。他們在3月13日同樣發動百萬支持者的造勢活動，原先的主題是“反黑金”，後又改為反扁“蹌聲”（閩南語，意為“耀武揚威”或“叫陣”）大遊行，主要是擔心綠營諷刺國民黨是“黑金反黑金”。
支持者在3月13日當天下午3時20分喊出“換總統”的口號。當天，連宋王馬四人分別在台北、台中、高雄和桃園四個主會場。2時20分，現場群眾高喊“換總統”、“3、20，連宋贏”等口號。第二個高潮則是在10多分鍾後，宋楚瑜夫婦在台中率先跪下親吻台灣土地，10分鍾後在台北，連戰夫婦更以五體投地的方式親吻土地，顯示自己熱愛台灣。泛藍的動員超出預期，他們宣稱有300萬人參加，但是大多數媒體認為參加人數在100萬人左右。
電視辯論在經過民進黨和國民黨多次的磋商之後，連戰、陳水扁終於達成協議，在2月14日、2月20日舉行兩場電視辯論會，這也是台灣曆史上首次舉行總統候選人電視辯論會。但是2月14日首場辯論結束後，卻令很多政治評論家和普通選民感到失望。雙方在議題方麵的辯論都避重就輕，兩人卻有多次針對對方的人身攻擊。但是總體而言，大多數人認為陳水扁表現較好，但是連戰的支持度依舊領先。
各方麵對於台灣選舉的公正性一直有很多懷疑，在這一次的選舉中，藍綠雙方都指責對方非法操控選舉。首先是藍軍稱，發現由民進黨執政的台北縣近日銷毀了56袋印錯的選票，而台北縣根本就不需要那麽多選票，置疑當局故意多印選票，然後發給民進黨支持者，以增加陳水扁的選票。民進黨對此否認，稱隻印錯了600多張選票，其餘隻是裁剪選票後遺留下來的紙張。但是泛藍仍然表示擔心，稱會在各投票站部署人員，現場監看投票過程。
另一方麵，民進黨也在3月18日指責，泛藍在綠軍領先的南台灣展開扣壓身份證的行動，他們收購一些選民的身份證，在3月20日選舉結束後才歸還，以降低泛綠票倉的投票率，依此達到做票的效果。對此藍營表示自己從未采取這類行動，是地方人士自發行為，而且根本沒有卷入金錢交易。
在選舉進入白熱化的最後階段，台灣各界的人士都紛紛公開了自己的投票意向。中央研究院院長、諾貝爾化學獎得主李遠哲在3月18日正式宣布，支持陳水扁。李遠哲在4年前的2000年總統大選中就已經挺扁，這次再度挺扁，而且與陳水扁一起召開記者會。他表示，陳水扁團隊雖然執政經驗不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此繼續支持。但是台灣評論普遍認為，李遠哲這次的挺扁效力遠不如四年前高，有些評論家甚至稱他已經“信用破產”。台灣學術界很多人也批評李遠哲，再度破壞學術中立的原則。
台灣商界的兩名重要人物，台塑董事長王永慶和長榮董事長張榮發雖然沒有公開支持連宋，卻批評政府遲遲不開放三通。其中張榮發一直是陳水扁的長期支持者，但是陳水扁上台後因三通問題兩人關係破裂。台商的回台投票率是曆次選舉中最高的，他們中的大多數人都支持連宋。台商投票主要是因為民進黨政府長期指責台商“不愛台灣”，而且遲遲不開放三通。
台商會長估計，大約會有15萬台商返台投票，可以影響30到45萬張選票。很多台商早在2004年1月就在大陸台商中為所支持的候選人拉票，甚至傳出在大陸舉行競選造勢活動的消息，後因國台辦介入，才被取締。他們中的許多人在大陸、香港的機場中就已經舉出“中華民國國旗”和連宋的競選旗幟，公開挺連。除此之外，居住在其它國家的台灣僑民也紛紛返台。
一般認為，越多台商和僑民返台投票，對泛藍就越有利。
3·19槍擊案引發的抗議
在2004年的“總統”大選中，陳水扁以不到3萬票極微差距擊敗對手連戰，但其對手連戰提出選舉無效之訴；大選之前的3月19日，陳水扁與其競選搭檔呂秀蓮被人槍傷，此事引起爭議，包括支持陳水扁的泛綠人士當中，都有很多人認為是陳水扁高明的苦肉計。台灣旅美刑事鑒定專家李昌鈺則指出，陳的傷口是槍傷造成，並且非近距離射擊。但李昌鈺認為由於案方現場未能及時封鎖保全證據，現有證據難以進一步詳細調查射擊者的動機與身份。台灣刑事局專家令曾指出，從“中華民國”選舉賭盤中獲取暴利的作莊者（組頭）為了左右情勢，也有可能涉案。
3月19日下午1點45分，正在民進黨票倉台南市掃街拜票的陳水扁、呂秀蓮據稱遭到槍擊，呂秀蓮膝蓋受傷，陳水扁腹部輕微擦傷。根據呂秀蓮本人的說法，子彈可能是先擊中她的膝蓋後，再彈到陳水扁腹部，兩人後被送往奇美醫院治療，兩人都意識清醒，沒有大礙，醫院外已經聚集大批民進黨支持者。
“總統府”秘書長丘義仁在3點30分證實，陳呂兩人遭到槍擊，並表示已經找到子彈，但是沒有說明一共開了幾槍、找到幾粒子彈，以及是否已經逮捕凶嫌。“總統府”也表示已經激活國安機製，並表示不會推遲第二天的選舉投票。連戰也在得知消息後表示“希望他們盡早康複”。
針對這次事件，一些人已經表示有所懷疑，因為根據電視畫麵所見，子彈在汽車擋風玻璃右側撞擊，留下一個彈孔，但是當時陳水扁站在汽車的右側，呂秀蓮在左側，因此子彈應該是先打倒陳水扁，再擊中呂秀蓮。有輿論認為，選情在槍擊事件之前泛藍聲勢高漲，連宋當選在望，因此認為泛藍支持者沒有理由與動機去槍殺一個即將下台的總統，而相反民進黨則有可能為了選舉而上演“苦肉計”。但另一方麵，有人也認為，呂秀蓮在上星期13日已經弄傷了腳踝，所以沒有需要再為拉票而上演苦肉計。尚有輿論揣測，此為“總統”選舉地下賭盤負責人差遣殺手前往狙擊。
事件發生後，民進黨立即宣布停止當天下午和晚上的一切競選活動。
連宋陣營也表示立即停止競選活動，並由馬英九和連戰夫人連方踽到醫院探望陳水扁。此外，槍擊事件發生後，台灣實時激活國安機製。
3月20日，台灣第十一任“中華民國總統”“副總統”選舉舉行。由尋求連任的陳水扁與呂秀蓮以不到3萬票的微弱多數當選。這次的選舉結果中，兩組候選人的得票率是曆年來最接近的，而且廢票高達33萬票，約為上一次“總統大選”選舉3倍，因此引起了泛藍支持者的抗議。另一“總統。”
候選人連戰稱這次選舉“疑點重重”，是一場“不公平的選舉”，稱要提出“選舉無效之訴”，並要求中選會立即查封所有票箱，進行驗票。台北市高等法院在3月21日早晨7點做出裁決，要求立即查封所有票箱。
在選舉結果揭曉後，大批泛藍支持者聚集在連宋競選總部前，不願散去，要求重點選票。在連宋離開後，群眾持續聚集通曉，在高雄和台中也有群眾聚集，抗議選舉結果，甚至爆發警民衝突。在台中，泛藍群眾聚集在台中地檢署前，要求立即查封票箱，台中“市長”、國民黨中常委胡誌強在淩晨3點30分到達現場，與群眾一起靜坐抗議。
在台北，新黨主席鬱慕明、國親多位立法委員也來到連宋競選總部，支持連宋關於要求驗票的要求。淩晨4時，連宋律師團將25份已經簽字的訴狀分別遞往全台25個縣市的高等法院，同時開始有群眾在“總統府”前聚集。2月21日上午10時，國民黨“立法委員”章孝嚴來到“總統府”，稱美國政府已經延後向陳水扁發賀電，表明美國方麵也置疑選舉結果。台北“市長”馬英九、“行政院長”遊錫坤也先後來到現場，要求群眾保持理性，主動離開，但是沒有效果。
泛藍支持者宣布，他們將一直在“總統府”前廣場靜坐，直到全麵驗票。
3月22日是大選後的第一個工作日，廣場上聚集的群眾有所減少，但是還是有很多人不願離開，在下午下班時間，廣場上的人群又開始增多。3月24日，前民進黨主席許信良加入到抗議行列中，並以絕食表達不滿。3月27日，藍軍在“總統府”前組織了大規模的遊行示威。大量的國親兩黨支持者聚集在凱達格蘭大道，抗議選舉不公，並要求重新點票。
據台北市政當局估計，參與遊行的民眾大約有32萬人，不過主辦單位則稱有47萬人參加。根據一些報紙進行的調查顯示，59%的民眾反對抗爭，而66%的民眾讚成驗票。與此同時，數百名在紐約的泛藍支持者也舉行了“紐約華人愛台灣”的集會，表示聲援“3、27”大遊行。此外在華盛頓等地也舉行了類似的遊行活動。
3月27日當晚9點，陳水扁親自主持國際記者會，對示威事件發表強硬談話，稱“總統府”廣場必須在3月29日之前完全淨空，稱自己不是“軟腳蟹”。不過他也表示願意立即與連宋會麵。
在“3、27”遊行結束後，身為台北市“市長”的馬英九負責清場。在他的勸說下，大多數支持者離開了廣場，隻剩下上千名民眾繼續抗爭，這些人在淩晨也陸續離開，到3月28日清晨隻剩下零星的數百人。3月28日清晨5點一刻，警方開始勸諭在凱達格蘭大道上剩餘的抗爭民眾離去，在此期間，民警發生了零星衝突。在早上7點左右，清場工作已基本完成。而部分民眾則轉移到中正紀念堂繼續靜坐抗爭。
馬英九柔性清場成功，贏得台灣各界讚賞。連民進黨也認為馬英九盡責有功，知識分子也認為，馬英九不姑息“暴亂分子”、呼籲群眾守法的聲明，值得肯定。民進黨副秘書長李進勇說，持續七天在“總統府”前的國親兩黨抗爭行動，前晚終於和平結束，民進黨表示欣慰和歡迎。在整個事件的最後關頭，負責台北市治安的馬英九也盡到台北“市長”的責任，國親兩黨“總統府”前抗爭活動得以圓滿落幕，馬英九也有功勞。不過，李進勇指出，整個活動過程仍有地方值得檢討。國親兩黨府前抗爭原是違法集會，但身為國民黨高層的馬英九，卻以“市長”權力批準集會，令集會從非法變成合法。民進黨認為，這點值得檢討。
馬英九敲定以柔性方式驅散示威者後，一千名防暴警察既沒用上四年前驅散國民黨總部示威者的水炮，也表現得很克製，盡力避免使用警棍，徒手將人群或拉或抬。“總統府”前示威和平落幕後，馬英九出席公開活動時，神情輕鬆，眉頭不再深鎖，俊臉笑容再現。他評論清場行動時指出，這是一場沒警民衝突及成功的清場行動，是一次從來沒有過的柔性驅離行動，透過警員、女警及國親兩黨黨工、各級“議員”的勸說，民眾都自行回家或移往中正紀念堂。他說，隻有極少數人擦傷，他對台北市民高水準的表現給予肯定。
馬英九打完一場漂亮的“清場仗”後，立即前往中正紀念堂，以藍營幹部身份向現場群眾喊話，成為首名到中正紀念堂打氣的藍營重量級人物。
馬英九十分肯定前日50萬人集會的成效，認為陳水扁是在50萬群眾的壓力下才回應國親兩黨的訴求，雖然晚了點，仍值得肯定。他呼籲群眾和平理性，“手段一定要正當，這樣才能獲得輿論與國際的同情。”
從3月29日開始，陳文茜每晚在中正紀念堂現場主持政論節目“文茜小妹大”，使得每天晚上參加靜坐的群眾人數又有增加。
4月2日，台灣“高等法院”首次就國親提出的選舉無效之訴開庭審理，由一名主審法官和兩名陪審法官負責，原定應在當天就可做出是否驗票的判決，但是因正反雙方無法就如何驗票以及驗票費用問題達成協議，法庭決定兩方應先溝通，延期判決。泛藍後做出讓步，表示同意全麵驗票，而放棄之前所堅持的隻驗陳水扁的票，但是有關費用問題卻依然存在分歧。
4月2日，7名台灣大學生開始絕食抗議選舉不公，要求真相。他們自稱無黨派色彩，但憂心台灣選舉的不公正，因此以30多名學生接力絕食至5月20日的方式表達抗議。宋楚瑜的夫人陳萬水到場慰問學生。4月4日晚，在中正紀念堂前靜坐的8名學生被警政署人員強行驅離，遭到泛藍人士的強烈抗議，他們稱學生們隻是靜坐表達意願，並沒有妨害公共治安，警方沒有權力使用強製驅逐的方式。學生們在次日再度回到中正紀念堂繼續絕食靜坐。馬英九隨後也到現場向學生致意，並稱他也反對警政署強製驅逐的做法，事前隻是同意警方以柔性勸導的方式規勸學生停止絕食。
到4月7日，民進黨“立法委員”羅文嘉到達絕食現場，轉達陳水扁的決定：將在4月12日接見學生。但是學生們認為陳水扁誠意不夠，因為此前已經表明希望陳水扁在4月9日之前到絕食現場探望學生。他們決定將不會與陳水扁會麵，並在4月9日結束了第一輪絕食活動，將發動第二輪的運動，他們稱之為“四月學運”。
4月3日，國親兩黨再度在中正紀念堂舉辦5萬人的大型遊行抗議活動，批評選舉不公正。由於國親的合法集會時間到4月4日即將結束，而且之後所有的遊行集會申請全部被駁回，大部分泛藍支持者在遊行活動後響應連戰號召，結束了街頭抗爭，但是還是有數百人來到“總統府”前廣場抗議，他們高唱“中華民國國歌”，要求驗票，在警方舉牌警告集會非法後，依然不願意離去，在4月4日淩晨爆發了新一輪的警民衝突。
到4月3日的遊行後，國民黨內部出現了不同的聲音。國民黨本土派成員認為應該結束抗爭活動，準備年底的“立法院”改選。但是親民黨和國民黨其它一些人則認為應該繼續抗爭。最終的決定是在4月10日舉行最後一場20萬人的遊行後不再舉行遊行活動，但是會繼續通過司法途徑來解決選舉爭議。他們同時也決定要發動連署發動公民投票，以成立3·19槍擊案獨立調查委員會，他們希望這個委員會能夠由“立法院”的朝野“立委”、“監察院”以及檢調單位三方組成，以確保調查的公正公開。不過這個提案在“立法院”已經遭到台聯“立委”攔阻，隻能通過公民連署然後舉行公投的形式實現。
泛藍選民對投票結果不滿，稱陳水扁有舞弊嫌疑，主要爭議的疑點包括：
一、“3-19”槍擊事件：國親兩黨支持者認為，在3月19日之前的所有民調（無論是選前10天之前所公布的還是在選前10天所做的內部民調）
都顯示，連宋領先對手6到7個百分點，但是在3月19日槍擊事件之後隻領先1個百分點，認為槍擊事件疑點重重，可能是綠軍自導自演，但是民進黨否認，稱警方已經將事件定性為純粹的刑事案件；
二、點票過程和廢票：泛藍支持者認為是民進黨在點票過程中做了手腳，但是民進黨稱對方始終沒有證據；另一方麵，最後公布的廢票高達33萬張，占總投票數的2.5%，是上次選舉的幾乎3倍，但是民進黨稱選舉前有人發動“百萬廢票運動”，因此廢票有增加不為奇怪。
三、軍隊投票：由於“3-19”事件，軍隊進入一級戰備狀態，藍軍質疑有至少20萬軍人因而無法投票，而軍隊一向是偏泛藍的。“國防部”否認該項指控，指當天因戰備狀態而無法投票之軍人僅約三萬多人。
四、廢票認定：泛藍指責一些地區對廢票認定的標準不一，使得很多原本是投向泛藍的票都被認定廢票，不過民進黨也響應稱沒有發現認定標準不一的情況，而且提高廢票標準是泛藍自己在“立法院”提出並修法的。在3月21日清晨六時許，台灣高等法院裁定查封全國票櫃。
與國民黨高層的分歧
2004年的“總統”選舉可以算是曆年來最激烈的一次，選舉的結果表明，台灣社會已經高度分裂，無論最終誰上台，都無法得到另外一半選民的支持和認同，許多人擔心，未來的“總統”將很難推行任何重大改革計劃。有人認為，無論陳水扁的中槍是真是假，全台灣已經有一半的人對此表示懷疑，即使“3·19”槍擊事件是真的暗殺企圖，那麽多人的質疑也表明，“總統”的誠信已經蕩然無存。
唯一可以確定的是，台灣的民眾經過這次的大選，已經發生嚴重分裂。
有一些人強烈支持陳水扁和台獨主張，另一些卻強烈地反對陳水扁，而台灣民主的體製也已經麵對了新一輪的危機。
包括泛綠陣營的人在內，都承認“3-19”的兩顆子彈，徹底改變了選舉的結果。而這兩顆子彈究竟是誰發出的，似乎成了永久的曆史之謎。國親聯盟為此組織了聲勢浩大的遊行抗爭，自3月20日開始，天天遊行不斷，最多的一天，竟然有100萬人上街抗爭。
這些抗爭發起之時，馬英九的態度和國民黨高層出現了很大的分歧，他支持通過法律途徑解決，雖然國親聯盟高層告訴他，這件事整個就是一個陰謀，既然是陰謀，根本就不可能通過法律方式解決。馬英九本人也認同這一點，但他仍然不同意以非法律的方式抗爭，因此，當李昌鈺博士做出某種勘測結論，而法院又受理了國親聯盟的訴訟之後，馬英九的態度非常明確，遊行應該終止，人民應該重新回到安定的生活軌道上來。
為了使社會盡快恢複穩定，4月10日，馬英九不得不向台北警察下令，對不願意離開的示威者，以高壓水槍強行驅散，雙方因此發生衝突，警民雙方受傷者近百人。接下來，國親聯盟向當局提出申請，每個周六均舉行集會，要求“拚真相”，一直到5月20日止。但這些申請，均被馬英九打了板子，沒有批準。如果是陳水扁的“政府”沒有批準，事情可能是另一種結果。
恰恰是馬英九所領導的台北市“政府”沒有批準這些“拚真相”的活動，國民黨高層和親民黨因此對馬英九大為惱火。
對此，馬英九的態度十分明確，他也認為，槍擊案的原因值得玩味，當局應該成立更高級別的調查機構對此案進行調查。6月24日，馬英九說，槍擊案案發現場沒有管製，檢警人員到達時，現場已經被破壞，能夠取得的物證有限，等於是一個“殘缺不全”的案子。現在最重要的是找出作案動機，既然此案不是政治謀殺，也不可能是意外或打錯人，其中原因“非常值得玩味”。他表示，以目前的調查團隊而言，案情要向上發展，非常困難，他認為應提高調查層次，讓“監察院”等更高層級的單位介入，成立槍擊事件“真相調查委員會”，才可能查出真相。
針對呂秀蓮提出的如果“百日”到後，台“檢警”不能提出合理交代，不排除行政處分的話。馬英九表示懲處檢警人員並不公平，陳水扁喊出的“百日破案”也沒有意義，因為槍擊案現場早因“延遲封鎖五小時”被破壞，目前已經無法突破真相，隻有盡速成立“槍擊案真相調查委員會”和由“監察院。”
介入調查，才能真相大白。
馬英九說，“槍擊案的真相”要問槍擊的“動機”何在？馬英九表示目前民進黨對“立法院”成立“真相調查委員會”的過程百般阻撓。國民黨成立“真相調查小組”企圖調閱相關文件時，也都被“國安”單位拒絕。
7月9日，台“監察院”發現台“總統府”侍衛長陳再福在“3·19槍擊案”發生前15分鍾手機內有查不出聯係對象的通話紀錄。國民黨方麵的“真相調查小組”召集人馬英九表示，這隻是檢警沒有觸及的“冰山一角”。馬英九再次呼籲，由於台“監察院”沒有調查權，隻有“立法”成立“真相調查委員會”，才能還人民真相。馬英九強調，調查結果不見得會對哪一方有利，“立法成立真相調查委員會”也不是為哪一方的利益，而是要讓人民知道真相。
同時，他也表示，他是國民黨的副主席，同時更是台北市“市長”。作為國民黨副主席甚至隻是一名普通國民黨黨員，他能夠理解大家的憤怒，甚至支持抗爭行動。但作為“市長”，他必須將事件牢牢地控製在法律許可的範圍之內，他不能容忍任何超越法律的行為。
有一種分析認為，2004年，連宋之所以敗選，除了陳水扁那兩顆子彈瞬間改變了結果，還有一個非常潛在的原因，那就是馬英九。在選舉之前，無論是國民黨還是親民黨內部，都曾有人無數次試探連戰和宋楚瑜：如果你們當選，是否僅僅隻任一屆？
如果當選，他們自然不會隻任一屆。換個新人上來競選，把握性要小得多，說不準又輸給民進黨了。所以，這一問題，一直沒有得到肯定答複。於是，分析者認為，那些提這一問題的人，其實是在考慮一件事，他們希望馬英九在2008年站出來競選，擔心連宋這一屆當選後，到了2008不肯給馬英九讓路，所以，有許多準備在2008年投給馬英九的選票，不是投給了陳水扁，就是投了棄權票或者廢票。
僅以台北市為例，2000年，連戰和宋楚瑜分別競選，兩人總計得到1264528票，可這次他們在台北隻得到897870票，流失了366658票。這些流失的票中，大多便有一個“馬英九情結”。如果從這種分析上說，因為“馬英九情結”而導致連宋敗選，似乎不是完全沒有道理。但究竟是真是假，誰都無法確定。
“大選”結束後，國民黨黨主席的競選又將拉開帷幕。這次傳出了令人振奮的消息，馬英九將競選國民黨黨主席。
最早透出馬英九將參加黨主席競選消息是在2004年8月。當時，馬英九的父親馬鶴淩作為台灣馬氏宗親會理事長，率領20人的代表團參加馬來西亞的第三屆世界馬氏宗親懇親大會。與會期間，他接受了《南洋商報》記者的采訪。隨後，該報發表了一篇專訪文章，借馬父之口說，馬英九自從出生時起，父親為他確立的人生目標便是將來當“總統”。同時，他又非常擔心兒子麵對許多來自黨內外的阻力，“各方麵對他都不友善，連宋不想放手。”
這席話出來，矛頭直接指向了連戰和宋楚瑜，一時間，輿論大嘩，無論是台灣、香港還是大陸，各大媒體均轉載了這篇文章。
這件事鬧得沸沸揚揚時，馬英九正在美國舊金山為台北市招商，記者們自然不肯放過他，或者打電話，或者通過美國的華文媒體采訪他。馬英九沒料到會鬧出這麽大一件事來，尤其是槍擊案餘波未盡，國民黨內部許多人對馬英九誤會甚深，此時又冒出這麽件新聞，尤其是文中指責連戰宋楚瑜戀棧不肯放手的話，會令很多人反感。
得知此訊後，他立即透過自己在台北的新聞發言人，向社會公開了一份新聞發言稿，表示目前最重要的工作便是將“市政”做好，別的暫時不會考慮。美國的媒體自然不肯放過當麵采訪他的機會，麵對這一問題時，他仍然肯定地說，因為父親不在台灣，而他又在美國，父子間還未能聯係上，具體情況，他不十分清楚。至於他個人的態度，在新聞稿中已經言明，暫時沒有這樣的考慮。
至於選舉方麵，他表示最重要的是年底的“立法委員”選戰，這關係到泛藍陣營是否能繼續扮演忠誠的反對力量，充分發揮製衡效果，否則台灣的民主將成為“跛腳民主”，這對台灣的前途比個人的進退問題更為重要。
因此，他會在這方麵有所側重。
馬英九的此次美國之行，主要是吸引美商來台北投資，他馬不停蹄地走了很多地方，比如前往好萊塢的派拉蒙電影公司邀請他們訪問台灣洽談雙方在電影、媒體等產業合作的可能性等。
8月10日，也就是馬英九在美國接受記者采訪的同一天，馬鶴淩從馬來西亞返回台灣剛下飛機，就被早已經等候在此的記者圍住了。采訪的焦點，自然是他那次和記者的談話，關鍵點，一是“希望兒子選總統”以及“連宋不肯放手”。
馬鶴淩在機場向記者表示，這完全是一場誤會，除非他自己糊塗到“莫名其妙”、“狂妄無知”才會說出那種話。其實，他是說過與連宋放手有關的話題，但意思與報紙刊登的完全不同，他說：“連宋不能放手”，因為此時還在打選舉官司，如果這場官司打贏了，連宋還必須參加重選，根本不存在願不願放手的問題，而是能不能放手的問題。可是，報紙出來的時候，卻變成了“連宋不願放手”，一字之差，意思全變了。由於這一失誤，他當時便致電《南洋商報》，要求他們立即調出當時的采訪錄音核對，但對方說，錄音已經毀了。當他準備登機返回台灣時，報社的總編輯帶著那位記者，專程趕來向他道歉。
即使如此，事情仍然沒有過去，媒體還在大肆炒作此事，民進黨團也趁機打擊馬英九，大做文章。在此情況下，馬鶴淩不得不再一次站出來，就此進行“澄清”。他表示，他去參加馬來西亞的這次馬氏宗親會活動之前，和兒子有過一番談話，馬英九很清楚，這幾年，各地媒體都十分關心他是否競選“總統”一事，他和父親說好，如果有人問起此事，一律不談。
到了馬來西亞，有一位《南洋商報》的記者采訪他，這位記者也是政大畢業的，和他算是校友，而且，看上去很親善，彼此談得很輕鬆懇切。馬鶴淩一時放鬆了警惕，便和他開誠布公地交談起來，有些相對敏感一些的問題，他也作了回應。
這位記者自然不放過有關競選“總統”一事，馬鶴淩隻是回答了四個字“樂觀其成”，但從未說過所謂“從馬英九出生那一刻起，就已定下要兒子當總統的終極目標”等內容。他強調“自己過去從來沒有講過，以後也不會講。”他說，連蔣中正“總統”栽培經國先生、老布什栽培小布什，李光耀栽培李顯龍都不敢說“一定要我的兒子當總統”，他又怎麽會如此表示，除非他是“糊塗、狂妄、無知”的人。其次，所謂“從小便定下當總統的目標”與事實也相差太遠。
事情發生後，家人希望他在國外多玩一段時日，以免回到台灣受媒體圍攻，馬老先生當即向家人表示：“你是對我沒信心？”“你的父親不會說這種話”，他說，他一生坦坦蕩蕩，無不可對人言，這次他沒說錯話，何必躲躲藏藏授人以柄？所以，他按照原定行程，準時返回台北，並且直接麵對記者的采訪。
馬英九的發言人也立即就此表態，在馬英九出生的年代，根本就沒有所謂選“總統”的事。言下之意，當時是蔣介石掌權。“總統”一職，他抓得牢牢的，別人豈能問津？在那種形勢下，其父又怎麽可能以此督促教育兒子？
由此可見，所謂“從馬英九出生那一刻起，就已定下要兒子當總統的終極目標”等語，絕對不可能是馬鶴淩所說。
此事涉及到連戰和宋楚瑜，有關媒體，自然會要求他們表態，連戰的表態十分有趣，他僅僅隻是給了媒體四個字：“風平浪靜”，既公開了國民黨內部對此事的態度，同時也暗示，他本人以及國親聯盟高層，根本就不相信這一切是真的。
2000年大選失敗後，宋楚瑜公開組黨，原國民黨陣營內部一大批擁護宋楚瑜的黨員加入了親民黨。此事對於國民黨來說，是又一次重大打擊。而陳水扁掌握了台灣的最高權力，心裏也清楚，他的獲勝，完全是僥幸，在四年任期內，如果不徹底打垮國民黨，那麽，國民黨必將卷土重來。因此，他抓住了“執政”的有利條件，主要精力不是放在理政以及發展台灣經濟上麵，而是放在打擊國民黨，製造族群對立方麵。
陳水扁打擊國民黨最為重要的一件事，便是限製黨產。
由於宋楚瑜所掌握的那筆政治資金的曝光，加上後來陸續公開的李登輝轉往國外的大筆政治資金，引起了台灣民眾的不滿，陳水扁趁機要求登記黨產，分清哪些財產可屬於國民黨，哪些應該屬於“國家”。如此一來，原來屬於國民黨的大量黨產被收回，國民黨的經濟來源從此斷絕。由於經濟上陷入困境，國民黨內許多的黨員自動脫黨。而趁此機會，民進黨則快速發展，幾年間惡性膨脹，成為台灣第一大政黨。
這種形勢，無論對於國民黨還是親民黨，都是異常嚴峻的，國民黨和親民黨原本就是一家，此時，一些有識之士看到了危機，開始發出整合的聲音。
2004年，又一屆“大選”到來之時，國民黨和親民黨兩大黨魁都意識到，兩黨合則有可能贏，分則必輸無疑，因此，連戰和宋楚瑜出現了聯合，兩人配對參加“大選”。馬英九出任連宋競選班底的總幹事，成為這次選舉的重要人物。形勢一片大好。
第一次成為執政黨的民進黨在陳水扁上任後發現自己寸步難行，許多事件的處理方法備受爭議。特別是在核四問題中，陳水扁政策的改變讓大多數人措手不及，他被猛烈抨擊是言而無信，甚至一度麵臨被國民黨議員提案彈劾。在陳水扁作出讓步，宣布將續建核四之後，危機才解除。
扁政府的“內閣”成員亦更動多次：“行政院院長”一職，陳水扁最早希望由在大選中助他一臂之力的“中央研究院”院長李遠哲擔任，但是在李遠哲拒絕後提名國民黨籍的前“國防部長”唐飛擔任閣魁，唐飛在三個月後因核四的分歧辭職，最後由民進黨籍的張俊雄接任；“教育部長”最早是由陽明大學校長曾誌朗出任，但此人又因使用漢語拚音及教育改革的問題而在兩年後辭職。
陳水扁上台之前，許多人認為應該讓民進黨人上台，以取代已經執政達50多年、腐敗的國民黨。但是在陳水扁上台之後飽受爭議，主要是批評他言而無信、競選期間許多承諾跳票等。而在所有攻擊陳水扁的人士中，最嚴厲的卻是早先出身民進黨的人士，包括在黨內初選時落敗、之後退黨的民進黨前主席許信良以及陳文茜等人，他們對陳水扁批評的程度，可從他們在2004年台灣總統大選中挺身反扁的言論中得知。陳文茜表示，在有關兩岸“三通”的問題上，陳水扁曾14次表示強烈地支持並承諾盡快處理，可又有7次表示強烈地反對，認為危及台灣國防安全。
在執政三年後，陳水扁執政引起很大爭議，有人批評是“從當選的那一天起就為連任做準備”。陳水扁早前反對黨政合一，上台後卻又兼任民進黨主席，而且壓製黨內反扁勢力與聲音，讓一些曾經參與黨外運動的人感到被欺騙。2002年9月，因軍公教待遇改革問題，10萬名教師在教師節發起遊行；幾個月以後，一直是民進黨長期支持者的農民、漁民們，因不滿陳水扁政府準備廢除農漁會的政策，也曾上街抗議。
在兩岸和外交政策方麵，陳水扁一直是台獨色彩濃厚的一名政治人物，在他的“5-20”就職演說中，陳水扁提出了“四不一沒有”的承諾，在一定程度上緩和了兩岸因他的當選而造成的緊張關係。一年之後，他又提出了“一邊一國”，導致兩岸形勢緊張。他的反複使得中國大陸不願與其對話。而在對美關係上的日益緊張，讓台灣駐美代表程建人在2004年1月於“立法院”表示台灣和美國的關係目前是“史無前例的狀況”。在公投法通過之後，美國、日本、歐盟等國對台灣問題表示關切，這些國家的政府不相信陳水扁的解釋，並將他的行為解釋為挑戰台海現狀。
在經濟議題上，台灣民間企業界希望看到兩岸三通，但是陳水扁政府以顧慮台灣安全為由，降低對大陸依賴，而不願積極推動。在不願三通的同時，扁批評商人不願意留在台灣，“錢進大陸，債留台灣”。為取代西進大陸政策，陳水扁曾一度提出過“南下”政策，鼓勵台商到東南亞投資，但最後成效不佳。
陳水扁在一些選民，特別是南部選民中間還是享有很高的支持度。陳水扁被認為是“台灣之子”，是真正的台灣人。在南部草根階層中他被認為是“總統”的不二人選。許多陳水扁的支持者將陳執政中的失敗大致歸咎於在野黨的不斷杯葛、反對、阻撓扁的執政。扁的支持者主要是閩南籍本省選民和台獨主義者。
“大選”辯論的焦點
2004年的大選，台灣朝野雙方展開了激烈辯論，經濟問題和兩岸關係是重點議題。經濟問題上，在野的國親麗黨指責陳水扁政府無能，搞垮了台灣的經濟。在野黨進一步比較民進黨執政前與執政後的經濟形式，試圖證明民進黨任內的台灣經濟在下滑，失業人數上升，而大學新畢業生則越來越難找到工作。而民進黨政府則稱，經濟問題是大環境所造成的，與其它一些地區如歐盟、新加坡、香港等比起來，台灣的失業問題並不太嚴重，經濟表現也不算太糟。且在野黨仗著其在立法院較多的席次，進行長期“非理性”政治杯葛，造成政治爭端不斷，也必須負起責任。
在兩岸關係上，民進黨指明國親兩黨是親中國的政黨，甚至暗示兩黨“賣台”。民進黨也批評國民黨是“外來政權”，長期打壓本土人士。國親聯盟則反過來批評民進黨的兩岸政策會為台灣帶來災難。在兩岸直航的問題上，民進黨持保留態度，原則上遵循李登輝主張的“戒急用忍”政策，而國親兩黨則趨於讚同，認為有助經濟發展。10月中旬，陳水扁在接受美國《華盛頓郵報》記者專訪時稱，國親兩黨接受中國的“暗助”，卻無法提出令人信服的證據。國親兩黨對此強烈否認，並控告陳水扁，不過因陳水扁享有司法豁免權而未獲受理。
在統獨的問題上，國親兩黨不願公開承認、明確地支持統一並以此為選舉的主要政見之一，以避免對於爭取台灣本土意識選票造成不利。不過連戰2003年10月在美國的一個智庫會議上發表講話時，卻再次表示國民黨的立場，即支持“一中各表”，還向在場的美國政策顧問們解釋了“一中各表”的含義。但副手宋楚瑜所提出的“一中屋頂”主張，卻被認為有著更為濃厚的，向中國靠攏的意味。
統獨意識形態爭議因台灣的省籍矛盾而更加複雜化。省籍問題是每次選舉雙方都會麵對的敏感問題。台灣人口中，有85%為台灣本省人，15%左右是1949年隨國民黨撤抵台灣的“外省人”，其它還包括了少部分高山族原住民和客家人等。民進黨多次指責國親兩黨是外省人權貴（“複辟”舊勢力）操縱的政黨。而國親兩黨又反過來批評民進黨“玩弄”省籍問題，故意挑撥族群關係，是民粹主義。
2月28日是台灣二·二八事件紀念日。民進黨利用這次機會舉辦史上規模最大的一次群眾集會活動，“手護台灣”，參與的150萬群眾從南到北手牽手，喊出“支持公投”、“反對飛彈”、“中國N。”、“台灣YES”等口號。國親兩黨也在高雄舉行“心連心”紀念活動，也有數十萬群眾出席。對於雙方陣營在2月28日以族群和解為名舉行大型造勢活動，多個團體和個人表示反對。由台灣社會知名人士組成的族群和解聯盟就批評，兩個陣營都假借族群融合製造族群仇恨，在2月28日之前多次倡議雙方放棄在2、28當天舉辦任何活動。但這個聯盟本身亦被懷疑偏袒泛藍陣營，對其公平性表示質疑的聲音也不少。
2003年9月末，陳水扁在民進黨黨慶上首次提出“新憲說”，稱要在2006年“催生台灣的新憲法”，並在民進黨內邀集學者專家，成立“九人製憲小組”，由台灣大學名譽教授李鴻禧擔任召集人，初步研究新憲法的架構。
支持台灣主權獨立的人士認為“新憲說”是與李登輝提出的“2008建國論”相呼應，而民進黨人士則否認新“憲法”將涉及更改國號或變更領土範圍等敏感議題，但雙方皆同意：現在所施行的，1947年在中國製定的這部“憲法”，已經與台灣現狀脫節。“新憲說”出台後成功地使民進黨獲得了支持改革的形象，而國民黨迫於民意也在10月10日“雙十節”時宣布要在當選後修改“憲法”，完善憲政體製，但否認是由於受到陳水扁的新憲說的壓力，稱很早就有意修改現行的“憲法”。
2003年10月25日，民進黨發動20萬人大遊行，支持公投、製新憲法。
在這次遊行中呂秀蓮首次提出要開創台灣新時代，更改台灣的國號，使之成為一個“正常的國家”。民進黨在選舉中公開暴露其台獨嘴臉，很多觀察家認為是為了兩點原因：1）鞏固台獨與本土人士選票；2）激起台灣民眾的逆反心理，從而幫助提升民進黨支持度。這在2000年時已有先例，當時在選舉前幾天，中國國務院總理朱鎔基曾發表對台強硬談話。但這次北京始終保持沉默，很少對台灣政局表示評論，而是通過美國對陳水扁施加壓力，令華盛頓擔心區域情勢的平衡。
公投議題也相當突出。2003年6月陳水扁提出，將兌現2000年“總統”大選時的承諾，在任內推動政策谘詢性公投，但將不涉及敏感的政治地位等公投。但是7月台灣“立法院”召開臨時會議時，《公投法》並沒有獲得通過。不過陳水扁依然堅持公投，並說會以行政命令方式推動，在2004年總統大選前舉行有關核四電廠的公民投票。國親兩黨陣營指責陳水扁試圖通過公投惡化兩岸關係、挑撥台灣民意，從而操控選舉。盡管如此，7月的立法院臨時會議上由於兩個陣營無法在公投法細節上達成協議而未能立法。之後在野黨就宣布反對在無法可依的情況下強行進行公投。
到12月，情勢發生轉變，泛藍宣布不再阻擋《公投法》，使得該法順利通過，但是卻運用議事規則，限製剝奪行政部門提出公投的權利。陳水扁稱將使用《公投法》第17條所賦予總統的權力舉行“防禦性公投”，因而麵對美國方麵的強大壓力。盡管如此，陳水扁還是在2004年1月公布了兩個公投題目，並表明不受國際壓力影響。針對陳水扁的動作，國親兩黨表示反對，宣稱陳水扁的行為違法，因為他在國家主權沒有變更之虞的情況下就發動公投，而且兩個公投題目（是否支持要求中國大陸撤除對台飛彈，和是否支持兩岸和談）本來就已經是台灣人民的共識，沒有舉行公投的必要。雖然在野黨表示反對，卻不願意發動拒領公投票等行為來抵製，擔心這樣做會影響到目前對泛藍有利的選情，且泛藍陣營內部，對於公投的意見也不一致。
民進黨方麵，則繼續宣傳公投的必要性。他們認為：中國以將近500枚導彈瞄準台灣，隨時有可能意圖以強勢武力，威脅台灣“主權獨立”的現狀，符合公投法第17條“國家主權有變更之虞”的意旨。且台灣人反對中國武力侵略的主流民意，必須透過公投，讓國際上能夠更明確地了解。“行政院新聞局”宣布，願意就是否應該舉行公投一事與在野或民間人士舉行10場辯論會，但國親兩黨因選舉考慮表示不願意參加。
不過到2月17日，公投辯論一事發生變化，政治評論家趙少康、無黨籍立委陳文茜、作家李敖、民進黨前主席許信良等5名傾泛藍的民間“名嘴”宣布願意與“行政院”就公投議題辯論。他們指稱：公投雖然是人民的基本權力，但是這次民進黨發動的公投既不合法、又沒必要，人民無論投讚同或支持，實際都預設了這種他們所宣稱的違法行為，唯一的抵製方法應該是拒絕領票，讓公投無法達到50%投票率的門檻，而最終無效。
還有一個頗具爭議性的問題是台灣教育改革。台灣教育改革1994年由中央研究院院長李遠哲領導規劃，但是在正式實施後暴露出許多問題。
其中最突出的包括：學費升高、學生壓力不減反升、學生學習品質下降等。
陳水扁政府被指責應該為教改失敗負責，特別是在學費調漲方麵。在野黨批評出生“三級貧戶”的陳水扁在當選後脫離了底層中低收入階層，學費負擔過重令許多學生無法進入大學。民進黨則反駁，教改是在國民黨政府時期就已經開始推動，因此國民黨才因負全部責任，且就學費漲幅而言。
在公投議題炒作不順利後，民進黨又轉而展開另一波攻勢，指責連戰的家產取得不當。民進黨稱，連戰祖上是台灣名門望族，但是家產都在日據期間被日本政府沒收，連戰現在的財產是從其祖父繼承而來。但是連戰的祖父、父親與連戰自己都是國民黨公務員，怎麽可能在三代之內積累財富200億台幣？民進黨又在連戰矢口否認在國外擁有房產後，挖出連戰在美國有三棟房產。國民黨則先是否認連戰200億財富的說法，後又指責陳水扁當總統的3年內，股票市值增長140%。而同時期全台灣人民股票市值平均減少20%；國民黨還稱，陳水扁的兒子在服兵役期間就可以開跑車，置疑陳水扁的財產來源。
“黑金”是執政黨利用行政優勢，從財團或個人取得非法或不當利益。
在過去，“黑金”一詞始終於國民黨聯係在一起，國民黨被認為是黑金政黨。
在2000年的選舉中，民進黨的許多支持者，特別是在教育程度較高的支持者中，大多數都是為了“終結黑金”，才投票給民進黨的。但是在這一次的選舉中，民進黨政府，甚至陳水扁本人的清廉作風遭到在野黨置疑，最主要的批評就是陳水扁當選前一直攻擊國民黨黑金，當選後卻立即與李登輝結盟，兩人關係形同父子。
在選舉之前30多天，正遭到台灣政府通緝的某集團前總裁陳由豪在香港表示，曾經以政治獻金方式資助國、民兩黨。民進黨指責陳是因為被通緝，所以才懷狠報複。3月1日，陳由豪又公開指控，宣稱他曾經親自到陳水扁家中，送給陳水扁妻子吳淑珍600萬現金。但是諸多指控，都未能提出更為明確的證據。而台灣的檢調機關也持續要求陳由豪回國說明，但陳由豪卻一直避不響應。由於陳由豪隻透過媒體提出指控，因此也受到泛綠陣營普遍指控：泛藍陣營在背後操縱的可能性。
3月15日，陳由豪再度在美國召開記者會，公布了之前一直被廣泛揣測的那位隨陳由豪到陳水扁家的“大老”就是民進黨立法委員沈富雄。對此沈富雄在3天後出麵說明：“可能”有此事，但不排除他自己或吳淑珍記錯了，他還表示自己有相關的證據，但是一定要到法庭上才會公布。但是吳淑珍之後又表示自己不會記錯：並無此事。
雖然民進黨清廉形象因普遍親泛藍陣營，媒體的密集質疑報導多少遭到損害，但大多數台灣民眾對國民黨已經徹底洗心革麵表示懷疑。國民黨多處在獨裁時代不當取得的資產，至今沒有歸還，且有透過所謂“信托化”的手段，藉以脫產的嫌疑。對於此一議題，除了泛綠陣營“立法委員”要求“政府”追討外，“行政院”也提出“不當取得黨產處理條例”。但在“立法院”遭到泛藍陣營“立法委員”聯手，在“程序委員會”封殺。
藍綠雙方的選舉策略
泛綠民進黨的選舉主軸很早已經定下，即以公投為選舉的主軸，轉移選民對經濟狀況的轉移力，而更關心台灣的政治地位問題。此外民進黨也口出2006年新“憲法”，卻故意模糊2006年新“憲法”的內容，在鞏固自己的基本盤的情況下，也同時拉攏一些支持改革的中間選民。
另外泛綠也意識到必須團結、鞏固自己的基本選民，為此他們動員20萬人發動“10-25”公投大遊行，再次展示自己在南部的實力。同時他們也通過“負麵文宣”，批評對手的參選人，甚至不惜對對方進行人身攻擊，如發布批泛藍的光盤、指控宋楚瑜有小老婆、為馬英九扣“紅帽子”等，雖然有可能喪失一些中間選民的選票，卻有利於鞏固傳統的親泛綠選票。
民進黨的策略在很大程度上是十分成功的，再加上陳水扁2003年10月過境美國出席多個公開場合，宣揚其在外交上的成就，使陳呂與連宋的民調差距從2003年3月最高時的15%左右已經縮小到3%的誤差範圍以內，“總統府”秘書長丘義仁形容這次選舉將會是“割喉戰”，綠軍僅差40萬票。不過也有人評論，民調數字拉近主要並不是由於民進黨的支持度上升（泛綠的支持度始終維持在30%到40%之間），而是由於泛藍的支持度不斷T滑，很多選民從原先的支持泛藍改為不表態。
選戰開始時，民進黨的主要策略就是攻擊2000年大選時聲望較高的宋楚瑜，其中之一就是指責宋楚瑜是“散財童子”，在擔任台灣“省主席”期間利用經濟資源鞏固自己在地方的影響，“要5毛給1塊”，揮霍公款以突現自己的政績。宋楚瑜在擔任“省主席”期間以親民的形象獲得很高的民意支持，民進黨希望通過打壓宋楚瑜來打擊連宋的高支持度，分化藍營的團結。而具諷刺的是，“散財童子”的“封號”正是2000年“總統”大選時國民黨批評宋楚瑜的主要宣傳手段，民進黨在2004年選舉中故意將2000年時連宋的矛盾暴露出來，希望能造成連宋是為利益結合的印象。對此親民黨表示現屆政府也同樣花費上百億元用於高雄鐵路的建設，也是一種鞏固選票的行為，但不同的是民進黨政府用掉大筆資金，卻依然無法改善台灣經濟。
國親兩黨也將2000年大選時的分裂歸罪於當時的國民黨主席李登輝。
2003年10月22日，李登輝首次就“興票案”親自到台北地方檢察署作證。“興票案”最早是2000年台灣“總統”大選時國民黨指責宋楚瑜在任國民黨秘書長期間不當侵占黨產，並曾在2000年2月提出告訴。但地檢署在2001年作出不起訴處分決定，而在國親兩黨公開聯合後，國民黨也表示放棄民事追訴權。但這次地檢署以發現新證據為由，重新開始調查，並派出5名檢察官進行偵查，被親民黨指責是政治迫害。
宋楚瑜隨後在25日召開記者會，表示願意與李登輝當麵對質。親民黨也發現在一張據稱是李登輝在庭上所寫的發言要點中，字跡並不是李登輝的，但卻用李登輝的口吻寫成，因此懷疑是檢察當局與李登輝串供。對此地檢署否認，說隻是在場的一名檢察官記下的發言要點。親民黨也批評，民進黨政府上台後並沒有認真對多起涉及李登輝本人的案件進行偵查，卻在選舉時刻開始偵辦“興票案”，是有政治動機。
泛藍在選舉初期表現不理想，由於未能主導議題，而且也沒有進行任何大規模的造勢活動，令連宋的支持度從剛剛宣布聯合時的超過50%一路下滑，甚至在一些民調中已經落後民進黨1%。對此，很多人認為主要是由於泛藍沒有意識到選舉已經接近，而是依然認為自己遙遙領先，能夠依靠基本盤獲勝。有人警告，台灣選民的基本結構已經從2000年時的60比40改為55比45.很多人建議，國親兩黨應該立即合並，以更有利於統一選舉步調。此外也有人提議將“中國國民黨”改名為“國民黨”或“台灣國民黨”，以突現本土化成分。此外，有人也批評連戰所謂選舉是“中華民國”對“台灣共和國”的說法，認為國親兩黨應該將選舉焦點帶到經濟方麵，而不是在政治定位上與泛綠較量。
隨著民調的不斷下滑，國親兩黨也有一些選舉策略上的調整。11月8日泛藍在台中舉行首場造勢晚會，試圖拉抬選舉氣氛，凝聚選票。11月底國親兩黨又在公投議題上重拳出擊，國親兩黨提出的公投版本大獲全勝，令民進黨的選舉策略受到重大影響。之後泛藍決定由王金平出任連宋競選總部主委，馬英九為總幹事。王金平在泛藍較弱的南部有很大影響力，而馬英九則是國民黨的政治明星，兩人在選舉中擔任要角，無疑幫連宋加分不少。
泛藍另一個需要麵對的問題是“宋強連弱”。宋楚瑜一直以來就十分善於選舉造勢，而連戰卻一直被認為沒有領袖魅力。在這種情況下，泛藍的候選人時常給人造成“宋強連弱”的印象，使得一些國民黨的支持者擔心，如果連宋當選，宋楚瑜有可能掌控實權。對此宋楚瑜不得不減少發言次數，讓連戰擔當主角。到2003年12月時，大多數關於“宋強連弱”的擔憂已經消失。
在整場選舉中，泛藍始終沒有能夠主導選舉主軸，將焦點轉移到民生經濟議題上來。他們猛烈批評執政黨沒有執政能力，而突顯自己擁有專業的行政團隊，豐富的行政經驗，還拉來5名諾貝爾經濟學獎得主，為他們的經濟政策背書。但是盡管如此，泛藍的這些動作都沒有被媒體廣泛報導，因為相較之下顯然泛綠提出的“公投製憲”等議題更為吸引人。不過一些專家則認為，媒體所沒有興趣的並不等於公眾就一定沒有興趣，事實上大多數人對於公投的兩個題目都不清楚，他們更關注跟自己生活周遭的事情。
群眾動員台灣選舉的一個大特色就是動員群眾舉行“造勢”活動。許多人相信，大型“造勢”活動對於拉抬選情有很大幫助，這在大型造勢活動後的民調中也有反映。但是還有一些人則認為，“造勢”活動對於改變選民意願沒有任何幫助，而台灣真正的“中間選民”人數很少，所以此類活動並沒有實際效果。不過兩邊陣營卻都認為，“造勢”雖然不會改變選民投票意向，但是有利於凝固自己的基本盤，並且鼓勵那些傾向自己，卻並不堅定或不願意投票的選民最終出來投票。
泛綠陣營最大規模的一場“造勢”活動是2月28日所舉行的“手護台灣”活動，有意仿照1990年，波羅的海三小國為爭取脫離前蘇聯統治，達成主權獨立而組成的“人間之鏈”。當天下午2點28分，泛綠的支持者們手牽手，沿著台1線道路，從台灣北端的基隆和平島，一直牽到台灣南端的屏東長治鄉昌隆村（取其“和平昌隆”之意），形成一條300多公裏的人龍，不少地區還出現了兩、三排的人龍。參與者各出花招突顯自己，仿佛一場嘉年華會。活動通過紀念二·二八事件，終結悲情，賦予新意義。與支持公投，反對中國以導彈瞄準台灣，意圖武力侵略等訴求，凝結支持民進黨的力量。陳水扁、李登輝等人在苗栗的主會場發表講話，再次重申反對飛彈、支持公投、維護台灣主權獨立，並且鼓勵民眾投票支持陳水扁。主辦者宣稱共有220萬人參加活動，不過一般媒體估計參與人數在150-200萬之間。
“2、28活動”的成功不僅表現在參與的人數，更反應在此後的民意調查之中。原先綠營一直落後藍營7到5個百分點，但在“2、28活動”之後，綠營隻差藍營3個百分點，一些民調甚至顯示綠營有超過藍營的現象。
民進黨“2、28活動”令國親兩黨不得不舉行另一場活動來抗衡。他們在3月13日同樣發動百萬支持者的造勢活動，原先的主題是“反黑金”，後又改為反扁“蹌聲”（閩南語，意為“耀武揚威”或“叫陣”）大遊行，主要是擔心綠營諷刺國民黨是“黑金反黑金”。
支持者在3月13日當天下午3時20分喊出“換總統”的口號。當天，連宋王馬四人分別在台北、台中、高雄和桃園四個主會場。2時20分，現場群眾高喊“換總統”、“3、20，連宋贏”等口號。第二個高潮則是在10多分鍾後，宋楚瑜夫婦在台中率先跪下親吻台灣土地，10分鍾後在台北，連戰夫婦更以五體投地的方式親吻土地，顯示自己熱愛台灣。泛藍的動員超出預期，他們宣稱有300萬人參加，但是大多數媒體認為參加人數在100萬人左右。
電視辯論在經過民進黨和國民黨多次的磋商之後，連戰、陳水扁終於達成協議，在2月14日、2月20日舉行兩場電視辯論會，這也是台灣曆史上首次舉行總統候選人電視辯論會。但是2月14日首場辯論結束後，卻令很多政治評論家和普通選民感到失望。雙方在議題方麵的辯論都避重就輕，兩人卻有多次針對對方的人身攻擊。但是總體而言，大多數人認為陳水扁表現較好，但是連戰的支持度依舊領先。
各方麵對於台灣選舉的公正性一直有很多懷疑，在這一次的選舉中，藍綠雙方都指責對方非法操控選舉。首先是藍軍稱，發現由民進黨執政的台北縣近日銷毀了56袋印錯的選票，而台北縣根本就不需要那麽多選票，置疑當局故意多印選票，然後發給民進黨支持者，以增加陳水扁的選票。民進黨對此否認，稱隻印錯了600多張選票，其餘隻是裁剪選票後遺留下來的紙張。但是泛藍仍然表示擔心，稱會在各投票站部署人員，現場監看投票過程。
另一方麵，民進黨也在3月18日指責，泛藍在綠軍領先的南台灣展開扣壓身份證的行動，他們收購一些選民的身份證，在3月20日選舉結束後才歸還，以降低泛綠票倉的投票率，依此達到做票的效果。對此藍營表示自己從未采取這類行動，是地方人士自發行為，而且根本沒有卷入金錢交易。
在選舉進入白熱化的最後階段，台灣各界的人士都紛紛公開了自己的投票意向。中央研究院院長、諾貝爾化學獎得主李遠哲在3月18日正式宣布，支持陳水扁。李遠哲在4年前的2000年總統大選中就已經挺扁，這次再度挺扁，而且與陳水扁一起召開記者會。他表示，陳水扁團隊雖然執政經驗不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此繼續支持。但是台灣評論普遍認為，李遠哲這次的挺扁效力遠不如四年前高，有些評論家甚至稱他已經“信用破產”。台灣學術界很多人也批評李遠哲，再度破壞學術中立的原則。
台灣商界的兩名重要人物，台塑董事長王永慶和長榮董事長張榮發雖然沒有公開支持連宋，卻批評政府遲遲不開放三通。其中張榮發一直是陳水扁的長期支持者，但是陳水扁上台後因三通問題兩人關係破裂。台商的回台投票率是曆次選舉中最高的，他們中的大多數人都支持連宋。台商投票主要是因為民進黨政府長期指責台商“不愛台灣”，而且遲遲不開放三通。
台商會長估計，大約會有15萬台商返台投票，可以影響30到45萬張選票。很多台商早在2004年1月就在大陸台商中為所支持的候選人拉票，甚至傳出在大陸舉行競選造勢活動的消息，後因國台辦介入，才被取締。他們中的許多人在大陸、香港的機場中就已經舉出“中華民國國旗”和連宋的競選旗幟，公開挺連。除此之外，居住在其它國家的台灣僑民也紛紛返台。
一般認為，越多台商和僑民返台投票，對泛藍就越有利。
3·19槍擊案引發的抗議
在2004年的“總統”大選中，陳水扁以不到3萬票極微差距擊敗對手連戰，但其對手連戰提出選舉無效之訴；大選之前的3月19日，陳水扁與其競選搭檔呂秀蓮被人槍傷，此事引起爭議，包括支持陳水扁的泛綠人士當中，都有很多人認為是陳水扁高明的苦肉計。台灣旅美刑事鑒定專家李昌鈺則指出，陳的傷口是槍傷造成，並且非近距離射擊。但李昌鈺認為由於案方現場未能及時封鎖保全證據，現有證據難以進一步詳細調查射擊者的動機與身份。台灣刑事局專家令曾指出，從“中華民國”選舉賭盤中獲取暴利的作莊者（組頭）為了左右情勢，也有可能涉案。
3月19日下午1點45分，正在民進黨票倉台南市掃街拜票的陳水扁、呂秀蓮據稱遭到槍擊，呂秀蓮膝蓋受傷，陳水扁腹部輕微擦傷。根據呂秀蓮本人的說法，子彈可能是先擊中她的膝蓋後，再彈到陳水扁腹部，兩人後被送往奇美醫院治療，兩人都意識清醒，沒有大礙，醫院外已經聚集大批民進黨支持者。
“總統府”秘書長丘義仁在3點30分證實，陳呂兩人遭到槍擊，並表示已經找到子彈，但是沒有說明一共開了幾槍、找到幾粒子彈，以及是否已經逮捕凶嫌。“總統府”也表示已經激活國安機製，並表示不會推遲第二天的選舉投票。連戰也在得知消息後表示“希望他們盡早康複”。
針對這次事件，一些人已經表示有所懷疑，因為根據電視畫麵所見，子彈在汽車擋風玻璃右側撞擊，留下一個彈孔，但是當時陳水扁站在汽車的右側，呂秀蓮在左側，因此子彈應該是先打倒陳水扁，再擊中呂秀蓮。有輿論認為，選情在槍擊事件之前泛藍聲勢高漲，連宋當選在望，因此認為泛藍支持者沒有理由與動機去槍殺一個即將下台的總統，而相反民進黨則有可能為了選舉而上演“苦肉計”。但另一方麵，有人也認為，呂秀蓮在上星期13日已經弄傷了腳踝，所以沒有需要再為拉票而上演苦肉計。尚有輿論揣測，此為“總統”選舉地下賭盤負責人差遣殺手前往狙擊。
事件發生後，民進黨立即宣布停止當天下午和晚上的一切競選活動。
連宋陣營也表示立即停止競選活動，並由馬英九和連戰夫人連方踽到醫院探望陳水扁。此外，槍擊事件發生後，台灣實時激活國安機製。
3月20日，台灣第十一任“中華民國總統”“副總統”選舉舉行。由尋求連任的陳水扁與呂秀蓮以不到3萬票的微弱多數當選。這次的選舉結果中，兩組候選人的得票率是曆年來最接近的，而且廢票高達33萬票，約為上一次“總統大選”選舉3倍，因此引起了泛藍支持者的抗議。另一“總統。”
候選人連戰稱這次選舉“疑點重重”，是一場“不公平的選舉”，稱要提出“選舉無效之訴”，並要求中選會立即查封所有票箱，進行驗票。台北市高等法院在3月21日早晨7點做出裁決，要求立即查封所有票箱。
在選舉結果揭曉後，大批泛藍支持者聚集在連宋競選總部前，不願散去，要求重點選票。在連宋離開後，群眾持續聚集通曉，在高雄和台中也有群眾聚集，抗議選舉結果，甚至爆發警民衝突。在台中，泛藍群眾聚集在台中地檢署前，要求立即查封票箱，台中“市長”、國民黨中常委胡誌強在淩晨3點30分到達現場，與群眾一起靜坐抗議。
在台北，新黨主席鬱慕明、國親多位立法委員也來到連宋競選總部，支持連宋關於要求驗票的要求。淩晨4時，連宋律師團將25份已經簽字的訴狀分別遞往全台25個縣市的高等法院，同時開始有群眾在“總統府”前聚集。2月21日上午10時，國民黨“立法委員”章孝嚴來到“總統府”，稱美國政府已經延後向陳水扁發賀電，表明美國方麵也置疑選舉結果。台北“市長”馬英九、“行政院長”遊錫坤也先後來到現場，要求群眾保持理性，主動離開，但是沒有效果。
泛藍支持者宣布，他們將一直在“總統府”前廣場靜坐，直到全麵驗票。
3月22日是大選後的第一個工作日，廣場上聚集的群眾有所減少，但是還是有很多人不願離開，在下午下班時間，廣場上的人群又開始增多。3月24日，前民進黨主席許信良加入到抗議行列中，並以絕食表達不滿。3月27日，藍軍在“總統府”前組織了大規模的遊行示威。大量的國親兩黨支持者聚集在凱達格蘭大道，抗議選舉不公，並要求重新點票。
據台北市政當局估計，參與遊行的民眾大約有32萬人，不過主辦單位則稱有47萬人參加。根據一些報紙進行的調查顯示，59%的民眾反對抗爭，而66%的民眾讚成驗票。與此同時，數百名在紐約的泛藍支持者也舉行了“紐約華人愛台灣”的集會，表示聲援“3、27”大遊行。此外在華盛頓等地也舉行了類似的遊行活動。
3月27日當晚9點，陳水扁親自主持國際記者會，對示威事件發表強硬談話，稱“總統府”廣場必須在3月29日之前完全淨空，稱自己不是“軟腳蟹”。不過他也表示願意立即與連宋會麵。
在“3、27”遊行結束後，身為台北市“市長”的馬英九負責清場。在他的勸說下，大多數支持者離開了廣場，隻剩下上千名民眾繼續抗爭，這些人在淩晨也陸續離開，到3月28日清晨隻剩下零星的數百人。3月28日清晨5點一刻，警方開始勸諭在凱達格蘭大道上剩餘的抗爭民眾離去，在此期間，民警發生了零星衝突。在早上7點左右，清場工作已基本完成。而部分民眾則轉移到中正紀念堂繼續靜坐抗爭。
馬英九柔性清場成功，贏得台灣各界讚賞。連民進黨也認為馬英九盡責有功，知識分子也認為，馬英九不姑息“暴亂分子”、呼籲群眾守法的聲明，值得肯定。民進黨副秘書長李進勇說，持續七天在“總統府”前的國親兩黨抗爭行動，前晚終於和平結束，民進黨表示欣慰和歡迎。在整個事件的最後關頭，負責台北市治安的馬英九也盡到台北“市長”的責任，國親兩黨“總統府”前抗爭活動得以圓滿落幕，馬英九也有功勞。不過，李進勇指出，整個活動過程仍有地方值得檢討。國親兩黨府前抗爭原是違法集會，但身為國民黨高層的馬英九，卻以“市長”權力批準集會，令集會從非法變成合法。民進黨認為，這點值得檢討。
馬英九敲定以柔性方式驅散示威者後，一千名防暴警察既沒用上四年前驅散國民黨總部示威者的水炮，也表現得很克製，盡力避免使用警棍，徒手將人群或拉或抬。“總統府”前示威和平落幕後，馬英九出席公開活動時，神情輕鬆，眉頭不再深鎖，俊臉笑容再現。他評論清場行動時指出，這是一場沒警民衝突及成功的清場行動，是一次從來沒有過的柔性驅離行動，透過警員、女警及國親兩黨黨工、各級“議員”的勸說，民眾都自行回家或移往中正紀念堂。他說，隻有極少數人擦傷，他對台北市民高水準的表現給予肯定。
馬英九打完一場漂亮的“清場仗”後，立即前往中正紀念堂，以藍營幹部身份向現場群眾喊話，成為首名到中正紀念堂打氣的藍營重量級人物。
馬英九十分肯定前日50萬人集會的成效，認為陳水扁是在50萬群眾的壓力下才回應國親兩黨的訴求，雖然晚了點，仍值得肯定。他呼籲群眾和平理性，“手段一定要正當，這樣才能獲得輿論與國際的同情。”
從3月29日開始，陳文茜每晚在中正紀念堂現場主持政論節目“文茜小妹大”，使得每天晚上參加靜坐的群眾人數又有增加。
4月2日，台灣“高等法院”首次就國親提出的選舉無效之訴開庭審理，由一名主審法官和兩名陪審法官負責，原定應在當天就可做出是否驗票的判決，但是因正反雙方無法就如何驗票以及驗票費用問題達成協議，法庭決定兩方應先溝通，延期判決。泛藍後做出讓步，表示同意全麵驗票，而放棄之前所堅持的隻驗陳水扁的票，但是有關費用問題卻依然存在分歧。
4月2日，7名台灣大學生開始絕食抗議選舉不公，要求真相。他們自稱無黨派色彩，但憂心台灣選舉的不公正，因此以30多名學生接力絕食至5月20日的方式表達抗議。宋楚瑜的夫人陳萬水到場慰問學生。4月4日晚，在中正紀念堂前靜坐的8名學生被警政署人員強行驅離，遭到泛藍人士的強烈抗議，他們稱學生們隻是靜坐表達意願，並沒有妨害公共治安，警方沒有權力使用強製驅逐的方式。學生們在次日再度回到中正紀念堂繼續絕食靜坐。馬英九隨後也到現場向學生致意，並稱他也反對警政署強製驅逐的做法，事前隻是同意警方以柔性勸導的方式規勸學生停止絕食。
到4月7日，民進黨“立法委員”羅文嘉到達絕食現場，轉達陳水扁的決定：將在4月12日接見學生。但是學生們認為陳水扁誠意不夠，因為此前已經表明希望陳水扁在4月9日之前到絕食現場探望學生。他們決定將不會與陳水扁會麵，並在4月9日結束了第一輪絕食活動，將發動第二輪的運動，他們稱之為“四月學運”。
4月3日，國親兩黨再度在中正紀念堂舉辦5萬人的大型遊行抗議活動，批評選舉不公正。由於國親的合法集會時間到4月4日即將結束，而且之後所有的遊行集會申請全部被駁回，大部分泛藍支持者在遊行活動後響應連戰號召，結束了街頭抗爭，但是還是有數百人來到“總統府”前廣場抗議，他們高唱“中華民國國歌”，要求驗票，在警方舉牌警告集會非法後，依然不願意離去，在4月4日淩晨爆發了新一輪的警民衝突。
到4月3日的遊行後，國民黨內部出現了不同的聲音。國民黨本土派成員認為應該結束抗爭活動，準備年底的“立法院”改選。但是親民黨和國民黨其它一些人則認為應該繼續抗爭。最終的決定是在4月10日舉行最後一場20萬人的遊行後不再舉行遊行活動，但是會繼續通過司法途徑來解決選舉爭議。他們同時也決定要發動連署發動公民投票，以成立3·19槍擊案獨立調查委員會，他們希望這個委員會能夠由“立法院”的朝野“立委”、“監察院”以及檢調單位三方組成，以確保調查的公正公開。不過這個提案在“立法院”已經遭到台聯“立委”攔阻，隻能通過公民連署然後舉行公投的形式實現。
泛藍選民對投票結果不滿，稱陳水扁有舞弊嫌疑，主要爭議的疑點包括：
一、“3-19”槍擊事件：國親兩黨支持者認為，在3月19日之前的所有民調（無論是選前10天之前所公布的還是在選前10天所做的內部民調）
都顯示，連宋領先對手6到7個百分點，但是在3月19日槍擊事件之後隻領先1個百分點，認為槍擊事件疑點重重，可能是綠軍自導自演，但是民進黨否認，稱警方已經將事件定性為純粹的刑事案件；
二、點票過程和廢票：泛藍支持者認為是民進黨在點票過程中做了手腳，但是民進黨稱對方始終沒有證據；另一方麵，最後公布的廢票高達33萬張，占總投票數的2.5%，是上次選舉的幾乎3倍，但是民進黨稱選舉前有人發動“百萬廢票運動”，因此廢票有增加不為奇怪。
三、軍隊投票：由於“3-19”事件，軍隊進入一級戰備狀態，藍軍質疑有至少20萬軍人因而無法投票，而軍隊一向是偏泛藍的。“國防部”否認該項指控，指當天因戰備狀態而無法投票之軍人僅約三萬多人。
四、廢票認定：泛藍指責一些地區對廢票認定的標準不一，使得很多原本是投向泛藍的票都被認定廢票，不過民進黨也響應稱沒有發現認定標準不一的情況，而且提高廢票標準是泛藍自己在“立法院”提出並修法的。在3月21日清晨六時許，台灣高等法院裁定查封全國票櫃。
與國民黨高層的分歧
2004年的“總統”選舉可以算是曆年來最激烈的一次，選舉的結果表明，台灣社會已經高度分裂，無論最終誰上台，都無法得到另外一半選民的支持和認同，許多人擔心，未來的“總統”將很難推行任何重大改革計劃。有人認為，無論陳水扁的中槍是真是假，全台灣已經有一半的人對此表示懷疑，即使“3·19”槍擊事件是真的暗殺企圖，那麽多人的質疑也表明，“總統”的誠信已經蕩然無存。
唯一可以確定的是，台灣的民眾經過這次的大選，已經發生嚴重分裂。
有一些人強烈支持陳水扁和台獨主張，另一些卻強烈地反對陳水扁，而台灣民主的體製也已經麵對了新一輪的危機。
包括泛綠陣營的人在內，都承認“3-19”的兩顆子彈，徹底改變了選舉的結果。而這兩顆子彈究竟是誰發出的，似乎成了永久的曆史之謎。國親聯盟為此組織了聲勢浩大的遊行抗爭，自3月20日開始，天天遊行不斷，最多的一天，竟然有100萬人上街抗爭。
這些抗爭發起之時，馬英九的態度和國民黨高層出現了很大的分歧，他支持通過法律途徑解決，雖然國親聯盟高層告訴他，這件事整個就是一個陰謀，既然是陰謀，根本就不可能通過法律方式解決。馬英九本人也認同這一點，但他仍然不同意以非法律的方式抗爭，因此，當李昌鈺博士做出某種勘測結論，而法院又受理了國親聯盟的訴訟之後，馬英九的態度非常明確，遊行應該終止，人民應該重新回到安定的生活軌道上來。
為了使社會盡快恢複穩定，4月10日，馬英九不得不向台北警察下令，對不願意離開的示威者，以高壓水槍強行驅散，雙方因此發生衝突，警民雙方受傷者近百人。接下來，國親聯盟向當局提出申請，每個周六均舉行集會，要求“拚真相”，一直到5月20日止。但這些申請，均被馬英九打了板子，沒有批準。如果是陳水扁的“政府”沒有批準，事情可能是另一種結果。
恰恰是馬英九所領導的台北市“政府”沒有批準這些“拚真相”的活動，國民黨高層和親民黨因此對馬英九大為惱火。
對此，馬英九的態度十分明確，他也認為，槍擊案的原因值得玩味，當局應該成立更高級別的調查機構對此案進行調查。6月24日，馬英九說，槍擊案案發現場沒有管製，檢警人員到達時，現場已經被破壞，能夠取得的物證有限，等於是一個“殘缺不全”的案子。現在最重要的是找出作案動機，既然此案不是政治謀殺，也不可能是意外或打錯人，其中原因“非常值得玩味”。他表示，以目前的調查團隊而言，案情要向上發展，非常困難，他認為應提高調查層次，讓“監察院”等更高層級的單位介入，成立槍擊事件“真相調查委員會”，才可能查出真相。
針對呂秀蓮提出的如果“百日”到後，台“檢警”不能提出合理交代，不排除行政處分的話。馬英九表示懲處檢警人員並不公平，陳水扁喊出的“百日破案”也沒有意義，因為槍擊案現場早因“延遲封鎖五小時”被破壞，目前已經無法突破真相，隻有盡速成立“槍擊案真相調查委員會”和由“監察院。”
介入調查，才能真相大白。
馬英九說，“槍擊案的真相”要問槍擊的“動機”何在？馬英九表示目前民進黨對“立法院”成立“真相調查委員會”的過程百般阻撓。國民黨成立“真相調查小組”企圖調閱相關文件時，也都被“國安”單位拒絕。
7月9日，台“監察院”發現台“總統府”侍衛長陳再福在“3·19槍擊案”發生前15分鍾手機內有查不出聯係對象的通話紀錄。國民黨方麵的“真相調查小組”召集人馬英九表示，這隻是檢警沒有觸及的“冰山一角”。馬英九再次呼籲，由於台“監察院”沒有調查權，隻有“立法”成立“真相調查委員會”，才能還人民真相。馬英九強調，調查結果不見得會對哪一方有利，“立法成立真相調查委員會”也不是為哪一方的利益，而是要讓人民知道真相。
同時，他也表示，他是國民黨的副主席，同時更是台北市“市長”。作為國民黨副主席甚至隻是一名普通國民黨黨員，他能夠理解大家的憤怒，甚至支持抗爭行動。但作為“市長”，他必須將事件牢牢地控製在法律許可的範圍之內，他不能容忍任何超越法律的行為。
有一種分析認為，2004年，連宋之所以敗選，除了陳水扁那兩顆子彈瞬間改變了結果，還有一個非常潛在的原因，那就是馬英九。在選舉之前，無論是國民黨還是親民黨內部，都曾有人無數次試探連戰和宋楚瑜：如果你們當選，是否僅僅隻任一屆？
如果當選，他們自然不會隻任一屆。換個新人上來競選，把握性要小得多，說不準又輸給民進黨了。所以，這一問題，一直沒有得到肯定答複。於是，分析者認為，那些提這一問題的人，其實是在考慮一件事，他們希望馬英九在2008年站出來競選，擔心連宋這一屆當選後，到了2008不肯給馬英九讓路，所以，有許多準備在2008年投給馬英九的選票，不是投給了陳水扁，就是投了棄權票或者廢票。
僅以台北市為例，2000年，連戰和宋楚瑜分別競選，兩人總計得到1264528票，可這次他們在台北隻得到897870票，流失了366658票。這些流失的票中，大多便有一個“馬英九情結”。如果從這種分析上說，因為“馬英九情結”而導致連宋敗選，似乎不是完全沒有道理。但究竟是真是假，誰都無法確定。
“大選”結束後，國民黨黨主席的競選又將拉開帷幕。這次傳出了令人振奮的消息，馬英九將競選國民黨黨主席。
最早透出馬英九將參加黨主席競選消息是在2004年8月。當時，馬英九的父親馬鶴淩作為台灣馬氏宗親會理事長，率領20人的代表團參加馬來西亞的第三屆世界馬氏宗親懇親大會。與會期間，他接受了《南洋商報》記者的采訪。隨後，該報發表了一篇專訪文章，借馬父之口說，馬英九自從出生時起，父親為他確立的人生目標便是將來當“總統”。同時，他又非常擔心兒子麵對許多來自黨內外的阻力，“各方麵對他都不友善，連宋不想放手。”
這席話出來，矛頭直接指向了連戰和宋楚瑜，一時間，輿論大嘩，無論是台灣、香港還是大陸，各大媒體均轉載了這篇文章。
這件事鬧得沸沸揚揚時，馬英九正在美國舊金山為台北市招商，記者們自然不肯放過他，或者打電話，或者通過美國的華文媒體采訪他。馬英九沒料到會鬧出這麽大一件事來，尤其是槍擊案餘波未盡，國民黨內部許多人對馬英九誤會甚深，此時又冒出這麽件新聞，尤其是文中指責連戰宋楚瑜戀棧不肯放手的話，會令很多人反感。
得知此訊後，他立即透過自己在台北的新聞發言人，向社會公開了一份新聞發言稿，表示目前最重要的工作便是將“市政”做好，別的暫時不會考慮。美國的媒體自然不肯放過當麵采訪他的機會，麵對這一問題時，他仍然肯定地說，因為父親不在台灣，而他又在美國，父子間還未能聯係上，具體情況，他不十分清楚。至於他個人的態度，在新聞稿中已經言明，暫時沒有這樣的考慮。
至於選舉方麵，他表示最重要的是年底的“立法委員”選戰，這關係到泛藍陣營是否能繼續扮演忠誠的反對力量，充分發揮製衡效果，否則台灣的民主將成為“跛腳民主”，這對台灣的前途比個人的進退問題更為重要。
因此，他會在這方麵有所側重。
馬英九的此次美國之行，主要是吸引美商來台北投資，他馬不停蹄地走了很多地方，比如前往好萊塢的派拉蒙電影公司邀請他們訪問台灣洽談雙方在電影、媒體等產業合作的可能性等。
8月10日，也就是馬英九在美國接受記者采訪的同一天，馬鶴淩從馬來西亞返回台灣剛下飛機，就被早已經等候在此的記者圍住了。采訪的焦點，自然是他那次和記者的談話，關鍵點，一是“希望兒子選總統”以及“連宋不肯放手”。
馬鶴淩在機場向記者表示，這完全是一場誤會，除非他自己糊塗到“莫名其妙”、“狂妄無知”才會說出那種話。其實，他是說過與連宋放手有關的話題，但意思與報紙刊登的完全不同，他說：“連宋不能放手”，因為此時還在打選舉官司，如果這場官司打贏了，連宋還必須參加重選，根本不存在願不願放手的問題，而是能不能放手的問題。可是，報紙出來的時候，卻變成了“連宋不願放手”，一字之差，意思全變了。由於這一失誤，他當時便致電《南洋商報》，要求他們立即調出當時的采訪錄音核對，但對方說，錄音已經毀了。當他準備登機返回台灣時，報社的總編輯帶著那位記者，專程趕來向他道歉。
即使如此，事情仍然沒有過去，媒體還在大肆炒作此事，民進黨團也趁機打擊馬英九，大做文章。在此情況下，馬鶴淩不得不再一次站出來，就此進行“澄清”。他表示，他去參加馬來西亞的這次馬氏宗親會活動之前，和兒子有過一番談話，馬英九很清楚，這幾年，各地媒體都十分關心他是否競選“總統”一事，他和父親說好，如果有人問起此事，一律不談。
到了馬來西亞，有一位《南洋商報》的記者采訪他，這位記者也是政大畢業的，和他算是校友，而且，看上去很親善，彼此談得很輕鬆懇切。馬鶴淩一時放鬆了警惕，便和他開誠布公地交談起來，有些相對敏感一些的問題，他也作了回應。
這位記者自然不放過有關競選“總統”一事，馬鶴淩隻是回答了四個字“樂觀其成”，但從未說過所謂“從馬英九出生那一刻起，就已定下要兒子當總統的終極目標”等內容。他強調“自己過去從來沒有講過，以後也不會講。”他說，連蔣中正“總統”栽培經國先生、老布什栽培小布什，李光耀栽培李顯龍都不敢說“一定要我的兒子當總統”，他又怎麽會如此表示，除非他是“糊塗、狂妄、無知”的人。其次，所謂“從小便定下當總統的目標”與事實也相差太遠。
事情發生後，家人希望他在國外多玩一段時日，以免回到台灣受媒體圍攻，馬老先生當即向家人表示：“你是對我沒信心？”“你的父親不會說這種話”，他說，他一生坦坦蕩蕩，無不可對人言，這次他沒說錯話，何必躲躲藏藏授人以柄？所以，他按照原定行程，準時返回台北，並且直接麵對記者的采訪。
馬英九的發言人也立即就此表態，在馬英九出生的年代，根本就沒有所謂選“總統”的事。言下之意，當時是蔣介石掌權。“總統”一職，他抓得牢牢的，別人豈能問津？在那種形勢下，其父又怎麽可能以此督促教育兒子？
由此可見，所謂“從馬英九出生那一刻起，就已定下要兒子當總統的終極目標”等語，絕對不可能是馬鶴淩所說。
此事涉及到連戰和宋楚瑜，有關媒體，自然會要求他們表態，連戰的表態十分有趣，他僅僅隻是給了媒體四個字：“風平浪靜”，既公開了國民黨內部對此事的態度，同時也暗示，他本人以及國親聯盟高層，根本就不相信這一切是真的。
