在舊金山建設大型公園的提議最早是在1860年代。1865年，景觀設計師Frederick Law Olmsted 提議在舊金山西部海岸和沙丘上建立一座公園。建設重點是種植樹木和非本地草，以穩定覆蓋公園四分之三的沙丘。該公園於1870年開放。
1890年，John McLaren 成為金門公園的主管。他對金門公園的建設投入了大量的精力，深受舊金山市民的喜愛。他一直住在公園旁，直到96歲才逝世。據說他在金門公園及全美各地共種植了兩百萬棵樹。
1906年舊金山大地震後，金門公園成為許多無家可歸者的避難所，“地震棚”隨處可見。在金門公園地區的26個官方無家可歸者營地中，有21個由美國陸軍管理。
美國陸軍在充滿軍事風格的營地中安置了兩萬人，當中1.6萬人住在要塞（Presidio)內。要塞內有四個主要營地，其中包括一個專門為中國移民提供的營地。盡管住所很簡單，陸軍還是將三千頂帳篷組織成一個幾何網格，並附有街道和地址。“陸軍建造了一個虛擬城鎮，其中有大型住宅營房、（臨時）帳篷式住房、廁所、浴室、洗衣房、和其他服務設施”。
1906年六月，金門公園和要塞的（臨時）帳篷營地被關閉。為了取代這些帳篷，舊金山市建造了更永久的居住區。如前所述，這些地震小屋是為了安置那些在地震和隨後的火災後依然無家可歸的人而建造的。陸軍雇用木匠建造了棚屋，居民以每月兩美元的價格支付了二十五個月的建築費用。
大蕭條時期，舊金山公園和娛樂部門耗盡了公共資金。因此該部門的職責被轉移到工程進展管理局（WPA), 這是一個旨在在1930年代經濟困難期間提供就業和社區改善的政府計劃。在公園內，WPA負責創建植物園、射箭場、和模型遊艇俱樂部等多個特色設施。此外，WPA還重建了整個公園13英裏的道路，並修建了舊金山警察局的馬廄。
自1891年公園委員會購買了一小群野牛以來，金門公園就開始飼養野牛。當時，北美野牛的數量已降至曆史最低點，舊金山成功地實現了圈養繁殖。1899年，公園西部的圍場建成。在高峰期，通過成功的圈養繁殖計劃，金門公園產下了100多頭小牛，幫助維持了北美標誌性的野牛種群數量，這對美洲原住民的文化和生計至關重要。
Spreckels 音樂殿堂，又稱露天音樂台，建於1900年，位於金門公園音樂大廳。它是糖業巨頭Claus Spreckels贈予舊金山的禮物，也是北美最大的露天音樂台之一。
藍鷺湖，原名斯托湖，環繞著著名的草莓山，如今這座島嶼上建有一座電動瀑布。該湖最初以著名的反猶太主義者William Stow的名字命名，他在十九世紀末捐贈了六萬美元建造了這座瀑布。瀑布的水源來自草莓山頂上的一個水庫。水從麋鹿穀湖、南風車、水井、和城市供水係統泵入水庫，使湖泊係統從藍鷺湖向東流動。
人們可以在此租用劃艇和腳踏船。從這座山頂可以看到舊金山西部的大部分地區。其頂部的水庫還為整個城市專用消防栓供水的高壓水管網絡提供水源。當其他水泵停止運行時，湖泊本身也可作為水庫，從中抽水灌溉公園的其餘部分。
兩座橋梁連接內島和周圍的大陸：羅馬橋和石橋（或稱鄉村橋）。石橋是1915年美國默片喜劇短片《許願梅布爾》中的重要背景。
2022年十月，三名舊金山市議員提出一項決議，敦促康樂及公園委員會以William Stow 直言不諱的反猶太主義立場重新命名該湖，這是舊金山灣區多個地標重新命名計劃的一部分。2024年一月，委員會決定將該湖命名為“藍鷺湖”，以紀念在湖邊築巢的藍鷺。
