昆曲經魏良輔的銳意革新，進入蓬勃興盛的時期，劇作家的新作不斷湧現，最著名的就是洪升的《長生殿》和孔尚任的《桃花扇》，稍次的作品但影響也很大的有沈璟的《義俠記》（寫武鬆故事），高濂的《玉簪記》 、周朝俊的《紅梅記》（裴禹與李慧娘的愛情故事和裴禹與盧昭容的婚姻故事）、汪廷納的《獅吼記》、徐複祚的《紅梨記》（敘述才子趙汝舟與名妓謝素秋曲折的愛情故事，是一部喜劇）、李玉的《一捧雪》（寫嚴世蕃豪奪古玩玉杯一捧雪故事，同名京劇即出於此）和《占花魁》（出自馮夢龍《醒世恒言》“賣油郎獨占花魁”）、朱佐朝的《漁家樂》（敷演漢代外戚梁冀陰謀篡位故事）、朱素臣的《十五貫》 、方成培的《雷峰塔》（白蛇故事）等等。戲班競演新劇，蔚然成風。
至清朝中葉，昆曲達到鼎盛。其唱腔優美動人，風靡天下。昆曲已從坐唱的形式發展到舞台表演，產生了更誘人的藝術魅力。表演藝術日趨成熟，身段表情、說白念唱、服裝道具等日益講究，已有老生、小生、外、末、淨、付、醜、旦、貼、老旦等腳色，分工細致，有利於刻畫人物。初期，昆腔班多演出全本傳奇，一本有四、五十出，須兩晚以上或更多時間才能演完。明代末葉，弋陽諸腔的傳奇演出風行南北，以大量新編曆史故事戲及生動的情節，熱烈的場麵吸引廣大觀眾；倚重生、旦格局，講究曲詞典麗的昆山腔傳奇難以匹敵。於是明末清初的藝人通過演出實踐，刪除了一些軟散場子，緊縮凝煉，刪除枝節，節演整本名劇，同時，又從劇中選其特別精彩的一出或數出，加以充實、豐富，使之成為可供獨立演出的短劇，這就是“折子戲”的誕生。加以清康熙時，大興文字獄，在揚州設局修改詞曲，加強對戲曲的控製，追使劇作家的創作遠離現實，造成《長生殿》、《桃花扇》以後優秀劇作的寥落，這也是促成折子戲盛行的原因。乾隆三十五年（1770）由玩花主人編選、錢德蒼續選的折子戲總集《綴白裘》的問世，標誌著昆腔演出全本傳奇時期過渡到演“折子戲”時期。
折子戲以其生動的內容，細致的表演，多樣的藝術風格彌補了當時劇本創作冗長、拖遝、雷同的缺陷，給乾隆、嘉慶年間的昆劇活動帶來了生動活潑的局麵。通過藝人對戲劇人物的精雕細琢，出現了一批生、旦、淨、醜等本行為主的應工戲，如生、旦的《琴挑》 、《斷橋》 、《小宴》 ；旦角的《遊園》 、《驚夢》 、《癡夢》 ；淨角的《山門》 、《嫁妹》 ；付、醜的《狗洞》 、《下山》等，都是觀眾百看不厭的精品。然而單演折子戲也帶來了一些弊病，如造成大量整本傳奇的湮沒，使劇目銳減；表演凝滯，唱做過分持重，束縛了創新；劇目陳舊，缺乏新鮮氣息。加之格律過分謹嚴，文辭古奧典雅。這就使昆劇逐漸脫離大眾，步入蕭條。就在此時，各種地方戲曲形式乘虛而入，紛紛吸收昆曲中的精華而有所更張，揚棄繁瑣的曲牌，新的板腔體係逐漸形成，即所謂“花部”戲曲，並與昆曲展開生死競爭。乾隆末年，昆劇在南方雖仍占優勢，但在北方卻不得不讓位給後來興起的其他聲腔劇種。道光以後，江南的昆劇雖曾在新興的城市上海支撐一時，但到同治末，光緒初，以新鮮、通俗見長的徽班與京班相繼南下，經過一段時期的競爭，昆曲終於不敵對手，處於下風。一度輝煌的昆曲此時在鄉間難有市場，在城市難以支撐。昆曲藝人紛紛改行，昆曲團隊紛紛解散，已到了奄奄一息、日暮途窮的地步。
至光緒年間，昆劇開始沒落。“北京的梨園子弟學戲，在同光年間尚是昆亂並學，到光緒庚子之後，則專學皮黃了”（梅蘭芳）。上海的昆班活動，同光年間以三雅園為主，昆班的力量逐漸分化削弱。光緒十七年起直至民初，以張氏味蓴園（張園）的活動為主，其間曾聘蘇州昆班、寧波昆班來滬演出，但不過是苟延殘喘而已，至此昆班力量全部瓦解。在蘇州，尚存戲園三家，演劇之風比之於乾、嘉間相差甚遠，四大“坐城班”，即“大章”、“大雅”、“全福”、“鴻福”，為了營業不得不跑向江湖、外出謀生。“大章”與“大雅”先期解散，部分演員歸入“鴻福”或“全福”，其餘或轉入京班、或當“拍先”度日。作為昆曲支派的寧昆（浙江寧波）、永昆（浙江溫州）與湘昆（湖南郴州）也先後沒落了。北方的昆劇班社與南方有不同之處，鹹豐以來麵向廣大觀眾的昆班已經絕跡，但在晚清，名公宗室內部私辦的昆弋班社始終不斷。這些班社雖隻在府內演出，但其演員主要來自河北鄉間的農民子弟，在他們影響下，河北農村的昆弋班尚有相當勢力。1915年以後，在梅蘭芳極力提倡昆曲的影響與帶動之下，河北昆弋演員組班到京演出，主要有“榮慶社”、“同和社”、“福壽社”等，後來成為北昆演員的韓世昌、白雲生、侯玉山即出身其中，他們對北昆的發展和延續起到很大的作用。
然而，不少昆曲癡迷者仍留戀著經過數百年錘煉的經典藝術，不甘就此任其沉淪，決心從培養人才入手，爭取讓昆曲東山再起。吳梅是清末民初在昆劇創作和理論研究上最有影響和最有貢獻的作家，對於戲曲教育方麵也卓有成就。重要的蓍作有《顧曲麈談》 、《詞餘講義》 、《中國戲曲概論》 、《南北詞簡譜》等，此外，吳梅也有一些劇作傳世。 昆曲從明萬曆年間風行全國至清末，以清唱為主的“清工”始終不絕。在江蘇、浙江、北京等地，業餘曲社活動極為普遍，如蘇州的“道和”、“振聲”（吳梅主辦），上海的“賡春”、“平聲”等。婁縣（今江蘇昆山）俞宗海（粟廬，1847-1930）是近代葉堂正宗傳人，他先後在蘇滬兩地授曲多年。曲社社友和昆劇藝人之間的關係也很密切，各曲社都聘請藝人拍曲說戲。曲社的活動以清唱為主，但由於個人的長期悉心鑽研表演藝術，一些業餘曲友也躋身昆劇表演藝術家之列，南方有徐淩雲、俞振飛（粟廬之子，1931年登台成為京昆演員），北方有溥侗（號紅豆館主，鹹豐弟弟恭親王奕?的孫子，民國四公子之一，1871-1952）。
1921年，為挽救和延續這一古老劇種的藝術生命,蘇州名曲家張紫東、貝晉眉、徐鏡清，實業家穆藕初，著名人士吳梅、汪鼎丞等人出資在江蘇省蘇州市桃花塢的五畝園，創辦了一所以傳承昆曲藝術為宗旨，專業培養昆劇演員的戲曲科班“昆劇傳習所”.與舊戲班采用收徒授藝的演員培養方式不同，昆劇傳習所是一所新型的學堂式科班。學生們除了學習戲藝，還要學文化，學武術，兼學樂器。聘請的教師都是清代末葉在蘇滬地區享有盛名的“全福班”後期藝人有沈月泉、沈斌泉、吳義生、許彩金、尤彩雲，和學有專長的知名人士。所招收的五十名學生在取藝名時都在姓名中嵌一個“傳”字，按其所習的行當，第三個字的偏旁不同，如旦行用草字頭，淨行用金旁，醜行用水旁，生（末）行用王旁，這就是後來人們所稱的“傳字輩”演員，合肥名門張氏四姐妹元和、允和、兆和、充和中的大姐夫顧傳玠（1910-1966）就是傳字輩的首席小生，四姐妹昆曲造詣都很高，特別是被譽為民國最後才女的小妹張充和，還在耶魯大學教昆曲。“傳字輩”演員學藝五年，學有傳統折子戲四百餘出，其中不少明清傳奇名劇。昆劇傳習所培養學員僅此一期，行當齊全，唱演皆能，實實地為昆曲的傳承和發展培養了整整一代，個個成材的藝術家群體，為昆曲藝術的存亡繼絕保留下了星星火種。至今上海、浙江、江蘇等地活躍在戲曲舞台上的眾多昆劇演員，都是在“傳字輩”藝人的培養下成長起來的新一代藝術家。
抗戰時期，大好河山瘡夷滿目、民生凋疲，昆劇演出團體隻剩下金華地區半職業性的“民生樂社”，以蘇灘藝人朱國梁領導的“國風新型蘇劇團”這個“半付昆班”。國風蘇劇團起初不唱昆曲，但當著名而可憐的昆劇演員王傳淞、周傳瑛先後參加後，劇團中的朱國梁、龔祥甫及張氏三姐妹（張豔雲、張鳳雲、張嫻）開始學習昆曲，成為近代昆劇男女合演的第一輩演員。國風蘇劇團在惡劣的流浪環境中不斷延續昆劇的舞台實踐，同時也隨團培養“世”字輩第一批演員。1949年後，國風蘇劇團在杭州注冊，後更名為“國風昆蘇劇團”。
五十年代，隨著“百花齊放、推陳出新”而進行的戲改政策，流散各地的昆劇藝人陸續吸收到各文藝團體中。北昆演員韓世昌、白雲生、侯永奎、侯玉山等先後參加北京人民藝術劇院，中央實驗歌劇院等團體中任教員或導演。1953年華東戲曲研究院在上海籌備成立昆曲班，學員在1954年春開始正規學藝，由朱傳茗、張傳芳、沈傳芷授課。1954年10月，在上海舉辦第一屆華東區戲曲會演，國風昆蘇劇團攜昆曲劇目參加會演，在上海的“傳”字輩演員也參加了演出。
戲曲會演後，國風昆蘇劇團開始嚐試改編傳統名劇《長生殿》 、《牡丹亭》 、《風箏誤》（李漁的代表作，京劇《鳳還巢》據此改編）等。在洪升逝世二百五十周年的紀念活動中，在杭州和上海公演的《長生殿》引起廣泛的關注。1956年國風劇團的《十五貫》晉京演出，獲得巨大的成功，當時“京華爭說《十五貫》” ，“一出戲救活一個劇種”。《十五貫》的成功，對昆劇界產生了巨大的影響。到1960年，全國演出團體除浙江昆蘇劇團（由國風昆蘇劇團改名）外，還成立了上海青年京昆劇團（以1954年戲曲學校昆劇班同學組成，以俞振飛、言慧珠領導）、北方昆曲劇院、江蘇省蘇昆劇團和郴州專區湘昆劇團。其後，各昆劇團培養了一批新人，如上海的計鎮華、華文漪、梁穀音、蔡正仁、嶽美緹、劉異龍、王芝泉；北京的侯少奎、洪雪飛、蔡瑤銑、馬玉森；浙江的汪世瑜、王世瑤、張世錚、龔世葵、王奉梅、林為林；江蘇的張繼青、石小梅、張繼蝶、林繼凡；湖南的雷子文、張富光等著名演員。
2001年5月18日昆曲被聯合國教科文組織授予“人類口述和非物質遺產代表作”，昆曲被列入世界文化遺產。2003年3月文化部命名昆山市為“中國昆曲之鄉”，使得由“昆山腔—昆曲—昆劇” ，最後確定為“昆曲”的古老藝術形式將得到永久保護。
