公訴機關指控：被告人李寧係中國農業大學教授，擔任中國農業大學農業生物技術國家重點實驗室（以下簡稱中國農大重點實驗室）主任、中國農業大學生物學院李寧課題組（以下簡稱李寧課題組）負責人，還擔任國家科技重大專項課題等多項課題負責人，被告人張磊係中國農大重點實驗室特聘副研究員、科技部多項課題負責人。另外，由李寧、張磊分別擔任總經理、副總經理的北京濟普霖生物技術有限公司（以下簡稱濟普霖公司）、北京濟福霖生物技術有限公司（以下簡稱濟福霖公司）作為其中某些課題的協作單位，也承擔某些課題。被告人李寧夥同張磊利用其管理課題經費的職務便利，采取侵吞、騙取、虛開發票、虛列勞務支出等手段，將37566488.55元的結餘經費非法占為己有。具體犯罪事實如下：
自2008年7月至2012年2月期間，相關課題在研究過程中利用科研經費購買了實驗所需的豬、牛，對出售課題研究過程中淘汰的實驗受體豬、牛、牛奶所得款項，被告人張磊向李寧請示如何處理。李寧指使張磊將該款項交給報賬員歐某甲、謝某甲賬外單獨保管，不要上交。歐某甲、謝某甲遂將該款存入個人銀行卡中，累計金額為人民幣10179201.86元。
2008年8月，被告人張磊向李寧請示：課題經費有結餘，是否可以將這些資金套取出來。李寧表示同意，同時要求聯係可靠的熟悉的大公司進行運作。張磊遂聯係山東科龍畜牧產業有限公司（以下簡稱山東科龍公司）、北京市益德益華科技發展有限公司（以下簡稱益德益華公司）、北京優博基因科技有限公司（以下簡稱優博基因公司）、北京東方泰合科技有限公司（以下簡稱東方泰合公司）等公司，李寧亦聯係遂川嘉裕牧業開發有限公司（以下簡稱遂川嘉裕公司）、江西英雄乳業股份有限公司（以下簡稱英雄乳業公司），商談虛開發票事宜。在上述公司同意並將虛開的發票交給張磊後，張磊指使報賬員歐某甲、謝某甲從結餘的科研經費中予以報銷。至2011年12月，共套取課題結餘科研經費共計人民幣25591919.00元。
