由於當時冷戰開始，加上1950年美國麥卡錫主義盛行，反共思想高漲，而聯邦調查局又從美國共產黨的文件中發現錢學森曾與周恩來特使接觸，以及參加過共產黨外圍組織的一些活動，美方禁止其參加機密工作[24][25]。錢學森無法繼續他的研究。兩星期後錢學森告知學校其去中國探親之意願，學校並無異議且願意配合。但是當時海軍部次長丹·A·金布爾知道後，認為以錢學森涉及美軍機密工作之深，在當時中美蘇關係惡劣狀況之下，應設法勸阻其訪中為宜。聯邦調查局憑錢學森早年參加過的共產黨組織社交餐會出席人士名單，指控他在入籍申請中故意否認曾加入共產黨外圍組織不報。司法部藉“偽證”罪吊銷他的機密工作許可並將他驅逐出境[26]。美國司法部於1950年8月30日起錢學森臨時拘留在特米諾島監獄裏15天[22][27][28][29]。由於加州理工學院的不懈努力和抗爭，錢學森很快被取保候審。為了確保自己人身自由得到合法保障，錢學森重金聘請紐約市辯護律師格蘭特·古柏（Grant Cooper）代表出庭，與美國移民局展開了長達5年的法庭鬥爭[30]。金布爾知道司法部的行動後也表示震驚：“我的意思不是要逮捕他，太可怕了，他不是共產黨，我們不應當監禁他。”[31]“這是這個國家幹過的最蠢的事。他不是共產黨正如我不是共產黨，而我們強迫他離開了。”[注 1]
1951年4月26日，錢學森被禁止離開洛杉磯縣。[32]
錢學森的上訴案件直到1954年才[誰？]被判敗訴。在上訴五年期間，錢學森隻能涉及一些基礎學科的研究與教學。聯調局認為錢學森所知的機密信息五年後就會變得過時而沒有用處，於是將他驅逐出境。而他在這段時間裏完成了工程控製論的研究。錢學森後來幽默地說，“不讓我做研究，我會在這裏（用手指頭）發展”。在中美關係正常化後，錢獲頒傑出校友獎受到加州理工學院邀請。該獎項後於2001年由加州理工學院好友法蘭克·馬波（Frank E. Marble）教授[33]及夫人送達錢學森家中（馬波教授於1955年錢學森離美時親自去洛杉磯港口送行，而錢也在離開美國的時候發誓再也不來美國）
