1924年
12月04日上午11點30分左右，孫中山由日本返抵天津。
拜訪完張作霖，回到下榻的張園行轅後，出現發燒及肝區疼痛症狀，前往診視的醫生以感冒醫治，在病情無改善下，隨行人員建議孫中山返回北京療養。
12月31日下午4時，孫中山返抵北京前門車站。
1925年
1月20日住在北京飯店的孫中山，高燒不退，飲食困難，由德國醫院派何芬護士負責照護。
孫中山醫療團隊中的德國醫生，建議其住進東交民巷的德國醫院接受治療，孫中山以「東交民巷是租界，我不去！」為由，予以婉拒。
1月26日下午3點，因病況嚴重，由擔架將孫中山「北京協和醫院」，並立即安排手術。
耗時25分鍾的手術，由外科主任泰勒醫生主刀，發現整個肝髒表麵、大網膜和大小腸麵上，長滿大小不等的黃白色硬結節，腹膜腔的內髒器官，都粘在一起了。
病理學家胡正祥就取出的肝髒組織做病理檢查，診斷為「肝癌」。
手術後，孫中山於301號病房休養。
醫院為肝癌末期的孫中山施以鐳錠治療，以期減緩癌細胞擴散。同時孫中山亦服用中藥。
2月03日 協和醫院代院長劉瑞恒醫生與克禮醫生（德）、泰爾醫生（美）一起，將病情真相告訴了孫中山。
2月17日 發出病危通知書。
2月18日 孫中山認為，用鐳錠治療40多個小時後，病況並無起色，且，住院接受西醫診治，卻又私自服用中藥，是不以誠待人的行為，故，決定出院，入住北京鐵獅子胡同5號行轅，接受中醫治療。
2月20日 因病況危急，相關人士推派代表至孫中山病榻，拿出筆記者署名汪精衛，預先擬妥之遺書稿兩份，一份是國事，世人熟知的《總理遺訓》，一份屬家事，均由汪精衛念給臥床的孫中山聽。
兩份稿子，孫中山都滿意，正待簽字時，據說，因聽聞宋慶齡在門外的哭聲，而暫緩擱置。
2月26日 停止服用中藥，改回西醫治療
3月11日 孫中山在兩份遺囑上簽了字，並親訴遺言——最後六個字就是「和平、奮鬥、救中國」。
3月12日據侍從副官李榮所寫《總理病前後》記載：「晨一時，即噤口不能言。四時三十分，僅呼『達齡』一聲，六時三十分，又呼『精衛』一聲。延至上午九時三十分，一代偉人，魂歸天國。」。
孫中山於北京鐵獅子胡同5號行轅的西院二進院的正房逝世。
當日遺體即被移至北京協和醫院，由該院解剖係外籍講師Stevenson Pall，依孫中山「保存遺體」的遺願，負責進行遺體防腐處理。
3月13日由協和醫院病理係主任James R.Cash負責遺體解剖，但僅針對病因所在的胸腔和腹腔的器官，進行病理分析，其餘器官則由醫院焚化爐火化。
孫生前的檢查報告，病因是大家所熟知的肝癌；但驗屍的結果卻是「膽囊腺癌」。
協和醫院「病案科」裏，編號9954，上麵名字寫的是「孫逸仙」，內含一張肝髒標本照，兩張病理組織切片照片以及共13頁的部份英文驗屍報告（中國曆史博物館的技術人員曾針對紙張仔細鑒定），報告內容是這樣描述的「膽囊管梗塞；腫瘤直接侵犯肝髒及橫膈，廣泛播散至雙肺、腹膜、空腸及結腸腸壁，導致結腸多處狹窄。而且有慢性膽囊炎、膽囊結石，全身動脈中度粥樣硬化…」；協和醫院於是憑此以認定，孫中山的死因應是「膽囊腺癌晚期、癌細胞廣泛移植」
3月15日大殮時，肝髒已浸泡在裝有福馬林藥水的大玻璃瓶裏。
3月19日孫中山靈柩移往北京中央公園「社稷壇」（現為中山公園）。
1929年
5月26日孫中山靈柩開始移靈至南京。
5月28～31日舉行公祭。
6月01日奉安南京中山陵，其肝髒則仍保存於北京協和醫院。
1940年
4月01日蔣介石領導的國民政府明令，尊稱孫中山為中華民國國父。（不是中華人民共和國國父，中華人民共和國人民是第一位的，沒有國父國母國丈國舅這些稱呼）
1941年
12月太平洋戰爭爆發後，侵華日軍占領美國在華資產，進駐美國洛克菲勒基金會於1921年創辦的北京協和醫院。
1942年
3月02日（可能的日期），日軍平井、鈴木、鬆橋寶等三人，到協和醫院「病案科」，查看所有中國軍政要員的病曆後，以「借閱」之名，由醫院圖書館人員趙亭範手中，取走了孫中山的臨床病曆資料。
北京協和醫院存放檔案的地方有兩處，「病理科——存放病理檢查與屍檢報告」和「病案科——存放病曆」。現存編號9954的複印本是驗屍報告，最先存放於病理科，後來才歸檔到病案科。原本孫逸仙的病案袋裏，隻剩一張署名鬆橋寶（日本醫務官）的借據，相關所有，全部失蹤。
至於遺髒，仍留在醫院，被日軍嚴密「保護」。
3月20日北平各大報紙發布了一則新聞「侵華日軍在協和醫院發現了國父孫中山的肝髒標本和相關病理檔案。」。
3月25日南京「汪偽政府」的汪精衛，立即派外交部長，同時也是其連襟的褚民誼，到北平與日本駐華日軍最高指揮官，陸軍大將「岡村寧次」交涉迎回中山先生的遺髒，達成協議。
汪偽政府特別此次行動定名為《總理遺髒進京安放典禮》。
3月27日 褚民誼到北京協和醫院，將孫中山的遺髒取出，帶往天津。
3月28日 《中華社消息》報導：中國國民黨總理孫中山靈髒，由友軍根據道藏精神，移交國府後，昨日（二十七日）上午九時，經國府委員兼外交部長褚民誼氏，奉移至津，轉道南下…（此處友軍指日軍，國府指的是汪精衛的國民政府）
中國第二曆史檔案館研究院郭必強回憶：當時日本人拍攝了一部影片，音樂是櫻花小調，（孫中山肝髒）標本上放的不是中國傳統梅花和菊花，而是櫻花，迎接官員有日本人，恰恰給這次活動（注上了）另外一個解釋。
3月29日 褚民誼抵達南京浦口，汪精衛乘《江綏號》軍艦前往迎接，隨即共赴中山陵園，將肝髒標本暫時供奉於孫中山的靈櫬後麵。病理檔案、切片和照片等，以「醫學研究」名義，獲汪精衛同意後，全部轉給上海鐳錠醫院湯齊平醫生。
1944年
11月10日汪精衛去世。
汪精衛生前把「南京中山陵管理機構」改組成「國父陵園管理委員會」，擁有管理全權的主委褚民誼，1945年抗戰勝利前，秘密地將遺髒移至蘇州親戚家藏放，褚民誼成了掌握孫中山肝髒標本下落的唯一一人。
1945年
10月14日曾接受日本天皇授予一等旭日大綬章、汪偽政權第四號人物的漢奸褚民誼，在廣州被軍統局誘捕成功。
1946年
4月22日江蘇省高等法院刑事第一庭開庭，審判長孫鴻霖宣讀《民國35年特字第408號》判決：「被告褚民誼因漢奸案件，經本院檢察官起訴，本院判決如下：褚民誼通謀敵國，圖謀反抗本國，處死刑。褫奪公權終身。全部財產，除酌留家屬必須生活費外，沒收！」。
當庭，褚民誼即高喊：「你們不能殺我，我手中藏有國父孫中山的肝髒標本和其他國寶級檔案（《孫文學說》及《建國大綱》的底稿），隻有赦免我的死罪才能交出來。」。
當初，國民黨可是公告天下，總理遺髒經火化，已隨遺體入殮了，如今卻成為褚民誼用做要脅之物，所以蔣介石相當震怒，令軍統局局長毛人鳳，派葉翔之和沈醉提審褚民誼後，從其親戚家中，取回了孫中山的肝髒標本，經醫學專家鑒定真實後，帶往重慶。
5月22日軍統局的鄭介民上書蔣介石報告，已從上海協和醫院湯齊平醫生處，取回肝髒切片。
5月29日，對褚民誼漢奸案，南京最高法院特種刑事案做出「原判決核準」裁決；
6月24日，江蘇高等法院亦做出維持死刑原判的裁決。於是，原想以遺髒交換減刑的褚民誼，打錯如意算盤，在蘇州獅子口第三監獄的刑場被槍決。
1947年後
蔣介石雖然將追回的遺髒，交予「中山陵管理委員會」負責保管，但時值戰爭期間，戰事頻頻，孫中山的遺髒，不知何故，失了蹤影。
有人說，遺髒由孫中山的長子孫科帶到了台灣，可是，有什麽理由會讓孫科要隱瞞呢？
X光片的結局
北京協和醫院病案科主任劉愛民回憶，1975年左右，和一群年青人被派去整理醫院裏陳年的放射科X光片（把片子撤出來送去煉銀，封套留下來做病案的封麵）。他說：「幹著幹著，我抽出一張，我會羅馬拚音啊，拚出那名字是「孫逸仙」，我叫出來：這是孫中山的片子！大家都別動，千萬別動！」；他將共十幾張的X光片置於桌上：「但是我那時候二十五六歲，人微言輕，而且當時大家都幹瘋了。等到後來一找，那些片子都沒了。該是混到其他片子一起了，從1921年開始的山一樣的放射片子啊，找也沒法找」。
懸…疑…！問號塞爆腦袋，相信有許多許多許多人，也是有滿腦子的？？？
一、協和醫院做完驗屍後，保留了孫中山的肝髒，卻不告知宋慶齡，為什麽？
二、在國民黨昭告天下，遺髒已火化，隨遺體入斂後，協和醫院仍不吭聲，行徑怪異，為什麽？
三、對協和醫院的私藏行為，沒有任何的批判言論，想不透的奇怪。
四、當遺髒事件爆發後，協和醫院沒否認製作過肝髒標本，但也從未對大眾做解釋，媒體怎不追根究底呢？
五、肝髒標本保存於醫院多年，被日軍發現，經報紙報導，外界始得知遺髒尚在的真相，很奇怪，天大的大事，經手遺髒處理與歸檔的相關人等，怎會沒人向外界報料？
懸…疑…！可有水落石出的一天？也許是一個永世的世紀之謎。
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