1957年反右運動期間,他曾參與批鬥右派分子。1964年,北大社會主義教育運動中,同部分教職員工和學生一起反對北大校長陸平。1965年秋,在京郊南口村任該村社教隊副隊長,分管整黨工作。[10]
1966年文革初期,季羨林屬於逍遙派。1967年夏秋之交,加入周培源等為首的北大造反派組織井岡山兵團,反對聶元梓新北大公社,被推選為東語係勤務員。