機關黨委和各部和各機構黨委（黨組）不要混淆了。

比如中直機關黨委，國務院機關黨委，就是一個普通過黨員過黨組生活的一個組織，性質單純。正如你所說的，它不能指揮總理或部長，兩者之間沒有從屬關係。但是各部都有一個黨委，這個是這個機構的最高的正式管理架構。叫黨委委員，常委，書記，副書記。在國務院部委直屬局的機構裏，通常叫黨組，黨組成員，書記。是各部委的最高領導機構。