您好！這是一個非常具體且很好的問題，涉及到中國農村土地製度的核心變遷。
答案是：是的，在九十年代，上海農村仍然有屬於集體的耕地，並且也存在少量沒有分包到戶、而直接由集體經營的土地。
下麵我為您詳細解釋一下這種情況的背景和具體形式：
1. 土地所有權：毫無疑問屬於集體
首先，最根本的一點是，根據中國憲法和《土地管理法》，所有農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬於國家所有的以外，屬於集體所有。這個原則在整個九十年代以及今天都沒有改變。
因此，上海農村所有的耕地，其所有權都歸屬於村集體（可能是村、村民小組/生產隊）。農民擁有的是土地的“承包經營權”，而不是所有權。所以，從所有權角度看，所有耕地都是“屬於集體的”。
2. 土地經營方式：以家庭承包為主，但存在集體統一經營
九十年代的中國農村，普遍實行的是“統分結合的雙層經營體製”。這個體製包含兩個層麵：
3. 哪些土地可能由集體直接經營？
在九十年代的上海農村，沒有分包下去、由集體直接經營的土地主要包括以下幾種情況：
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機動地：村集體在最初分包時，通常會預留一小部分耕地（一般不超過總麵積的5%）作為“機動地”，用於應對未來人口變動（如新生兒、婚嫁遷入等）所需的土地調整。在調整之前，這些機動地往往由集體統一經營或短期發包。
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難以分割的資產：例如一些村辦的農場、果園、魚塘、養殖場、苗圃等。這些資產需要規模化、專業化經營，分割給單個農戶不現實，因此常常由村集體經濟組織（如農工商聯合公司）直接經營，村民可以入股或在其中工作。
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鄉鎮企業和工業園區的用地：九十年代是上海鄉鎮企業（蘇南模式）大發展的時期。村集體為了發展集體經濟，會集中一部分土地興辦工廠或建立工業開發區。這些土地的性質可能仍然是集體建設用地或耕地（但辦理了轉用手續），其經營由村集體主導。
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為提供公共服務而保留的土地：例如集體使用的打穀場、倉庫、農機站、水利設施等占用的土地。
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“兩田製”下的“責任田”：在九十年代前期，一些地方推行過“兩田製”（口糧田和責任田）。口糧田按人頭分包，保障基本生活；責任田則相對集中，由集體招標承包，適度規模經營，承包費作為集體收入。上海郊區作為經濟發達地區，這種模式有一定程度的探索。
上海地區的特殊性
上海作為中國最發達的城市之一，其農村情況有其特點：
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集體經濟實力較強：上海的村集體往往有較強的經濟實力和組織能力，來自鄉鎮企業的收入較多，因此更有能力去直接經營一些項目，而不是單純地將所有土地一分了之。
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城市化進程快：九十年代浦東開發開放帶動了整個上海的高速發展，城鄉結合部地區征地現象非常普遍。集體經營的土地可能很快被征用轉為國有建設用地。
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規模經營探索早：由於靠近大城市，市場需求旺盛，上海郊區在發展高效農業、觀光農業、規模經營方麵走在全國前列，這需要集體層麵進行更多的規劃和統一運作。
總結
總而言之，在九十年代的上海農村：
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所有權：所有耕地法律上的所有者都是農村集體經濟組織。
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經營權：絕大部分耕地已經以家庭承包的方式分包給了農戶。
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例外情況：確實存在一小部分土地沒有分包到戶，而是由集體直接統一經營。這些土地主要包括機動地、村辦農場、魚塘、工業用地以及為公共服務預留的土地等。
因此，您的問題的答案是肯定的。集體耕地和集體直接經營的土地在九十年代的上海農村是並存的，後者雖是少數，但卻是“統分結合的雙層經營體製”中“統”的重要組成部分。
