(劉錦棠將軍）
在太平天國暴亂煽動和影響下，以馬化龍為首的陝西，甘肅等地回民趁機相繼暴亂，屠殺老幼婦孺。 1867年（同治六年），清廷以左宗棠為欽差大臣督辦陝甘軍務，率兵鎮壓回民軍。
1869年6月，清軍兵鋒直指回民軍的重要基地金積堡（金積鎮）。左宗棠以劉鬆山老湘軍為主力，對金積堡地區發起猛烈進攻。由於回民軍積極防禦作戰，清軍糧運不繼，進展緩慢。
1870年2月14日，老湘軍統領劉鬆山陣亡，清軍士氣大挫。為了應付危局，左宗棠起用當時任老湘軍營務總理的劉錦棠代理統領。並提出了“堅守”與“退屯”兩種方案供其選擇。劉錦棠審時度勢，認為“堅守”、“退屯”均不可取，力主繼續進攻。他向左宗棠建議說：“吾軍深入乏食，不力戰，賊即乘我，靈州旦暮失，大局不可支矣”（何維樸：《劉襄勤史傳稿》，第3頁），“必戳力致死，而後軍可全。”這一意見得到了左宗棠的讚同。為了激勵士氣，劉錦棠召集部將鼓動說：我軍功在垂成之際，不幸將亡師敗。各位都是跟隨我叔父多年的老將，難道忍心就此罷兵嗎！統一將領們的思想後，他又將劉鬆山的靈柩放在軍營之中，激發起大家的複仇之心，繼續向金積堡地區進攻。
甘肅寧夏府吳忠縣的金積堡位於靈州西南50裏，東通花馬池南通固原，西枕黃河。堡外有兩個險要的地方，一是西麵的峽口，它是黃河青銅峽的峽口，又是控製流經金積堡的秦渠和漢渠的進水口，二是東麵的永寧洞，它是山水河通過秦渠涵洞的地方，也是控製秦、漢二渠的出水口。為了搶占有利地形，劉鬆山曾集中兵力攻下了這兩個軍事要點，但峽口不久又被亂匪奪回，清軍陷入了將被回軍水淹的不利境地。為了扭轉這一態勢，劉錦棠首先加強了糧道防護和對永寧洞的防守，接著率兵攻占了靈州至吳忠堡之間的各堡寨，為攻取金積堡打開了通路。對劉錦棠的這些部署與戰果，左宗棠很滿意，上奏清廷，“薦其才可大用”。清廷立即下旨，加封劉錦棠三品卿銜，令其正式統領老湘軍。，
為了抵禦劉錦棠的進攻，馬化龍依托秦、漢二渠挖壕築牆，修堡建壘，使金積堡內外牆壁縱橫，堡壘環列，渠水環複，易守難攻，還相繼掘開了秦渠、板橋堰和山水河，使清軍營地陷入一片水泊之中。麵對這些困難，劉錦棠毫不畏懼。他身先士卒，往來於爛泥之中，率領老湘軍逐次進攻，步步為營，苦戰數月，終於攻占了金積堡外圍各堡寨，開始轉入對金積堡的進攻。金積堡修築得十分堅固，堡牆高4丈，厚3丈，周長9裏，堡中有堡，防守十分嚴密。劉錦棠則以深溝高壘圍困。他令清軍環堡挖了兩道深1丈寬3丈的長壕，壕邊築起高約丈餘的圍牆，切斷金積堡與外界的聯係。與此同時，還築成幾座炮台，居高臨下，不斷向堡中轟擊。終於迫使馬化龍於1871年1月6日到清營投降，遂占金積堡。3月2日，按照左宗棠的指令，劉錦棠處死了馬化龍父子及1800多名回軍將士。劉錦棠也因戰功而得到了雲騎尉的世職。
1871年夏，劉錦棠護送劉鬆山靈柩回湖南安葬，並在湖南招募士兵。
平定西寧
1872年，劉錦棠率領18營老湘軍進攻馬桂源和馬本源領導的西寧回民軍。由於回民軍從湟中大峽口到小峽口的八十餘裏間設置堡壘、綿延不絕，作戰難度極大。9至10月，劉錦棠率部斬關而進，前後兩個多月，血戰50餘次，才攻占峽口隘路，兵臨城下。11月19日，二馬從西寧逃走；次日，劉錦棠率軍進駐西寧。1873年3月，馬桂源等人在蘭州被處死。 [6]
克複肅州
1873年10月底，劉錦棠又奉命率5營人馬參加攻打肅州（今甘肅酒泉）。他利用義軍降將喊話誘降，守城義軍首領馬文祿於11月4日開城繳械。隨著肅州被攻克，陝甘回亂平定。 左宗棠曆數部將鎮壓陝甘回民起義軍的戰功，將劉錦棠排居第一。清廷依此擢升他署甘肅西寧道。
1874年，河州又發生動亂，劉錦棠會同諸軍將之平定。
收複新疆
北疆作戰
從1875年（光緒元年）春開始，劉錦棠駐紮涼州（今武威），積極整軍備戰，將55營老湘軍精簡成25營，並結合新疆的敵情與地理特點，進行了一年多的作戰訓練，為收複新疆準備了一支勁旅。1875年5月3日，清廷任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。左宗棠於9月24日向清廷推薦他認為“英銳果敏、才氣無雙、誌慮忠純”的劉錦棠為前敵指揮，總理行營事務，很快得到了清廷的批準。
1876年4月26日，劉錦棠在肅州統率25營老湘軍分批經過千裏戈壁，向北疆進軍。他依據左宗棠“緩進急戰”的戰略方針，決定在“新穀遍野、有糧可因”的新秋之際發起北疆作戰。7月下旬，會合先期進疆停駐於濟木薩（今吉木薩爾）的金順部39營人馬，首先進占阜康，準備攻打古牧地（今米泉），撤除烏魯木齊的屏障。
防守烏魯本齊地區的有投降阿古柏的馬人得、白彥虎等部2萬多人，其中6000多人駐守古牧地。從阜康到古牧地有兩條道路，一是途經戈壁、缺乏水源、無敵軍防守的大道，一是途經黃田，水源充足、但有重兵防守的小路。敵軍意在迫使清軍走大道，過戈壁，陷入人馬渴乏的困境。劉錦棠將計就計，8月8日，派出部隊掘井挖渠，開溝引水，擺出要走大道的架勢。10日夜晚，突然率領精銳部隊，從小路進擊，當夜奪取黃田，第二天進圍古牧地。他令炮隊在城外修築炮台，用開花大炮把城牆轟塌了幾個缺口，令突擊隊從缺口搶攻入城，於17日占領古牧地，全殲守敵。
攻取古牧地時，劉錦棠從繳獲的信中獲悉烏魯木齊防守乏人，南疆阿古柏韻援兵也難迅速到來。於是，立即決定乘虛蹈隙，除留兩營兵力防守古牧地外，大隊人馬星夜向烏魯木齊疾進。次日黎明，部隊抵達烏魯木齊外圍，炮隊在六道灣的山梁上架炮向城裏射擊。馬人得、白彥虎沒有料到清軍如此神速，炮聲一響，便棄城南逃。
收複烏魯木齊之後，劉錦棠令金順率部西攻昌吉、呼圖壁和瑪納斯，自率老湘軍清剿殘敵，準備南進。不料瑪納斯南城之敵負隅頑抗，金順部清軍久攻不克。劉錦棠又派羅長祜率領11營老湘軍馳援。這時大雪開始封山，劉錦棠遵照左宗棠的意見，進行整軍備戰，準備來年春天舉兵南進。劉錦棠因戰功獲得騎都尉世職。 [10]
打開南疆
阿古柏得知烏魯木齊失守的消息後，從喀什噶爾（今喀什）趕到托克遜部署防禦。他派心腹艾克木汗率步騎8500人和馬人得、白彥虎殘部，以及1萬民團守吐魯番，令其大總管愛伊德爾呼裏率步騎4400人守達阪城，並在東西天山隘口之間築起了一座新城；令其次子海古拉率步騎6000人守托克遜。三城互為犄角，妄圖阻止清軍南下。
1877年4月上旬，劉錦棠按照左宗棠三路並進的部署，與張曜，徐占彪約期進發。14日，劉錦棠率領31營人馬（新補充了炮騎各3營），從烏魯木齊南下，於16日夜晚包圍達阪城，直至次日淩晨城中守敵才發現。天亮後，劉錦棠環城偵察敵情，坐騎中彈倒地，他易馬而前。摸清城防概況後，命令各營環城挖壕築壘，嚴密鎖圍。同時構築炮台，準備強攻。當清軍兩次擊退海古拉派來的援兵之後，愛伊德爾呼裏盼援無望，便準備突圍南逃。劉錦棠命令夜間遍燃火把，密切監視。 19日晚，城東炮台築成，他當即下令以開花大炮向城內轟擊。由於彈藥庫中炮爆炸，加之大風驟起，烈火燃遍全城。守敵驚潰，四散奔逃。劉錦棠一麵指揮各營截擊，一麵發動喊話勸降。在軍政攻勢下，守敵頭目紛紛投降，愛伊德爾呼裏也被活捉，打了一個漂亮的殲滅戰。對於大批俘虜，劉錦棠遵左宗棠之囑，實行寬待政策，凡是新疆平民，不論哪個民族，全部釋放回家，並發給衣糧。其他俘虜，願留者留，願走者走。在這一政策的感召下，愛伊德爾呼裏主動給阿古柏寫了勸降信。在整個進軍南疆的過程中，劉錦棠始終實行了寬待俘虜的政策，對分化瓦解敵人起了重要作用。
攻占達阪城後，劉錦棠分派羅長祜率步騎6營與張曜、徐占彪兩路人馬於26日攻取了吐魯番。自率騎兵於同日趕到托克遜，截住準備南逃的敵軍。經過激戰，除海古拉率2000多人逃脫之外，殲敵4000餘人。至此，曆時不到半月，勝利地結束了攻占三城的戰役。
進軍南疆
占領托克遜後，劉錦棠決定待秋糧采運充足之後再行南進。在此期間，敵情發生了重大變化。5月29日，阿古柏患中風而死（又有被部下打死、毒殺或服毒自盡等說 ）。海古拉攜其屍南返時，被其長兄伯克胡裏所殺。艾克木汗在庫爾勒自稱為“汗”，又被伯克胡裏敗於阿克蘇，遂率殘部逃入俄境。伯克胡裏繼承了阿古柏的汗位後，除留部分人馬防守東四城外，自率主力退保西四城。
依據南疆八城的地理和敵軍分布情況，劉錦棠把進軍南疆的部隊分成兩個梯隊：以老湘軍為第一梯隊，專門“主戰”，以張曜部為第二梯隊，“且戰且防”。9月 27日，劉錦棠率領第一梯隊32營先期出發，10月2日進抵曲惠。為了消滅逃至庫爾勒觀望動靜的白彥虎，他兵分兩路，令餘虎恩，黃萬鵬率馬步14營，取道烏什塔拉，沿博斯騰湖南岸進攻庫爾勒側背；自率主力沿大路過開都河，從正麵進搗庫爾勒。9日，兩路人馬會師庫爾勒時，白彥虎已西逃庫車。針對白彥虎長於流竄的特點，劉錦棠斷然決定親率精騎1000、健卒1500先行追擊，令羅長祜領大隊人馬隨後跟進。在劉錦棠的帶領下，先行部隊從庫爾勒啟程後，三晝夜疾馳400多裏，15日追到布古爾（今輪台）時，擊潰敵騎千餘。18日追到庫車城外時，又斃敵千餘。22日終於在銅廠和木雜喇特河（今木紮提河）追上逃敵，經過激戰，消滅一部，餘敵繼續西逃。24日追到阿克蘇城外時，當地維吾爾族人民已自動占領該城“以待官軍”。這時，白彥虎部經烏什逃向喀什噶爾，伯克胡裏留守東四城的殘部則逃向葉爾羌。
對於劉錦棠指揮的這一階段作戰，左宗棠十分滿意地讚揚說：“三旬之間，迅掃賊氛，窮追三千裏，收複東四城，殲敵數千，追回難民數十萬，決機神速，古近以來，實罕其比。”（《左文襄公全集·劄件》，嶽麓書社1986年版，413頁）
東四城克複之際，原來投降阿古柏的和闐頭目尼牙斯反正，主動率兵圍攻葉爾羌以策應清軍。叛國降敵的前喀什噶爾守備何步雲也反正，率領原部占據了喀什噶爾漢城，因力單難支，派人到阿克蘇向劉錦棠乞援。在這種情況下，劉錦棠毅然決定改變原定首先攻占葉爾羌的計劃，不待第二梯隊抵達阿克蘇，不顧長途追擊作戰的疲憊，馬上進軍喀什噶爾。他令餘虎恩率5營人馬取道巴爾楚克（今巴楚東）、瑪納爾巴什，進攻喀什噶爾；令黃萬鵬率步騎9營取道布魯特遊牧地，疾指喀什噶爾，自率主力進駐巴爾楚克，居中策應。12月17日晚，餘、黃兩部兵臨喀什噶爾城下，當晚將回城克複，伯克胡裏和白彥虎分率殘部逃入俄境。21日，劉錦棠進取葉爾羌，24日占領英吉沙爾，董福祥於次年1月2日進占和闐。一月之內，清軍馳驅2000多裏，奪取西四城，勝利收複了南疆。
捷報傳到肅州大營，左宗棠稱讚劉錦棠的指揮道：“籌策之周，赴機之速，古今未嚐有也”，“大軍西征，如飛如翰，自秋徂冬，挈回疆全境還隸職方，即勞烈而論，已足光垂史牒。若夫功成迅速，則實古今罕見之事。”（《左宗棠全集·劄件》，嶽麓書社1986年版，420頁）清廷也高度評價劉錦棠“智勇深沉，出奇製勝，用能功宣絕域，（《左文襄公全集·奏稿》五十二卷，第49頁），將其晉為二等男爵, 5月晉太常寺卿，8月授通政使司通政使。
善後工作
新疆初複，城池殘破，官無衙署，民無居室，渠道淹廢，田園荒蕪。劉錦棠從東到西、從南到北，目睹了這—慘景。他在新疆所做的 第—件事，就是設立善後局，處理善後事宜。
南疆的善後工作，都由劉錦棠一路收複，—路設局經理。當時軍隊裏幕僚人員很多，善後局主要由這些人來經辦。善後局的重要任務之一，便是招集流寓失所的農民，將被阿古柏匪徒脅行的人民遣返原籍，貸給籽種，使能夠迅速恢複生產。新疆幹旱少雨，農業生產全賴引水灌溉。為此，又仿行以工代賑的方法，每日發給口糧，組織剛剛返回原籍的農民修複渠道、坎兒井。清軍官兵也被派去參加興修農田設施的勞動。這些措施，保證了南疆各地農業生產的恢複。人們衣食有了著落，社會也就日趨安定了。
追擊漏網之魚
伯克胡裏和白彥虎漏網逃入俄境，劉錦棠“常引為大恨”。為此，他注重邊防卡倫建設，加強了對殘敵竄犯的戒備。
1878年9月，白彥虎派其心腹金山率幾百人馬，侵入阿克蘇以西邊境。27日，劉錦棠率騎兵900，步兵300，從喀什噶爾出發，沿邊境急馳，截住該敵，活捉金山，全殲所部。
12月上旬，伯克胡裏派其親信頭目阿裏達什率480餘人侵入喀什噶爾西部邊境。劉錦棠認為，阿古柏殘部屢次回竄，“名為該部尋仇，實由俄回嗾使”，“必大加懲創，方免頻來擾邊。”（《劉襄勤公奏稿》卷七）9日夜，劉錦棠親率騎兵900，步兵1100人，兵分三路，在當地布魯特人的協助下，全殲了這股敵軍，擊斃了阿裏達什。
1879年初，原阿古柏部將艾克木汗勾結布魯特頭目阿布都勒哈瑪，聚集了2300多人來犯，侵擾到離喀什噶爾隻有200多裏的博斯塘特勒克一帶。劉錦棠出動4000多人馬，兵分三路，乘艾克木汗襲擊清軍營寨之機，設伏於博斯塘特勒克山穀內外，誘其入伏，四麵包圍，除艾克木汗與阿布都勒哈瑪領100餘騎逃脫以外，其餘全部被殲。
9月上旬，艾克木汗和阿布都勒哈瑪又糾集2000多人馬，“聲言奉俄國號令，攻取喀，英各城”（《新疆圖誌》卷九十七，《奏議》七），經喀什噶爾以西 700餘裏的烏什恰提卡倫，兵臨色勒庫爾（今塔什庫爾幹塔吉克自治縣）城下，企圖先占該城作為立足之地，劉錦棠聞訊，親率馬步2000，攜帶幹糧，經英吉沙爾，取道荒無人跡的岩壑山路，晝夜兼程向色勒庫爾疾進。艾克木汗得知清軍大隊來援，便撤離色勒庫爾向北逃竄。劉錦棠立即改道向北，鑿冰為道，冒險翻越終年積冰的卡拉塔什達阪，以4晝夜馳800裏的速度，終於追上逃敵，將其全部殲滅。
左宗棠評價劉錦棠殲滅竄犯殘敵的作戰指揮道：“用兵不越旬時，渠目幾無漏網，而內地各城，安堵如故，雞犬無驚者，則審機之明，赴機之速，有以致之。” （《新疆圖誌》卷九十七，《奏議》七）
1880年3月，清廷任命劉錦棠幫辦新疆軍務。他為配合左宗棠準備武力收複伊犁而積極備戰。8月，左宗棠奉召回京，劉錦棠接任欽差大臣督辦新疆軍務。
任職新疆巡撫
1882年，清朝正式收回伊犁，劉錦棠請求將新疆設為省，設巡撫、布政使，道、府、州、縣都比照內地予以設置。同時，他在新疆整修道路、城鎮，設置學校、驛傳，興修水利，廣興屯田 [16]
1883年，劉錦棠被擢升為兵部右侍郎，加尚書銜。
這時的劉錦棠已是獨當一麵的封疆大吏，然而，他對升官晉爵不感興趣，伊犁收複以後，多次以祖母老病和自己患腳疾為由，申請開缺回鄉，但是，當一聽說法國侵略軍占領越南襲擊諒山，威脅廣西、雲南的消息後，“不禁積憤填胸”，乃於1884年8月21日上了一道《請率師與法夷決戰折》，“請旨率師東下，與之決戰，以紆積憤”，並且表示，“臣之腳疾雖迄未痊，而當國家有急，當奮不顧身。”（《劉襄勤公奏稿》，卷七）他在奏折中分析了敵我雙方的力量對比，認為隻要堅決抵抗，無論陸戰、海戰，都有取勝把握，要求準其自募6000人東下赴越，抗擊法寇。可惜清廷妥協方針已定，拒絕了劉錦棠的請求。9月13日，劉錦棠又上奏請戰，再次要求奔赴抗法前線，並且說明並非邀功請賞，隻是為了報效國家。清廷又未準允。
1884年11月，新疆設省，劉錦棠任新疆巡撫，又授兵部尚書銜，仍擔任欽差之職. 在此期間，他改革新疆原軍府製，在建省過程中，將征兵逐步改為防軍，規劃，建設了全疆的邊防，為鞏固西北邊疆做了大量有益的工作。
1887年，劉錦棠獲準回鄉省親，沿途百姓熱情迎送，常常數日不能前進。
1889年，劉錦棠加太子少保銜。
抱病而亡
1890年2月6日，清廷晉劉錦棠為太子太保; 5月，他再次回湘省親。9月2日，劉錦棠從湖南上奏申請開缺養病。此後他一直在籍休養。
1894年，劉錦棠晉封一等男爵。這時中日戰爭一觸即發。清廷想起這位智勇雙全的戰將，7月令湖廣總督張之洞前往湘鄉傳旨，令其召集舊部速赴遼東。為了抗擊日寇，劉錦棠抱病啟程，剛到湘鄉縣城，忽患中風，左體偏癱，8月去世。清廷賜諡襄勤，並予建祠。 [20]
新疆各族人民對劉錦棠堅決保衛新疆的曆史銘刻在心，當1898年俄國武裝侵占新疆的帕米爾地區時，廣大軍民懷念說： “若前撫臣劉錦棠在任，斷不至此。”（《陶勤肅公奏議遺稿》，卷十一）
平阿古柏
19世紀中葉新疆的大部分地方正處於阿古柏的鐵蹄之下。阿古柏已經侵占新疆南部和北部的烏魯木齊、瑪納斯一帶，伊犁穀地則被沙俄軍隊非法霸占著，隻有哈密、巴裏坤、布倫托海、塔城以及其他一些地方尚在清政府的控製之下。
1875年，左宗棠受命為督辦新疆軍務的欽差大臣，揮兵出關。對於湘軍的戰鬥力和劉錦棠的指揮才能，左宗棠是了如指掌的。他在籌劃和調派入新參戰部隊時，命劉錦棠擔任總理西征大軍的營務事宜，並負責指揮前敵諸軍的軍事行動。
31歲的劉錦棠，以湘軍統領的身份總理了西征各軍的營務，事實上擔任了收複新疆的重任。他按照左宗棠關於先取北路後收南路的作戰方針，率領湘軍及其他各軍，逐個收複了烏魯木齊、瑪納斯等北疆各城；攻克了阿古柏重點設防的勝金口、達阪城等天山隘口和吐魯番一帶；然後出兵南路，先後收複了喀喇沙爾（今焉膏）、庫車、阿克蘇、烏什等東四城；收複了葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾、喀什噶爾（今喀什）、和田等西四城。
阿古柏在清軍節節獲勝時，在庫爾勒服毒自盡。他的兒子海古拉於攜屍西竄的路上，被其胞兄伯克胡裏設伏兵擊殺。伯克胡裏在清軍收複喀什噶爾前夕率殘部逃回已被沙俄占領的浩罕。
阿古柏匪徒在後方巢穴中的一些英國、土耳其教官和工匠，一夜之間成了俘虜。他們驚歎清軍行動的神速，稱劉錦棠為“飛將軍”。 隨著西征軍的節節勝利，劉錦棠先後獲得了騎都尉世職、賞戴雙眼花翎、三品京卿候補。後來又由騎都尉晉升為二等男爵、補太常寺卿、轉通政使司通政使。1878年左宗棠奉詔還京時，被清廷命為署理欽差大臣、督辦新疆軍務。
劉錦棠從喀什噶爾趕回哈密，接受新的職務。由於收複新疆的戰役的結束，劉錦棠一生的戎馬生涯也告結束了。不久，通過外交談判，清政府割讓霍爾果斯河以西地區給沙俄，俄兵退出伊犁九城。新疆的一係列善後工作，直到新疆建省等，都責無旁貸地落到了劉錦棠的身上。這一年，他還不到35歲。
收複新疆之役，從1876年8月開始，到1878年1月結束，前後隻經曆了一年半的時間，飽受蹂躪之苦的新疆各族人民積極支援和配合清軍作戰，輪台、庫車、拜城、阿克蘇、烏什、阿合奇等地的維吾爾、柯爾克孜族人民，更是奮起驅逐敵寇，據城而迎清軍。所以， 這次收複新疆之戰出乎意料地順利迅捷。其根本原因固然是由於這一戰爭的正義性，而劉錦棠信任並善於利用維吾爾等族人民提供的情報，善於分化瓦解敵人營壘，善於捕捉戰機、及時調整軍事部署，也是一些重要因素。
新疆建省
新疆設立行省的問題半個多世紀以前就已有人提出。在清軍收複新疆的過程中，左宗棠又幾次奏請朝廷在新暑開設行省，因為伊犁未經收複而暫時被擱置下來了。1881年，《中俄伊犁條約》簽訂，第二年清軍進駐伊犁。新疆建省的事又由新任陝甘總督譚鍾麟重新提出。
劉錦棠也是主張新疆建省的。為了使行省製度早日在新疆實現，他比較了左宗棠和譚鍾麟的兩種方案，提出了比較切實可行的辦法：新疆設立巡撫，駐烏魯木齊，受陝甘總督節製。下設鎮迪、阿克蘇、喀什噶爾三道，分別轄治哈密至烏蘇的天山山脈一帶、焉耆至烏什的天山南麓一帶、喀什噶爾至和田的昆侖山北麓一帶；伊犁仍設將軍，隻管伊犁塔城邊防，不再總統全疆軍務。清政府批準了這一方案。劉錦棠奉旨委任了各道、府、廳、州、縣的各級官吏之後，於1884年被朝廷簡派為第一任新疆巡撫，第二年遷入省會迪化(烏魯木齊)視事。
新疆設立行省後劉錦棠曾說，每遇到一點問題就有人懷疑建省全局是否行得通；碰到一點困難就有人認為什麽都不合適。這主要來自同級或下級的幹擾。其實，他改變左宗棠在新疆單獨設置總督的主張而僅設巡撫、仍受陝甘總督管轄，未嚐不是考慮到與陝甘總督譚鍾麟的關係問題。他建議保留伊犁將軍不在伊犁塔城設道，未嚐不是考慮到與伊犁將軍金順的關係問題。後來金順去職，他就設置了伊塔道，將伊犁、塔城兩處地方置於巡撫的管轄之下。雖然後來擔任伊犁將軍的人一再要求恢複過去的權限，但是始終未能如願。劉錦棠治新時奠定的行政體製，直到清朝滅亡一直沒有被改變過。
與新疆建省相聯係的是伯克製度的廢除。伯克製是南疆維吾爾社會長期存在的統治製度。各地以阿奇木伯克為首，下設各種伯克二三十人。他們依仗權勢，對維吾爾族農民進行殘酷的徭役製剝削。維吾爾族農民為推翻封建徭役製度進行了長期的鬥爭。1864年遍及全疆各地的農民起義，對伯克製打擊最為沉重，伯克製已經名存實亡了。
劉錦棠在南疆各地建立善後局後，曾經委派一些不甘投敵的愛國伯克擔任一些差使，卻沒有賦予他們什麽實權。如征收田賦時，隻讓伯克們督催農民直接赴善後局繳納，不允許伯克出麵經辦收取，而且以前一向由伯克全權處理的民政事務，也一概由善後局辦理。
劉錦棠順應了曆史潮流，沒有去扶植已經處在沒落中的伯克們的權勢，建省之後也隻讓伯克在地方基層政權中擔任書吏和鄉約。這些措施，都為日後伯克製的正式廢除準備了條件。
1887年清廷下令取消伯克製，原先的伯克們的品級和地位大為下降，社會卻安定如常，沒有出現任何波動。隨著新疆省的建立，新疆與內地行政建置的一體化，過去對內地人民遷居新疆的種種限製也都不存在了。為了吸引更多的無地農民到新疆來，加快新疆農業經濟的恢複和發展，劉錦棠修改了以往的屯田辦法。新疆，尤其是北疆，是清代移民開墾的重點地區，分布麵廣的主要有民屯、兵屯、犯屯三種。劉錦棠正式奏報了新的屯墾章程，規定兩名男丁為一戶，給地六十畝，屯民初到時貸給八個月的口糧及三石籽種，借給七十三兩銀子作為置辦農具、牛隻和築履等費用；頭一年歸還一半，第二年還清，第三年征收額定田賦的一半，第四年起征收全額田賦。這種待遇，比一百多年前的乾隆年間差，比起鹹豐、同治年間卻好多了。他還谘照內地各省督撫，鼓勵貧苦無地農民來新疆開荒種地。在這以後的一個階段內，移居新疆的農民很多。他還在南疆東部的尉犁一帶開辟了一些新的農墾地區。
