該不該讓娃兒去道歉?

事情是這樣：兒子在學校吃午飯時，同桌的同學甲鬧著玩兒將一粒M&M的巧克力糖丟進同學乙的飯盆，同學乙有花生過敏症，這粒M&M原是和花生放在一起，便指責同學甲，兒子正好坐在乙的旁邊，出於好心就用手指將這粒糖橫著撥出了飯盆，同學乙又指責我兒子這麽一撥汙染麵更大，這飯就沒法吃了，於是乙將同學甲和我兒子一起告到辦公室，無論我兒子如何解釋，學校還是將我兒子和甲一並給了處分.

同學乙的家長在第二天打電話找到我們，要我兒子給她兒子道歉。我們又詳細問了兒子，同學乙按規定應該在NUTS FREE的桌子上吃飯的，但是他卻跑到其他的桌子上吃飯，有沒有經過管理人員的同意不知道，上麵的事情發生後，我兒子很委屈就跟比較玩得來的同學說，他是想幫同學乙的，而同學乙反把他告了，害他得了個處分，於是那些同學就一起責備同學乙，同學乙回家向父母哭訴，於是我們在第二天接到了同學乙媽媽的電話，他媽媽在電話裏舉了一個曾有人向有花生過敏症人的食物裏投放花生，被以謀殺罪起訴來危嚇我們，她口氣雖然比較緩和，但是意思卻是非常明確，就是想讓我兒子給他兒子道歉。
我跟孩兒爸想來想去覺得這事不對勁，難道學校方麵沒有責任嗎？難道同學乙沒有責任嗎？已經是六年級的人了，為什麽不能尊守校方的規定，而校方管理人員為什麽不管？我們打算明天打電話給學校申訴，這話應該怎麽說才比較妥當呢？