我來試著回答一下吧

箱根鐮倉各一天、如果想在東京購物、呆一天逛逛街也行、
接下來兩天樓上那位介紹的立山連峰是個不錯的選擇、那裏秋天景色最好、5、6月次之; 或者到大媽豬說的妻籠宿、高山市(有小京都之稱)、岐阜縣與富山縣交界的世界遺產合掌村等地看看、不過這樣的話戰線拖得稍微有點長
如果想多感受一下日本的曆史文化、京都奈良需要兩天（我個人覺得還是有必要在那兒呆兩天的)
七天走馬觀花一下夠了、當然不可能做深度遊。
jr pass應該是個比較經濟實惠的交通手段吧、對不起這個我也不是特別清楚、因為我們一般是開車出去旅遊的。
一宿兩餐的到處都是啊、不過要注意日本很多旅館是按人頭算而不是按房間算。
不知道說明白沒有?