額地神呀，不用這麽複雜吧

哪裏來的“入港旅行證”？從來沒聽說過。所謂旅行證件就是指護照，把收到的學生簽證貼在你女兒的中國護照上就齊了，這裏沒中國政府和中國大使館什麽事兒。我和你女兒的情況差不多，中國護照，綠卡，收到特區政府批的工作簽證，貼上就來了。
香港通行證是特別針對中國大陸居民的，因為來香港不算出國，所以是用身份證在內地申請特區通行證。出國需要持旅行證件就是護照，從國外來香港的的人（不管哪國的）都需要憑護照進入香港，停留超過免簽期的（中國護照是7天，美國護照是30天）都需要取得香港政府給的簽證。憑綠卡能進入香港是不正確的，入境香港不看綠卡，免簽期和內地居住的過境香港的中國公民一樣隻有7天。
我覺得學生簽證和工作簽證應該一樣，不過為了保險起見，你還是致電香港入境處直接問問。