據我所知

申請永久居民由香港移民局審核，和大陸沒什麽關係，不需要取消在國內的身份。但是，如果想拿回鄉證，就得向中方提供戶籍注銷證明。
又：你可以同時擁有中國護照和香港永久居民身份，但如想改持香港護照，就必須使用回鄉證回國。