手術中冰凍活檢不是適用於所有病例，一般用於腫塊在肺外周（肺邊緣）的病例，不適於靠近肺門附近（即中心型）腫塊。

一般是腫塊局部切除（wedge resection)，送病理冰凍切片，15分鍾左右出結果。外科醫生再根據結果決定下麵的手術方式（或停止，或再做肺葉切除-lobectomy).