李炳南老居士是這樣說“靈魂”的：

儒書易經上有‘遊魂為變’，佛學隻言神識，不曰靈魂，然神識與靈魂，所指者同，但命名有異耳。佛家追求之原本，名之曰性，此性迷時為神識，即他教所稱之靈魂，魂即是迷，所以生死投胎，輪轉六道，性即是智，所以不生不滅，萬劫常淨。（李炳南老居士《佛學問答類編》）

如果你認同這個說法，那第2點：每個人的業力有差別，根器有不同 比較好理解了。首先“業力”，其實就是俗話說的習性，是指在六道輪回中的“人”造作的業力，有前世或前幾世帶來的“業”，也有今生造就的“業”，每個人的境遇不同，所以“業”就不同。至於“根器”不同，是指人對佛法或所有法的理解和領悟能力的大小不同。

可見這個業力和根器的載體都是李炳南居士講的在輪回中的“神識”，而不是永劫不變的“性”，所以兩者並不矛盾的！