跟抗菌素不同，幹擾素並非直接作用於病毒，是通過刺激人體免疫反應起作用。所以不同人，不同病毒，效果相差很大。

HIV感染人體參與免疫反應的重要細胞CD4+ T淋巴細胞，被感染的淋巴細胞遭到破壞，整個免疫反應可能被抑製，這時幹擾素也基本不起作用。所以，HIV引起這種疾病叫獲得性免疫缺陷綜合症(AIDS,acquired immune deficiency syndrome）。