曆史上每次政權易手，新政權都對大教堂進行改造。這使大教堂留下了一千五百年中各個時代的曆史印記。特別是大教堂被改為清真寺的時代，穆斯林用石膏等材料將上一個時代的馬賽克彩畫覆蓋。到了近代人們才將這些石膏揭開，這些寶貴的馬賽克彩畫才重見天日。