應泡泡建議,下麵侃侃個人對斑狗以及其他測序儀公司的看法。錯誤或不準確之處望@pins大俠和其他網友斧正。

來源: 少而精 2021-01-07 18:31:22 [] [舊帖] [給我悄悄話] 本文已被閱讀: 次 (3404 bytes)

首先,基因測序的前景光明,相信大家應該沒有異議吧。媒體經常宣傳精準醫療,親子鑒定以及基因溯源(23andMe)等,這些必須要建立在基因測序上。今後由於疾病的早期診斷的需求以及測序價格的低廉,基因測序會越來越來普遍。

1.  目前二代測序儀/方法很多,如Illumina, Life Technologies, Roche, Beckman Coulter, Pacific Biosciences, MGI/BGI, Oxford Nanopore Technologies, 10X genomics 等。它們可以分為短序列測序儀(short-read sequencer)和長序列測序儀 (long-read sequencer).

 短序列測序儀: Illumina (ILMN), Life Technologies, Roche, Beckman Coulter, MGI/BGI.

長序列測序儀: Pacific Biosciences (PACB), Oxford Nanopore Technologies, 10X genomics (TXG)

2.  ILMN——優點:目前在市場上是絕對老大(大約 >80%)。測序快,精確度高(99.9%),價格低廉(全基因組測序目前可以低到$300-800,根據測序的深度價格有很大的變化。缺點:數據分析費時費力,需要專業人員進行分析,價格可以是測序本身的二倍。其他短序列測序儀不值得在此討論。

3.  長序列測序儀目前主要上麵三家在競爭。優點:1)它們最大的優點是可以測很長的序列5-100 kb (kilobase) , 甚至>1000kb. 而ILMN隻能測0.05-0.25kb。那麽這有什麽好處呢?因為測序的結果要與標準的DNA序列(reference genome)比(mapping)來發現變異。我們人類基因組有3 billion DNA base, 所以測序越長分析工作越快越容易;2)可以發現ILMN不能檢測到的大的結構性變異;3)分析相對ILMN簡單,耗時少。缺點:1)最大缺點是精確度不高(87-99%)。大家可能覺得99% 和99.9%沒有差別,但是你要考慮0.9% x 3 billion, 這是一個很大的誤差。2)測序速度慢,價格高昂,是ILMN的幾倍。

PACB由於開發的Sequel II-HiFi測序精度上明顯提高到99%,高於上麵二家,所以股價在不斷爬高。我的預測如果公司不斷進行升級,最終超過100隻是時間問題。看看今天ILMN 382, TXG 158.

4.  好了,花了這麽長時間還沒有談正事, BioNano genetics (BNGO,斑狗) 如何。從技術角度講,它不是測序公司,它的精度達不到 single base pair。就好像上麵那些公司是用>1000X顯微鏡觀察物體,而斑狗是用5x 或10x的顯微鏡在觀察物體。但這就是它的優點,它能夠非常容易發現較大的結構性變異,如>2kb 插入insertion 和reversion。上麵的公司特別是長序列測序儀也能測到,但斑狗測得更多。另外斑狗的分析軟件容易上手,不需要專業人員。缺點:需要新鮮的DNA樣品,不能大批量測定。我目前看好它的主要原因是:它具有取代臨床上廣泛應用的細胞遺傳方法的潛能。就是像高齡孕婦在臨床上一般要檢測唐氏綜合征,白血病人的染色體變異等。另外,現在的價位5與上麵的公司比,到10不算過分吧。大家還需要耐心等待,PACB在2-5也有很長時間。隻是個人觀點, YMYD.

所有跟帖: 

謝謝分析,很有幫助 -007293- 給 007293 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:35:33

謝謝啊! -我是破壞大狼- 給 我是破壞大狼 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:36:51

Great overall review, thanks -dennis_sy- 給 dennis_sy 發送悄悄話 dennis_sy 的博客首頁 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:37:09

+1 -bubbleberry- 給 bubbleberry 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:37:45

Thank you very much ! -Tiger666- 給 Tiger666 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:38:39

我有個疑問,我有朋友在BGI做技術總監,之前跟他請教過斑狗的技術,得到的反饋是 -鬼不靈- 給 鬼不靈 發送悄悄話 (266 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:42:12

不想那麽多,看好就常持, 不看好4塊買,到5塊就賣 -007293- 給 007293 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:50:51

我沒請教朋友的時候還敢買敢持,請教之後反倒膽小了。搞不清誰對了 :( -鬼不靈- 給 鬼不靈 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:57:14

目前世界上還沒有任何儀器和算法可以檢測到99%的SVs。就是80%也很難達到。如果你朋友有疑問,可以建議他/她查詢最近的Natu -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (264 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:10:27

專家 -richardman- 給 richardman 發送悄悄話 richardman 的博客首頁 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:11:31

你說的是那個蒙特利爾的公司嗎?公司太小,吃不了。在我們眼裏就是價錢談不攏。倒是同在加利福尼亞的PACB有可能連人帶馬合並斑狗。 -空城之主- 給 空城之主 發送悄悄話 空城之主 的博客首頁 (0 bytes) () 01/29/2021 postreply 05:23:20

謝謝!請問bngo的競爭對手有哪些? -wxc_20131021- 給 wxc_20131021 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:43:11

上麵那三個long-read 公司不斷提高測序準確度和長度,會把斑狗打扒下。但是它們需要時間,而且斑狗也會不斷改進。另外還有一公 -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (44 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:21:58

謝謝,專家。俺等便一些,再買點。 -bubbleberry- 給 bubbleberry 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:44:58

我好像聽見Pins正在奮筆疾書...... -sisizy- 給 sisizy 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:45:16

謝謝!你有買嗎?長持還是短持? -Sawmill- 給 Sawmill 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:45:23

我已經加倉一次了,周線圖應該會到3左右,不急慢慢加。會長持。 -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:15:08

真正的DNAsequencing專家。 -雨夫子- 給 雨夫子 發送悄悄話 雨夫子 的博客首頁 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:49:12

很到位的專家的點評,長知識了! -JIANQING- 給 JIANQING 發送悄悄話 JIANQING 的博客首頁 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:54:57

過來人也是這方麵專家,來說說 -sisizy- 給 sisizy 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 18:59:06

學習了,謝謝。 -54joann- 給 54joann 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:01:59

漲知識了,謝謝! -青玫- 給 青玫 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:13:53

我覺得bngo不是disruptive不可替代的,另外市場太小。少兄有沒有了解過T2T? -pins- 給 pins 發送悄悄話 pins 的博客首頁 (271 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:17:56

班狗最近是什麽原因觸發了它的價格暴漲? -sisizy- 給 sisizy 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:20:43

我也不清楚,隻是看到DQ熱炒,才注意到它。以前看到這個公司名字 BioNano, 想又是炒Nano, 沒去研究它,錯過了低價位。 -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:35:44

一篇沒有在同行審議雜誌上發表的論文,比較了長測序和斑狗的技術,結論是長測序隻發現了72%的結構變異。引爆了斑狗股價。 -鬼不靈- 給 鬼不靈 發送悄悄話 (542 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:43:24

謝謝你的信息,是你第一個在DQ喊得嗎? 謝謝。這文章有好幾個重量級的研究機構,最終會在高檔次的雜誌發表的。我查到2019年就有幾 -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (76 bytes) () 01/07/2021 postreply 20:03:56

是丹尼斯喊的 -鬼不靈- 給 鬼不靈 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 20:19:02

剛才寫了的刪了,周末詳細寫一下我的看法吧。多謝少兄 -pins- 給 pins 發送悄悄話 pins 的博客首頁 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:28:03

不客氣,多加指教! -少而精- 給 少而精 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 19:30:31

謝謝分析。2年前我不顧醫生的反對堅持做羊水穿刺檢查基因,跟一個基因專家聊了之後選了短基因測序,他當時也提了類似bngo 的那種檢 -Pigswine- 給 Pigswine 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/07/2021 postreply 23:22:41

感謝分析. -文心蘭1- 給 文心蘭1 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/08/2021 postreply 05:08:47

感謝分享, 收藏了。 -NewLeaf2021- 給 NewLeaf2021 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/08/2021 postreply 10:27:25

置頂這麽長時間居然才看到,謝謝專業意見! -imnotarobot- 給 imnotarobot 發送悄悄話 (0 bytes) () 01/30/2021 postreply 22:48:35

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